Questo è il comando dane che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
dan - Calcola la temperatura di fusione dell'acido nucleico
SINOSSI
Dan -sequenza seguito -dimensione finestra numero intero -incremento dello spostamento numero intero -dnaconc galleggiante
-concentrato di sale galleggiante [-Prodotto ginocchiera] -formammide galleggiante -mancata corrispondenza galleggiante -prodlen numero intero
[-termo ginocchiera] -temperatura galleggiante -rna booleano -complotto ginocchiera -mintemp galleggiante
-grafico xigrafo -file di uscita rapporto
Dan -Aiuto
DESCRIZIONE
Dan è un programma a riga di comando di EMBOSS ("il software aperto di biologia molecolare europea
Suite"). Fa parte dei gruppi di comandi "Nucleic:Properties,Nucleic:Composition".
VERSIONI
Ingresso pagina
-sequenza seguito
Obbligatorio pagina
-dimensione finestra numero intero
I valori del punto di fusione e di altre proprietà termodinamiche della sequenza sono
determinato prendendo una breve sequenza nota come finestra e determinando il
proprietà della sequenza in quella finestra. La finestra viene spostata in modo incrementale lungo il
sequenza con le proprietà calcolate in ogni nuova posizione. Valore predefinito: 20
-incremento dello spostamento numero intero
Questo è l'importo di cui la finestra viene spostata ad ogni incremento per trovare il file
punto di fusione e altre proprietà lungo la sequenza. Valore predefinito: 1
-dnaconc galleggiante
Valore predefinito: 50.
-concentrato di sale galleggiante
Valore predefinito: 50.
aggiuntivo pagina
Prodotto Opzioni
-Prodotto ginocchiera
Ciò richiede la percentuale di formammide, la percentuale di disallineamenti consentiti e la lunghezza del prodotto.
-formammide galleggiante
Specifica la percentuale di formammide da utilizzare nei calcoli (viene ignorata a meno che
-prodotto utilizzato). Valore predefinito: 0.
-mancata corrispondenza galleggiante
Specifica la mancata corrispondenza percentuale da utilizzare nei calcoli (viene ignorata a meno che
-prodotto utilizzato). Valore predefinito: 0.
-prodlen numero intero
Specifica la lunghezza del prodotto da utilizzare nei calcoli (viene ignorata a meno che
-prodotto utilizzato). Valore predefinito: $(dimensione finestra)
Termodinamico Opzioni
-termo ginocchiera
Invia i valori DeltaG, DeltaH e DeltaS delle finestre di sequenza ai dati di output
file.
-temperatura galleggiante
Se è stato specificato -thermo, questo specifica la temperatura alla quale
calcolare i valori DeltaG, DeltaH e DeltaS. Valore predefinito: 25.
Tecnologia pagina
-rna booleano
Ciò specifica che la sequenza è una sequenza di RNA e non una sequenza di DNA.
Uscita pagina
-complotto ginocchiera
Se questo non è specificato allora viene prodotto il file dei dati di output, altrimenti un grafico dei dati
viene prodotto il punto di fusione lungo la sequenza.
-mintemp galleggiante
Immettere un valore minimo per la scala della temperatura (asse y) del grafico. Valore di default:
55
-grafico xigrafo
-file di uscita rapporto
Se non viene prodotto un grafico, i dati sul punto di fusione ecc. in ciascuna finestra
lungo la sequenza viene inviato al file.
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