Questo è il comando bp_flanksp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
bp_flanks - trovare sequenze fiancheggianti per una variante in una posizione di sequenza
SINOSSI
bp_flanks --posizione POS [-p POS ...] [--flanklen INT]
adesione | nome del file
DESCRIZIONE
Questo script consente di estrarre una sottosequenza attorno a una regione di interesse da un
sequenza esistente. L'output se fastuna voce di sequenza formattata in cui la riga di intestazione
contiene ulteriori informazioni sulla posizione.
VERSIONI
Lo script accetta un argomento senza nome che può essere un nome di file nel file system locale
o un numero di accesso della sequenza nucleotidica.
-p Posizione utilizza una semplice tabella delle caratteristiche della sequenza nucleotidica
--notazione di posizione per definire la regione di interesse, tipicamente a
SNP o ripetizione microsatellite attorno alla quale si trovano i fianchi
definito.
Ci può essere più di un'opzione di posizione oppure puoi
dare un elenco separato da virgole a un'opzione di posizione.
Il formato di una posizione è:
[id:] int | gamma | nel mezzo [-]
L'id opzionale è il nome che vuoi chiamare il nuovo
sequenza. Se non viene fornito in si unisce il numero di esecuzione al
nome della voce con un carattere di sottolineatura.
La posizione è un punto (es. 234), un intervallo (es.
250..300) o punto di inserimento tra nucleotidi
(es. 234^235)
Se la posizione non è completamente all'interno della sorgente
sequenza la sequenza di output verrà troncata e
stamperà un avviso.
Il trattino opzionale [-] alla fine della posizione
indica che si desidera che la sequenza recuperata sia
nel filo opposto.
-f Il valore predefinito è 100. Questa è la lunghezza dei nucleotidi
--flanklen sequenza recuperata su entrambi i lati della posizione data.
Se il file sorgente non contiene
USCITA FORMATO
L'output è una voce formattata Fasta in cui il file di descrizione contiene tag=coppie di valori
per informazioni su dove nella sequenza originale è stata presa la sottosequenza.
L'ID della voce fasta è il nome dato alla riga di comando unito da un trattino al
nome file o accesso alla sequenza sorgente. Se nessun id è dato una serie di consequtive
interi viene utilizzato.
Le coppie tag=valore sono:
oripo=int
posizione nel file sorgente
filo=1|-1
filamento della sequenza rispetto alla sequenza sorgente
allelepos=int
posizione della regione di interesse nella voce corrente. Il tag è lo stesso usato
di dbSNP@NCBI
La sequenza evidenzia la posizione della variante allelica mostrandola in maiuscolo e resto
della sequenza in caratteri minuscoli.
ESEMPIO
% bp_fianchi ~/seq/ar.embl
>1_/HOME/HEIKKI/SEQ/AR.EMBL oripos=100 filamento=1 allelepos=100
taataactcagttctatttgcacctacttcagtggacactgaatttggaaggtggagga
ttttgttttttttcttttaagatctgggcatcttttgaatCtacccttcaagtattaagag
acagactgtgagcctagcaggccagatcttgtccaccgtgtgtcttcttctgcacgagac
tttgaggctgtcagagcgct
TUTTO
Si presume che i file di input siano in formato EMBL e le sequenze vengono recuperate solo da
la banca dati EMB. Rendi questo più generico e usa il registro.
head1 RISPOSTA
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AUTORE - Heikki Lehvaslaiho
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