cdhit-454 - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

cd-hit-454 - raggruppa rapidamente le sequenze, ottimizzato per 454 dati

SINOSSI

cdit-454 [Opzioni]

DESCRIZIONE

====== CD-HIT versione 4.6 (creata il 23 gennaio 2016) ======

Opzioni

-i inserire il nome del file in formato fasta, richiesto

-o nome del file di output, richiesto

-c soglia dell'identità della sequenza, impostazione predefinita 0.98 questa è una "identità della sequenza globale"
calcolato come: numero di amminoacidi identici in allineamento diviso per il pieno
lunghezza della sequenza più corta + spazi vuoti

-b banda_larghezza di allineamento, predefinito 10

-M limite di memoria (in MB) per il programma, default 800; 0 per illimitato;

-T numero di thread, predefinito 1; con 0, verranno utilizzate tutte le CPU

-n word_length, default 10, vedere la guida dell'utente per sceglierlo

-al copertura dell'allineamento per la sequenza più lunga, valore predefinito 0.0 se impostato su 0.9, il
l'allineamento deve coprire il 90% della sequenza

-AL controllo della copertura dell'allineamento per la sequenza più lunga, predefinito 99999999 se impostato su 60,
e la lunghezza della sequenza è 400, quindi l'allineamento deve essere >= 340 (400-60)
residui

-come copertura dell'allineamento per la sequenza più breve, default 0.0 se impostato su 0.9, il
l'allineamento deve coprire il 90% della sequenza

-COME controllo della copertura dell'allineamento per la sequenza più breve, predefinito 99999999 se impostato su 60,
e la lunghezza della sequenza è 400, quindi l'allineamento deve essere >= 340 (400-60)
residui

-B 1 o 0, impostazione predefinita 0, per impostazione predefinita, le sequenze sono memorizzate nella RAM se impostato su 1, sequenza
sono memorizzati sul disco rigido si consiglia di utilizzare -B 1 per database enormi

-g 1 o 0, predefinito 0 dall'algoritmo predefinito di cd-hit, una sequenza è raggruppata al
primo cluster che soddisfa la soglia (cluster veloce). Se impostato a 1, il programma
raggrupparlo nel cluster più simile che soddisfa la soglia (preciso ma lento
mode) ma 1 o 0 non cambieranno i rappresentanti dei cluster finali

-D dimensione massima per indel, default 1

-incontro punteggio corrispondente, predefinito 2

-mancata corrispondenza
punteggio non corrispondente, impostazione predefinita -1

-spacco punteggio apertura gap, predefinito -3

-gap-est
punteggio di estensione del gap, predefinito -1

-Bak scrivi il file del cluster di backup (1 o 0, predefinito 0)

-h stampa questo aiuto

Domande, bug, contatta Weizhong Li a [email protected]

Se trovi utile cd-hit, ti preghiamo gentilmente di citare:

"Raggruppamento di sequenze altamente omologhe per ridurre la dimensione delle grandi proteine
database", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski e Adam Godzik. Bioinformatica, (2001)
17:282-283 "Cd-hit: un programma veloce per raggruppare e confrontare grandi insiemi di
sequenze di proteine ​​o nucleotidi", Weizhong Li & Adam Godzik. Bioinformatica, (2006)
22:1658-1659 "Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun e Weizhong Li. Artificiale e
duplicati naturali nelle letture di pirosequenziamento di dati metagenomici. BMC Bioinformatica
(2010) 11: 187

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