Questo è il comando bp_process_wormbasep che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
bp_process_wormbase.pl - Massaggia i file GFF di WormBase in una versione adatta per
Browser Genoma generico
SINOSSI
% bp_process_wormbase.pl ./WS61 > wormbase.gff
DESCRIZIONE
Questo script massaggia i file GFF di Wormbase che si trovano in
ftp://www.wormbase.org/pub/wormbase/GENE_DUMPS in una versione del formato GFF adatta
per la visualizzazione tramite il browser del genoma generico. Aggiunge principalmente commenti alle annotazioni e
designa alcuni loci genetici ben distanziati come punti di riferimento della struttura.
Questo script richiede la distribuzione AcePerl, disponibile su CPAN (cerca il file
modulo "Asso").
Per utilizzare questo script, prendi i file GFF di WormBase dal sito FTP sopra elencato e posizionali
in una directory. Potrebbe essere una buona idea nominare la directory con il nome corrente
versione, come WS61. Non è necessario decomprimere i file.
Quindi fornisci quella directory come argomento a questo script e acquisisci l'output dello script
un file:
% bp_process_wormbase.pl ./WS61 > wormbase.gff
Potrebbe volerci un po' di tempo prima di vedere l'output di questo script, poiché deve prima recuperare il gene
e database delle proteine dal AceDB remoto in esecuzione su www.wormbase.org. Il file wormbase.gff
il file può quindi essere caricato in un database Bio::DB::GFF utilizzando il seguente comando:
% bulk_load_gff.pl -d wormbase.gff
Utilizza bp_process_wormbasep online utilizzando i servizi onworks.net
