bp_papplmaker.plp - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

papplmaker.PLS - Generatore di moduli di strumenti di analisi

SINOSSI

# chiedi aiuto
papplmaker.PLS -h

# genera il modulo per il programma 'seqret'
papplmaker.PLS -n modifica.seqret

# idem, ma specifica dove trovare 'seqret'
papplmaker.PLS -n modifica::seqret
-l http://localhost:8080/asse/servizi

# idem, ma specifica un metodo di accesso non predefinito a 'seqret'
papplmaker.PLS -n modifica::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-a corba

# genera moduli per tutte le analisi disponibili
# (usando la posizione e il metodo di accesso predefiniti)
papplmaker.PLS

# non generare ma vedere cosa verrebbe generato
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# genera il modulo per l'analisi 'edit::seqret'
# ma chiamalo "MySeqret"
papplmaker.PLS -n modifica::seqret -m MySeqret

# ...e usalo
usa MySeqret;
stampa nuovo MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt')
-> osformat ('embl')
-> aspetta_per
-> outseq;

# idem ma metti il ​​risultato nella directory '/tmp/my'
# (le directory non devono necessariamente esistere)
papplmaker.PLS -n modifica::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# genera moduli per tutte le analisi i cui nomi
# corrisponde a un'espressione regolare data (senza distinzione tra maiuscole e minuscole)
papplmaker.PLS -r 'modifica'

# idem, ma nome del modulo generato con i tuoi nomi
# (permettendo a papplmaker.PLS di sostituire parti dei tuoi nomi)
papplmaker.PLS -r 'edit' -m 'My_$ANALYSIS'

DESCRIZIONE

Il modulo "Bio::Tools::Run::Analysis" fornisce l'accesso all'analisi locale e remota
strumenti in modo unificato (definito in "Bio::AnalysisI"). Il modulo utilizza un approccio generale
consentendo di impostare dati di input arbitrari e di recuperare i risultati nominandoli. Però,
a volte è più conveniente utilizzare un modulo specifico, che rappresenta uno strumento di analisi,
che conosce già gli input disponibili e i nomi dei risultati.

Il generatore "papplmaker.PLS" crea tali moduli dedicati.

"papplmaker.PLS" utilizza lo stesso metodo di accesso del modulo generale, il che significa che
a seconda del parametro "accesso" può utilizzare SOAP, CORBA o qualsiasi altro (supportato)
protocollo, oppure può accedere all'analisi locale (disponibile sulla stessa macchina dove
viene richiamato "papplmaker.PLS").

"papplmaker.PLS" fa il suo lavoro sia per un'analisi denominata (specificata dall'opzione "-n",
oppure usa il modulo "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory" per trovare cosa sono le analisi
disponibili e possono limitare il loro numero confrontando un'espressione regolare data da
l'opzione "-r".

Il modulo o i moduli generati sono denominati per impostazione predefinita in modo simile ai nomi dei
analisi corrispondenti, ma questo può essere modificato con l'opzione "-m" che in realtà è a
modello in cui vengono riconosciute e sostituite le seguenti stringhe:

$ANALISI o ${ANALISI}
Verrà sostituito dal nome dell'analisi.

$CATEGORIA o ${CATEGORIA}
Verrà sostituito dal nome della categoria a cui appartiene l'analisi.

$SERVICE o ${SERVICE}
Verrà sostituito dal nome completo del servizio (che di solito è una concatenazione
di una categoria e un nome di analisi, ed è usato anche come nome di modulo predefinito, btw).

Qual è la differenza tra "servizio" e "analisi" e cosa significa "categoria"?
A volte questi termini possono creare confusione perché possono significare cose leggermente diverse
a seconda del metodo di accesso utilizzato per comunicare con loro. In genere, un'"analisi" è
un programma (un'applicazione, uno strumento) in esecuzione da qualche parte, ma a volte su una macchina locale. Un
esempio di analisi è "seqret" (dal pacchetto EMBOSS). Le analisi possono essere raggruppate
in categorie per le loro funzioni o per tipo di dati che trattano (ma a volte ci
non sono affatto categorie). È possibile accedere a ciascuna analisi utilizzando un livello superiore di
astrazione, un "servizio". Un servizio è solitamente un wrapper dipendente dal protocollo, come un Web
Servizio o un servizio CORBA. Ad esempio c'è un servizio "edit::seqret" che
rappresenta l'analisi "seqret" nella categoria "modifica".

OPINIONI

Mailing elenchi
Il feedback degli utenti è parte integrante dell'evoluzione di questo e di altri moduli Bioperl. Spedire
i vostri commenti e suggerimenti preferibilmente alla mailing list Bioperl. La tua partecipazione
è molto apprezzato

[email protected] - Discussione Generale
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Informazioni sulle mailing list

Reportistica Bugs
Segnala i bug al sistema di tracciamento dei bug di Bioperl per aiutarci a tenere traccia dei bug e dei loro
risoluzione. Le segnalazioni di bug possono essere inviate via web:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

Usa bp_papplmaker.plp online utilizzando i servizi onworks.net