Questo è il comando bp_search2alnblocksp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
bp_search2alnblocks - Trasforma i report analizzabili di SearchIO in un insieme di blocchi allineati
SINOSSI
bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --minevalue VALORE file1.
blast file2.blast ...> out.fas
DESCRIZIONE
Questo script analizzerà e filtrerà l'output di BLAST (o altri formati che Bio::SearchIO può analizzare)
e formattare l'allineamento come blocchi di allineamenti basati sugli HSP. Nota questo può solo
funzionano se il file di input analizzato contiene il necessario.
Tipicamente questo può essere usato per trasformare l'output BLAST in un formato di allineamento FASTA per l'input
nel cercatore di geni comparativo QRNA per geni RNA (E.Rivas).
VERSIONI
--maxevalue Valore E massimo per un HSP
--minevalue Valore E minimo per un HSP
--minlen Lunghezza minima di un HSP [default 0]
--maxid ID percentuale massima [predefinito 100]
(per aiutare a rimuovere le sequenze che sono molto vicine)
--minid Identità percentuale minima per un HSP [predefinito 0]
-i/--input Un nome file di input opzionale (prevede l'input su STDIN per impostazione predefinita)
-o/--output Un nome file di output opzionale (esporta in STDOUT per impostazione predefinita)
-f/--format Specifica un diverso formato di allineamento della ricerca-
{fasta, axt, waba, blast, blastxml} sono tutti consentiti
anche se il formato deve avere un allineamento effettivo
sequenza per far funzionare questo script
Vedi L per maggiori informazioni.
-of/--outformat Formato di output per i blocchi di allineamento, qualsiasi cosa
l supporti.
-v/--verbose Attiva il debug
AUTORE - Jason Stajic
Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org.
Usa bp_search2alnblocksp online utilizzando i servizi onworks.net