Questo è il comando gdcmimg che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gdcmimg - Manipola il file immagine DICOM.
gdcmimg è uno strumento di basso livello per consentire la de-/incapsulamento da/a un'immagine DICOM. Questo strumento lo fa
non capisco la conversione della sintassi di trasferimento. Incapsula i dati grezzi così come sono. Questo
ha un certo impatto in alcuni casi, vedere le avvertenze speciali di seguito.
È importante notare che gdcmimg può incapsulare solo il file di input corretto, ad esempio
JPG e/o JP2 sono accettati poiché è possibile trovare una sintassi di trasferimento DICOM associata.
Tuttavia, input come TIFF e/o PNG non lo sono, poiché DICOM non li supporta. Vedere
invece uno strumento come gdcm2vtk.
SINOSSI
gdcmimg [opzioni] file-in file-out
DESCRIZIONE
gdcmmg lo strumento da riga di comando può essere utilizzato in due modi:
· 1. Conversione di un formato di file riconosciuto nella sua controparte DICOM incapsulata,
· 2. Anonimazione di una porzione rettangolare di un file DICOM.
PARAMETRI
file-in input nome file (non DICOM)
file-out nome file di output DICOM
VERSIONI
-i --input Nome file di input
-o --output Nome del file di output
SPECIFICO VERSIONI
--endian %s Endianità (LSB/MSB).
-d --depth %d Profondità (O 8/16/32 o BitsAllocated es. 12 quando noto).
--sign %s Segno del pixel (0/1).
--spp %d campione per pixel (1/3).
-s --dimensione %d,%d dimensione.
-C --sop-class-uid UID classe SOP (nome o valore).
-T --study-uid Studio UID.
-S --series-uid UID di serie.
--root-uid UID radice.
RIEMPIRE VERSIONI
-R --regione %d,%d regione.
-F --fill %d Riempi con il valore di pixel specificato.
GENERALE VERSIONI
-h --aiuto
stampa questo testo di aiuto ed esci
-v --versione
stampa le informazioni sulla versione ed esci
-V --verboso
modalità dettagliata (avviso+errore).
-W --avviso
modalità di avviso, stampa informazioni di avviso
-E --errore
modalità errore, stampa informazioni sull'errore
-D --debug
modalità di debug, stampa informazioni di debug
AMBIENTE VARIABILE
GDCM_ROOT_UID UID radice
SUPPORTATI RISORSE FORMATO (ADEGUATA RISORSE ESTENSIONE)
gdcmimg baserà il suo processo di conversione in base all'estensione del file. Segue l'elenco di
estensione del file riconosciuta. Quando non viene trovata alcuna estensione, si presuppone il file DICOM.
formato di input
* RAW (grezzo, rawl, grigio, rgb)
*RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
*JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
*DICOM()
formato di output:
* PGM (pgm, pnm, ppm)
*DICOM()
Per il formato di file RAW, dovresti prestare particolare attenzione all'opzione –endian. Per il (vecchio)
Formato file JPEG, sono supportati sia il formato lossy che lossless, l'utente dovrebbe pagare
attenzione all'opzione –segno. Per formati di file come RLE o RAW, l'utente è tenuto a
compilare le informazioni richieste per trovare la dimensione e il tipo di dati di input in quanto non esiste
altro modo per trovare queste informazioni. Per tutti gli altri formati di file, le proprietà sono derivate
dal formato del file stesso.
Il file PNM dovrebbe essere big endian (importante per profondità > 8)
TIPICO USO
Rimuovere a rettangolare parte of , il Immagine
Per riempire la regione [0,100]x[0,100] di un'immagine DICOM, fai semplicemente:
$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm
Attenzione: se i Dati Pixel sono compressi, l'immagine viene prima decompressa in modo che il pixel
può essere impostato su 0, ma non viene ricompresso.
convertire RAW a DICOM
L'estensione riconosciuta è .raw, .rawl, .gray o .rgb (senza distinzione tra maiuscole e minuscole)
$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
l'immagine sarà un'acquisizione secondaria.
Quando l'input è a 3 componenti, è necessario specificare esplicitamente i campioni per pixel:
$ gdcmimg --size 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm
Quando il nome del file contiene .rgb come estensione del file, l'output viene automaticamente riconosciuto come
RGB non è necessario specificare –spp
$ gdcmimg --dimensione 512,512 input.rgb output_rgb.dcm
È possibile utilizzare il dd cmd per saltare qualsiasi intestazione che vorresti scartare, ad esempio, se
vuoi saltare i primi 108 byte, fai semplicemente:
$ dd skip=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw
Le estensioni .raw e .rawl sono equivalenti. Devi specificare esplicitamente l'endianness
manualmente:
$ gdcmimg --endian MSB --dimensione 512,512 --profondità 16 -i input.raw -o output.dcm
or
$ gdcmimg --endian LSB --dimensione 512,512 --profondità 16 -i input.raw -o output.dcm
convertire PGM/PNM/PPM a DICOM
Le estensioni riconosciute sono .pgm, .pnm, .ppm (senza distinzione tra maiuscole e minuscole)
$ gdcmimg -i input.pgm -o output.dcm
l'immagine sarà un'acquisizione secondaria
convertire RLE a DICOM
L'estensione riconosciuta è .rle (senza distinzione tra maiuscole e minuscole)
$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.rle -o output.dcm
l'immagine sarà un'acquisizione secondaria
convertire JPEG a DICOM
Le estensioni riconosciute sono .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (senza distinzione tra maiuscole e minuscole)
$ gdcmimg -i input.ljpeg -o output.dcm
l'immagine sarà un'acquisizione secondaria
convertire J2K a DICOM
Le estensioni riconosciute sono .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (senza distinzione tra maiuscole e minuscole)
$ gdcmimg -i input.j2k -o output.dcm
l'immagine sarà un'acquisizione secondaria.
Tutte le informazioni sui pixel (bit memorizzati/allocati...) saranno derivate dall'immagine stessa,
e non dalle opzioni della riga di comando.
specificando a SOP Classe UID
Invece dell'archiviazione di immagini di acquisizione secondaria predefinita, si potrebbe voler specificare, ad esempio VL
Archiviazione di immagini fotografiche.
$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg output.dcm
MULTIPLA FILE
gdcmimg gestisce bene un insieme di file (ad esempio jpeg):
$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg output.dcm
È importante specificare una classe SOP che supporti immagini multi-frame altrimenti
gdcmimg fallirà.
ENTRA IN COMPENSARE
In alcuni casi, si potrebbe voler creare una sezione 2D da un volume arbitrario (ad es. 3D). In
nel qual caso l'offset diventa utile:
$ gdcmimg --offset 4954104330 --size 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm
AVVERTIMENTO
Ci sono un paio di problemi con l'implementazione di gdcmimg:
Per i file RAW, si dovrebbe prestare attenzione che quando si utilizza –endian MSB i Pixel Data saranno
incapsulato così com'è (non toccato da gdcmimg). Quindi l'unica possibile sintassi di trasferimento
disponibile è Implicit VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM gestisce questo privato
Sintassi di trasferimento. Quindi, se hai bisogno di convertire questa sintassi di trasferimento in un'altra (e consentire
Manipolazione dei dati pixel), è possibile utilizzare:
$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm
Per il file JFIF e il file JP2 (con intestazione) l'intestazione viene copiata nell'elemento Pixel Data
che è illegale per JP2. Usa gdcmconv per ricodificare correttamente un file JP2/JFIF in J2K/JPG.
$ gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force output_jp2.dcm output_j2k.dcm
Per il file RLE, non viene eseguito alcun controllo per l'attraversamento del confine di riga. Si consiglia di utilizzare
gdcmconv –rle per ricodificare in un file RLE appropriato in caso di dubbio.
Ovviamente se la compressione non va bene con la tua configurazione, puoi sempre de-incapsulare il
File DICOM (tipicamente JPEG) in una forma non incapsulata, usando gdcmconv:
$ gdcmconv --raw input_jpeg.dcm output_raw.dcm
Usa gdcmimg online utilizzando i servizi onworks.net
