pymvpa2-mkevds - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

pymvpa2-mkevds - mengekstrak kejadian (multi-sampel) dari kumpulan data

RINGKASAN

pymvpa2 mkevds [--Versi: kapan] [-h] -i HIMPUNAN DATA [HIMPUNAN DATA ...] [--acara-attr ATTR [ATTR ...] |
--onset [WAKTU [WAKTU ...]] | --csv-acara NAMA FILE | --fsl-ev3 NAMA FILE [NAMA FILE ...]]
[--waktu-attr ATTR] [--onset-kolom ATTR] [--mengimbangi NILAI] [--durasi NILAI] [--cocok-
strategi {sebelumnya, selanjutnya, terdekat}] [--event-kompresi {rata-rata,median,min,maks}] [--tambah-sa NILAI
[NILAI ...]] [--tambah-fa NILAI [NILAI ...]] [--tambahkan-sa-txt NILAI [NILAI ...]] [--tambahkan-fa-txt
NILAI [NILAI ...]] [--tambahkan-sa-attr NAMA FILE] [--tambahkan-sa-npy NILAI [NILAI ...]] [--tambahkan-fa-npy
NILAI [NILAI ...]] -o KELUARAN [--hdf5-kompresi JENIS]

DESKRIPSI

Ekstrak (multi-sampel) peristiwa dari kumpulan data

Sejumlah dataset input yang berubah-ubah dimuat dari penyimpanan HDF5. Semua kumpulan data yang dimuat adalah
digabungkan di sepanjang sumbu sampel. Berdasarkan informasi tentang onset dan durasi a
urutan peristiwa sampel yang sesuai diekstraksi dari set data input dan
diubah menjadi sampel peristiwa. Dimungkinkan untuk sampel acara terdiri dari beberapa
sampel masukan (yaitu jendela temporal).

Peristiwa ditentukan oleh ID sampel onset dan jumlah sampel berurutan yang terdiri dari
peristiwa. Namun, peristiwa juga dapat didefinisikan sebagai onset dan durasi temporal, yang akan
diterjemahkan ke dalam ID sampel menggunakan informasi cap waktu dalam kumpulan data input.

Analog dengan perintah 'mkds', dataset terkait peristiwa dapat diperluas dengan sembarang
atribut fitur dan sampel (satu nilai per peristiwa untuk yang terakhir).

Dataset terkait peristiwa yang telah selesai ditulis ke file HDF5.

PILIHAN

--Versi: kapan
tampilkan versi program dan informasi lisensi dan keluar

-h, --membantu, --bantu-np
tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar. --bantu-np secara paksa menonaktifkan penggunaan pager
untuk menampilkan bantuan.

-i SET DATA [SET DATA ...], --memasukkan SET DATA [SET DATA ...]
path ke satu atau lebih file set data PyMVPA. Semua kumpulan data akan digabungkan menjadi
dataset tunggal (vstack'ed) dalam urutan spesifikasi. Dalam beberapa kasus, opsi ini mungkin
perlu ditentukan lebih dari sekali jika beberapa, tetapi terpisah, kumpulan data input adalah
diperlukan.

Opsi untuk mendefinisikan peristiwa (memilih satu):
--acara-attr ATTR [ATTR ...]
mendefinisikan peristiwa sebagai kombinasi unik dari nilai-nilai dari satu set atribut sampel.
Menelusuri semua sampel sesuai urutan kemunculannya di set data input,
timbulnya peristiwa ditentukan oleh perubahan dalam kombinasi nilai atribut.
Panjang suatu peristiwa ditentukan oleh banyaknya nilai berurutan yang identik
kombinasi.

--onset [WAKTU [WAKTU ...]]
membaca daftar onset acara (float) dari baris perintah (dipisahkan dengan spasi). Jika
opsi ini diberikan, tetapi tidak ada argumen yang diberikan, permulaan akan dibaca dari STDIN
(satu per baris). Jika --waktu-attr juga diberikan, onset akan ditafsirkan sebagai waktu
perangko, jika tidak mereka diperlakukan sebagai ID integer sampel.

--csv-acara NAMA FILE
membaca informasi acara dari tabel CSV. Berbagai dialek didukung. Sebuah CSV
file harus berisi baris header dengan nama bidang sebagai baris pertama. Meja harus
menyertakan kolom 'onset', dan secara opsional dapat menyertakan sejumlah
kolom tambahan (misalnya durasi, target). Semua nilai diteruskan ke
sampel terkait peristiwa. Jika '-' diberikan sebagai nilai, tabel CSV dibaca dari STDIN.

--fsl-ev3 NAMA FILE [NAMA FILE ...]
membaca informasi acara dari file teks dalam format EV3 FSL (satu acara per baris,
tiga kolom: onset, durasi, intensitas). Satu dari lebih banyak nama file dapat diberikan.

Opsi untuk memodifikasi or mengkonversi Peristiwa:
--waktu-attr ATTR
atribut dataset dengan cap waktu untuk sampel input. Onset dan durasi untuk semua
acara akan dikonversi menggunakan informasi ini. Semua nilai diasumsikan dari
unit yang sama.

--onset-kolom ATTR
nama kolom di tabel peristiwa CSV yang menunjukkan permulaan peristiwa

--mengimbangi NILAI
offset acara seragam tetap untuk semua acara. Jika tidak --waktu-attr opsi diberikan, ini
nilai menunjukkan jumlah sampel input semua onset acara harus digeser. Jika
--waktu-attr diberikan, ini diperlakukan sebagai offset temporal yang perlu diberikan
dalam unit yang sama dengan atribut cap waktu (lihat --waktu-attr).

--durasi NILAI
durasi seragam tetap untuk semua acara. Jika tidak --waktu opsi diberikan, nilai ini
menunjukkan jumlah sampel input berturut-turut setelah onset yang dimiliki oleh
sebuah acara. Jika --waktu-attr diberikan, ini diperlakukan sebagai durasi temporal yang
perlu diberikan dalam unit yang sama dengan atribut cap waktu (lihat --waktu-attr).

--strategi-pertandingan {sebelumnya, selanjutnya, terdekat}
strategi yang digunakan untuk mencocokkan onset berbasis waktu dengan indeks sampel. 'sebelumnya' memilih
menutup sampel sebelumnya, 'berikutnya' sampel berikut terdekat dan 'terdekat' dengan
sampel terdekat mutlak. Bawaan: 'sebelumnya'

--event-kompresi {rata-rata,median,min,maks}
menentukan apakah dan bagaimana kejadian yang mencakup beberapa sampel input harus dikompresi.
Sejumlah metode dapat dipilih. Memilih, misalnya, 'rata-rata' akan menghasilkan
rata-rata dari semua sampel masukan yang relevan untuk suatu peristiwa. Secara default (bila opsi ini adalah
tidak diberikan) suatu peristiwa akan terdiri dari semua sampel input yang digabungkan.

Opsi untuk atribut dari itu Command garis:
--tambah-sa NILAI [VALUE ...]
buat atribut sampel dari input baris perintah. Nilai pertama adalah
nama atribut yang diinginkan, nilai kedua adalah daftar yang dipisahkan koma (sesuai
dikutip) dari nilai atribut yang sebenarnya. Nilai ketiga opsional dapat diberikan untuk menentukan
sebuah tipe data. Informasi tambahan tentang mendefinisikan atribut dataset pada perintah
baris diberikan di bagian "Tulis atribut pada baris perintah.

--tambah-fa NILAI [VALUE ...]
buat atribut fitur dari input baris perintah. Nilai pertama adalah
nama atribut yang diinginkan, nilai kedua adalah daftar yang dipisahkan koma (sesuai
dikutip) dari nilai atribut yang sebenarnya. Nilai ketiga opsional dapat diberikan untuk menentukan
sebuah tipe data. Informasi tambahan tentang mendefinisikan atribut dataset pada perintah
baris diberikan di bagian "Tulis atribut pada baris perintah.

Opsi untuk atribut dari teks file:
--tambahkan-sa-txt NILAI [VALUE ...]
memuat atribut sampel dari file teks. Nilai pertama adalah atribut yang diinginkan
name, nilai kedua adalah nama file dari mana atribut akan dimuat.
Nilai tambahan yang mengubah cara data dimuat dijelaskan di bagian
"Muat data dari file teks".

--tambahkan-fa-txt NILAI [VALUE ...]
memuat atribut fitur dari file teks. Nilai pertama adalah atribut yang diinginkan
name, nilai kedua adalah nama file dari mana atribut akan dimuat.
Nilai tambahan yang mengubah cara data dimuat dijelaskan di bagian
"Muat data dari file teks".

--tambahkan-sa-attr NAMA FILE
memuat nilai atribut sampel dari 'file atribut' lama. Data kolom dibaca
sebagai "harfiah". Hanya dua file kolom ('target' + 'potongan') tanpa header
didukung. Opsi ini memungkinkan untuk membaca file atribut dari PyMVPA awal
versi.

Opsi untuk atribut dari tersimpan lumpuh array:
--tambahkan-sa-npy NILAI [VALUE ...]
memuat atribut sampel dari file .npy Numpy. File terkompresi (yaitu .npy.gz) adalah
didukung juga. Nilai pertama adalah nama atribut yang diinginkan, nilai kedua
adalah nama file dari mana data akan dimuat. Nilai tambahan yang mengubah cara
data dimuat dijelaskan di bagian "Memuat data dari file Numpy NPY".

--tambahkan-fa-npy NILAI [VALUE ...]
memuat atribut fitur dari file .npy Numpy. File terkompresi (yaitu .npy.gz) adalah
didukung juga. Nilai pertama adalah nama atribut yang diinginkan, nilai kedua
adalah nama file dari mana data akan dimuat. Nilai tambahan yang mengubah cara
data dimuat dijelaskan di bagian "Memuat data dari file Numpy NPY".

Keluaran pilihan:
-o KELUARAN, --keluaran KELUARAN
nama file keluaran (ekstensi '.hdf5' ditambahkan secara otomatis jika perlu). CATATAN:
format output cocok untuk pertukaran data antara perintah PyMVPA, tetapi tidak
direkomendasikan untuk penyimpanan atau pertukaran jangka panjang karena konten spesifiknya dapat bervariasi
tergantung pada lingkungan perangkat lunak yang sebenarnya. Untuk penyimpanan jangka panjang pertimbangkan
konversi ke format data lain (lihat perintah 'dump').

--hdf5-kompresi JENIS
jenis kompresi untuk penyimpanan HDF5. Nilai yang tersedia tergantung pada HDF5 . tertentu
instalasi. Nilai umum adalah: 'gzip', 'lzf', 'szip', atau bilangan bulat dari 1 hingga 9
menunjukkan tingkat kompresi gzip.

CONTOH

Ekstrak dua peristiwa yang terdiri dari empat sampel berurutan dari kumpulan data.

$ pymvpa2 mkevds --onsets 3 9 --durasi 4 -o evds.hdf5 -i 'mydata*.hdf5'

Gunakan pymvpa2-mkevds online menggunakan layanan onworks.net