cmtk-warpx - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

warpx - registrazione non rigida B-spline

SINOSSI

warpx ReferenceImage FloatingImage InizialeXform

DESCRIZIONE

Questo programma esegue la registrazione di immagini non rigide utilizzando l'ottimizzazione multi-risoluzione di
misure di somiglianza dell'immagine basate su voxel e una trasformazione B-spline multi-risoluzione
modello.

VERSIONI

globali Kit di strumenti Opzioni (questi sono condiviso by contro tutti i CMTK utensili)
--Aiuto
Scrivere l'elenco delle opzioni di base della riga di comando nell'output standard.

--aiuto-tutti
Scrivere l'elenco completo delle opzioni della riga di comando di base e avanzate nell'output standard.

--wiki
Scrivi l'elenco delle opzioni della riga di comando nell'output standard nel markup di MediaWiki.

--uomo
Scrivi il sorgente della pagina man nel markup 'nroff' sullo standard output.

--xml
Scrivere la specifica della sintassi della riga di comando nel markup XML (per l'integrazione di Slicer).

--versione
Scrivi la versione del toolkit nell'output standard.

--eco
Scrive la riga di comando corrente nell'output standard.

--livello-verboso
Imposta il livello di verbosità.

--verboso, -v
Incrementa il livello di verbosità di 1 (deprecato; supportato per compatibilità con le versioni precedenti).

--thread
Imposta il numero massimo di thread paralleli (per thread POSIX e OpenMP).

Trasformazione import / export
--iniziale
Inizializza la trasformazione dal percorso dato [Predefinito: NESSUNO]

--invert-iniziale
Invertire la trasformazione iniziale data (affine).

--write-itk-xform
Percorso di output per la trasformazione finale in formato ITK [Predefinito: NESSUNO]

--scrivi-riformattato
Scrivi un'immagine fluttuante riformattata. [Predefinito: NESSUNO]

Trasformazione parametri
--spaziatura della griglia
Spaziatura della griglia del punto di controllo [Predefinito: 10]

--grid-affina
Numero di perfezionamenti (livelli di risoluzione della griglia del punto di controllo) [Predefinito: 0]

--delay-affina
Raffinamento della griglia del punto di controllo del ritardo; prima passa alla risoluzione dell'immagine successiva più alta

--spaziatura-esatta
Usa la spaziatura esatta dei punti di controllo; non modificare la spaziatura per adattarla all'immagine di riferimento
rettangolo di selezione

--ignore-bordo
Ignora n livelli di punti di controllo lungo ciascuna faccia dell'immagine [Predefinito: 0]

--limitare
Limita la deformazione alle dimensioni coordinate [una o più di 'x','y','z']
[Predefinito: NESSUNO]

--no-correzione-adattativa
Disabilitare il fissaggio adattivo dei punti di controllo; ottimizzare tutti i parametri di deformazione

--adaptive-fix-soglia
Fattore di soglia per il criterio di entropia per fissare i punti di controllo locali [Predefinito: 0.5]

--accurato
Modalità di calcolo accurata: può dare risultati leggermente migliori dopo sostanzialmente
calcolo più lungo [Questo is , il predefinito]

--veloce
Modalità di calcolo veloce: può dare risultati leggermente peggiori rispetto alla modalità accurata, ma consente di risparmiare
notevole tempo della CPU

regolarizzazione parametri
--jacobian-vincolo-peso
Peso per il vincolo di conservazione del volume locale basato su Jacobiano [Predefinito: 0]

--uniformità-vincolo-peso
Vincolo di peso per levigatezza basato sull'energia di piegatura della griglia di secondo ordine.
[Predefinito: 0]

--peso-consistenza-inversa
Peso per vincolo di consistenza inversa [Predefinito: 0]

--vincolo-fattore-rilassamento
Fattore di rilassamento del peso per alternare iterazioni sottovincolate [Predefinito: -uno]

--relax-to-spiegare
Prima di ogni livello di risoluzione, regolarizzare le aree giacobiane negative della deformazione
per dispiegarli.

OTTIMIZZAZIONE parametri
--max-passo
Dimensione massima del passo dell'ottimizzatore, che determina l'esplorazione dello spazio di ricerca. [Predefinito:
-uno]

--min-passo
Dimensione minima del passo dell'ottimizzatore, che determina la precisione. [Predefinito: -uno]

--fattore di passaggio
Fattore per la riduzione della dimensione del passo di ricerca. Deve essere > 0.0 e < 1.0 [predefinito: 0.5]
[Predefinito: 0.5]

--delta-f-soglia
Soglia facoltativa per terminare l'ottimizzazione (livello) in caso di cambio relativo del target
la funzione scende al di sotto di questo valore. [Predefinito: 0]

--no-maxnorm
Usa la norma Euclide per la normalizzazione del gradiente nell'ottimizzazione, piuttosto che la norma massima

Immagine risoluzione parametri
--campionamento , -s
Campionamento dell'immagine (migliore risoluzione dell'immagine ricampionata) [Predefinito: -uno]

--più grossolano
Limite superiore per il campionamento delle immagini nella gerarchia multirisoluzione [Predefinito: -uno]

--omit-original-data
Non utilizzare i dati originali in piena risoluzione per la fase di registrazione finale.

Immagine dati
--metrica-registrazione
Metrica di registrazione per la stima del movimento mediante registrazione da immagine a immagine. Supportato
valori: "nmi", "mi", "cr", "rms", "msd", "ncc", dove il valore predefinito è "nmi", oppure utilizzare
uno dei seguenti:

--nmi
Metrica di informazione reciproca normalizzata [Questo is , il predefinito]

--mi Metrica standard di informazioni reciproche

--cr Metrica del rapporto di correlazione

--rms
Radice del quadrato mediouna metrica (questa è la radice quadrata di MSD)

--msd
Metrica della differenza quadratica media

--ncc
Metrica di correlazione incrociata normalizzata

A galla Immagine Interpolazione Opzioni
--interpolazione
Metodo di interpolazione per il campionamento dell'immagine mobile: Valori supportati: "neest-
prossimo", "lineare", "cubico", "coseno-sinc", "volume parziale", "automatico", dove il
l'impostazione predefinita è "automatico", oppure utilizzare uno dei seguenti:

--Il vicino più prossimo
Interpolazione del vicino più prossimo (per dati di intensità ed etichetta)

--lineare
Interpolazione trilineare

--cubo
Interpolazione tricubica

--coseno-sinc
Interpolazione sincrona con finestrella del coseno (più accurata ma più lenta)

--volume-parziale
Interpolazione del volume parziale (per i dati dell'etichetta)

--automatico
Seleziona l'interpolazione automaticamente in base al tipo di dati: lineare per il livello di grigio
data, il vicino più prossimo per i dati dell'etichetta. [Questo is , il predefinito]

--match-istogrammi
Abbina l'istogramma dell'immagine mobile all'istogramma dell'immagine di riferimento.

--repeat-match-istogrammi
Ripeti la corrispondenza dell'istogramma dopo ogni livello della registrazione per tenere conto del volume
i cambiamenti. Quando si registrano dati mascherati, è consigliabile utilizzare anche il comando --force-
opzione valore esterno per evitare istogrammi con scarsa corrispondenza.

--forza-fuori-valore
Forza i valori al di fuori del campo visivo su questo valore piuttosto che eliminare pixel incompleti
coppie [Predefinito: Disabilitato]

Riferimento Immagine Pre-elaborazione
--classe-ref
Classe dati: grigio (predefinito) o etichetta [Predefinito: NESSUNO]

--pad-rif
Valore di riempimento [Predefinito: Disabilitato]

--soglia-min-rif
Soglia di troncamento del valore minimo [Predefinito: Disabilitato]

--soglia-max-rif
Soglia di troncamento del valore massimo [Predefinito: Disabilitato]

--prune-istogramma-ref
Numero di bin per la potatura basata su istogramma [Predefinito: Disabilitato]

--istogramma-equalizzazione-rif
Applicare l'equalizzazione dell'istogramma

--median-filter-raggio-rif
Applica il filtro mediano con un determinato raggio [Predefinito: 0]

--sobel-filtro-ref
Applicare il filtro di rilevamento dei bordi Sobel

--crop-indice-ref
Regione di ritaglio nelle coordinate dell'indice di pixel [analizzato come %d,%d,%d,%d,%d,%d per
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Predefinito: NESSUNO]

--crop-mondo-ref
Ritaglio della regione nelle coordinate mondiali [analizzato come %f,%f,%f,%f,%f,%f per
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Predefinito: NESSUNO]

--crop-trebbiare-ref
Ritaglio automatico in base alla soglia [Predefinito: Disabilitato]

A galla Immagine Pre-elaborazione
--class-flt
Classe dati: grigio (predefinito) o etichetta [Predefinito: NESSUNO]

--pad-flt
Valore di riempimento [Predefinito: Disabilitato]

--thresh-min-flt
Soglia di troncamento del valore minimo [Predefinito: Disabilitato]

--thresh-max-flt
Soglia di troncamento del valore massimo [Predefinito: Disabilitato]

--prune-istogramma-flt
Numero di bin per la potatura basata su istogramma [Predefinito: Disabilitato]

--istogramma-equalizzazione-flt
Applicare l'equalizzazione dell'istogramma

--filtro-mediano-raggio-flt
Applica il filtro mediano con un determinato raggio [Predefinito: 0]

--sobel-filtro-flt
Applicare il filtro di rilevamento dei bordi Sobel

--crop-indice-flt
Regione di ritaglio nelle coordinate dell'indice di pixel [analizzato come %d,%d,%d,%d,%d,%d per
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Predefinito: NESSUNO]

--crop-mondo-flt
Ritaglio della regione nelle coordinate mondiali [analizzato come %f,%f,%f,%f,%f,%f per
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Predefinito: NESSUNO]

--crop-trebbiare-flt
Ritaglio automatico in base alla soglia [Predefinito: Disabilitato]

Uscita parametri
--outlist , -o
Percorso di output per la trasformazione finale [Predefinito: NESSUNO]

--tempo , -t
Nome del file di output delle statistiche sui tempi di calcolo [Predefinito: NESSUNO]

--output-intermedio
Scrivi trasformazione per ogni livello [predefinito: scrivi solo trasformazione finale]

Immagine/Trasformazione Banca Dati
--db
Percorso al database di immagini/trasformazioni che dovrebbe essere aggiornato con il nuovo
registrazione e/o immagine riformattata. [Predefinito: NESSUNO]

AUTORI

Torsten Rohlfing, con contributi di Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff e Yaroslav Halchenko

Usa cmtk-warpx online utilizzando i servizi onworks.net