Questo è il comando gmx-spatial che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-spaziale - Calcola la funzione di distribuzione spaziale
SINOSSI
gmx spaziale [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[Ora] [-[no]pc]
[-[no]div] [-ign ] [-bidone ] [-nab ]
DESCRIZIONE
gmx spaziale calcola la funzione di distribuzione spaziale e la restituisce in una forma che può
essere letto da VMD come formato cubo Gaussian98. Per un sistema di 32,000 atomi e 50 ns
traiettoria, la SDF può essere generata in circa 30 minuti, con la maggior parte del tempo dedicato
alle due corse attraverso trjconv che sono necessari per centrare tutto correttamente. Questo
occupa anche molto spazio (3 copie del file della traiettoria). Comunque le foto
sono carine e molto istruttive quando la selezione adatta è fatta correttamente. 3-4 atomi in
un gruppo ampiamente mobile (come un amminoacido libero in soluzione) funziona bene, oppure selezionare il
spina dorsale proteica in una struttura piegata stabile per ottenere l'SDF del solvente e guardare il
shell di solvatazione media nel tempo. È anche possibile utilizzare questo programma per generare l'SDF
basata su una coordinata cartesiana arbitraria. Per farlo, ometti semplicemente il preliminare gmx
trjconv gradini.
Uso:
1. Utilizzare gmx make_ndx per creare un gruppo contenente gli atomi attorno ai quali si vuole l'SDF
2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcenter tric -ur compatto -pc nessuna
3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -in forma marcire+trans
4. corri gmx spaziale sul c.tng uscita del passaggio #3.
5. Carica griglia.cubo in VMD e visualizzare come un'isosuperficie.
Note: che richiedono sistemi come le micelle gmx trjconv -pc gruppo tra i passaggi 1
e 2.
Avvertenze
L'SDF verrà generato per un cubo che contiene tutti i bin che hanno alcuni diversi da zero
occupazione. Tuttavia, la preparazione -in forma marcire+trans opzione a gmx trjconv implica che
il tuo sistema ruoterà e tradurrà nello spazio (in modo che il gruppo selezionato
non). Pertanto i valori restituiti saranno validi solo per alcune regioni
intorno al tuo gruppo/coordinata centrale che si sovrappone completamente al volume del sistema in tutto
l'intero sistema traslato/ruotato nel corso della traiettoria. Sta a
utente per assicurarsi che questo sia il caso.
Rischioso Opzioni
Per ridurre la quantità di spazio e tempo necessari, è possibile emettere solo le coordinate che sono
verrà utilizzato nella prima e nelle successive prove gmx trjconv. Tuttavia, assicurati di
impostare il -nab opzione a un valore sufficientemente alto poiché la memoria è allocata per i contenitori del cubo
in base alle coordinate iniziali e al -nab valore dell'opzione.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione
-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice
Altre opzioni:
-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)
-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file
-[no]pc (In)
Utilizzare condizioni al contorno periodiche per calcolare le distanze
-[no]div (sì)
Calcola e applica il divisore per l'occupazione dei contenitori in base ad atomi/cubo minimo
dimensione. Imposta come TRUE per la visualizzazione e come FALSE (-nodiv) per ottenere conteggi precisi
per fotogramma
-ign (-1)
Non visualizzare questo numero di cubi esterni (i valori positivi possono ridurre il confine
macchioline; -1 assicura che la superficie esterna sia visibile)
-bidone (0.05)
Larghezza dei contenitori (nm)
-nab (4)
Numero di bin aggiuntivi per garantire una corretta allocazione della memoria
NOTO PROBLEMI
· Quando la memoria allocata non è sufficientemente grande, può verificarsi un errore di segmentazione. Questo è
di solito viene rilevato e il programma viene interrotto prima dell'errore durante la visualizzazione di un avviso
messaggio che suggerisce l'uso del -nab (Numero di contenitori aggiuntivi). in ogni caso, il
programma non rileva tutti questi eventi. Se riscontri un errore di segmentazione, eseguilo
di nuovo con un aumento -nab valore.
Usa gmx-spatial online utilizzando i servizi onworks.net
