Questo è il comando gmod_make_cvtermpath.plp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmod_make_cvtermpath.pl - calcola la chiusura transitiva sui termini dell'ontologia nel
tabella cvterm
USO
perl gmod_make_cvtermpath.pl -H [dbhost] -D [dbname] [-vt] -c cvname
perl gmod_make_cvtermpath.pl -g [GMODConf_profile] -c cvname
Scheda Sintetica
-c Nome dell'ontologia (cv.name) su cui calcolare la chiusura transitiva. (Obbligatorio)
-v Output dettagliato
-t Modalità di prova. Non esegue alcuna operazione di archiviazione. (Non implementato)
-o outfile per scrivere errori e messaggi dettagliati (facoltativo)
-g Nome del profilo del database GMOD (può fornire il nome dell'host e del DB) Predefinito: 'default'
If non è un utilizzando a GMOD banca dati tuo profilo (opzione -G) poi Tu devono obbligatoriamente: fornire , il i seguenti
parametri
-D Nome del database
-H Nome host
-d Nome del driver del database (ad esempio 'Pg' per postgres)
-u [Facoltativo - se l'utente predefinito non è utilizzato] Nome utente del database
-p [Facoltativo - se hai bisogno di una password per connetterti al tuo database] Password per il tuo utente
per connettersi al database
DESCRIZIONE
Questo script calcola la chiusura transitiva sui termini dell'ontologia nella tabella cvterm.
Poiché si tratta di un'operazione computazionalmente intensiva, eseguirla su un cv di grandi dimensioni come il Gene
L'ontologia può richiedere diverse ore. Per maggiori informazioni su cosa sia una chiusura transativa,
perfavore guarda:
http://www.geneontology.org/GO.database.shtml#grafici
Utilizzare gmod_make_cvtermpath.plp online utilizzando i servizi onworks.net
