bp_seqfeature_loadp - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

bp_seqfeature_load.pl - Carica GFF in un database SeqFeature

DESCRIZIONE

Passa un numero qualsiasi di file in formato GFF o fasta (o GFF con fasta incorporato) per caricare il
caratteristiche e sequenze in un database SeqFeature. Il database (e l'adattatore) da utilizzare è
specificato sulla riga di comando. Utilizzare il flag --create per creare un nuovo database SeqFeature.

SINOSSI

bp_seqfeature_load.pl [opzioni] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

Prova 'bp_seqfeature_load.pl --help' o '--man' per maggiori informazioni.

VERSIONI

-d, --dsn
Origine dati DBI (dbi:mysql:test predefinito)

-n, --spazio dei nomi
Il prefisso della tabella da utilizzare (predefinito undef) Consente diverse funzionalità di sequenza indipendenti
database da archiviare in un unico database

-s, --seqfunzione
Il tipo di SeqFeature da creare... RTSC (predefinito Bio::DB::SeqFeature)

-a, --adattatore
L'adattatore di archiviazione (classe) da utilizzare (DBI::mysql predefinito)

-v, --verboso
Attiva il report dettagliato sullo stato di avanzamento (default true) Usa --noverbose per disattivarlo.

-f, --veloce
Attiva il caricamento veloce. (predefinito 0) Disponibile solo per alcuni adattatori.

-T, --directory-temporanea
Specifica la directory temporanea per il caricamento rapido (predefinito File::Spec->tmpdir())

-i, --ignore-seqregion
Se vero, ignora le direttive ##sequence-region nel file GFF3 (impostazione predefinita, crea a
caratteristica per ogni regione)

-c, --creare
Crea il database e reinizializzalo (default false) Nota, questo cancellerà il precedente
contenuto del database, se presente.

-u, --utente
Utente da collegare al database come

-p, --password
Password da utilizzare per connettersi al database

-z, --zip
Comprimi le tabelle del database per risparmiare spazio (impostazione predefinita false)

-S, --caratteristiche secondarie
Attiva l'indicizzazione delle sottofunzioni (default true) Usa --nosubfeatures per disattivarla.

--riepilogo
Genera statistiche riassuntive per i grafici di copertura (default false) Può essere eseguito su a
database precedentemente caricato o durante il caricamento. Verrà impostato su true se --create è
Usato.

-N, --nosummary
Non generare statistiche di riepilogo per risparmiare spazio e tempo di caricamento (impostazione predefinita se
--create non è specificato, usa questa opzione per disattivare esplicitamente le statistiche di riepilogo
quando --create è specificato)

--noalias-target
Non creare un attributo Alias ​​il cui valore è target_id in un attributo Target (se
la funzione contiene un attributo Target, l'impostazione predefinita è creare un attributo Alias
il cui valore è target_id nell'attributo Target)

Si prega di consultare http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml per informazioni sul GFF3
formato. BioPerl estende leggermente il formato aggiungendo una direttiva ##index-subfeatures. Set
questo a un valore vero se desideri che il database sia in grado di recuperare una funzione
singole parti (come gli esoni di una trascrizione) indipendentemente dal livello superiore
funzione:

##index-sottocaratteristiche 1

È anche possibile controllare l'indicizzazione delle sottocaratteristiche caso per caso mediante
aggiungendo "indice=1" o "indice=0" all'elenco degli attributi dell'elemento. Questo dovrebbe essere usato solo
per le sottocaratteristiche.

L'indicizzazione delle funzioni secondarie è true per impostazione predefinita. Imposta su false (0) per risparmiare molto spazio nel database
e prestazioni di velocità. Puoi usare --nosubfeatures per forzarlo.

Usa bp_seqfeature_loadp online utilizzando i servizi onworks.net