gt-cds - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gt-cds: aggiunge funzionalità CDS (sequenza di codifica) alle funzionalità dell'esone fornite nel file GFF3.

SINOSSI

gt cds [opzione...] [GFF3_file]

DESCRIZIONE

-minorflen [APPREZZIAMO]
imposta la lunghezza minima che un open reading frame (ORF) deve avere per essere aggiunto come CDS
caratteristica (misurata in aminoacidi) (impostazione predefinita: 64)

-startcodone [si|no]
richiedono che un ORF debba iniziare con un codone iniziale (impostazione predefinita: no)

-codonefinalstop [si|no]
richiedono che l'ORF finale termini con un codone di stop (default: no)

-fileseq [Nome del file]
imposta il file di sequenza da cui prendere le sequenze (default: undefined)

-ecc [Nome del file]
imposta il nome indice della sequenza codificata da cui prendere le sequenze (predefinito:
non definito)

-files
impostare i file di sequenza da cui estrarre le funzionalità da utilizzare -- per chiudere la lista
di file di sequenza

-matchdesc [si|no]
cercare le descrizioni della sequenza dai file di input per gli ID di sequenza desiderati (in
GFF3), riportando la prima corrispondenza (default: no)

-matchdescstart [si|no]
corrispondere esattamente alle descrizioni della sequenza dai file di input per la sequenza desiderata
ID (in GFF3) dall'inizio al primo spazio bianco (predefinito: no)

-usato [si|no]
utilizzare le descrizioni della sequenza per mappare gli ID della sequenza (in GFF3) alla sequenza effettiva
inserimenti. Se una descrizione contiene un intervallo di sequenza (ad es. III:1000001..2000000), il
la prima parte è usata come ID di sequenza (III) e la posizione del primo intervallo come offset
(1000001) (predefinito: no)

- mappatura delle regioni [stringa]
imposta il file contenente la regione della sequenza sulla mappatura del file della sequenza (predefinito: non definito)

-v [si|no]
essere prolisso (predefinito: no)

-o [Nome del file]
reindirizza l'output al file specificato (predefinito: non definito)

-gzip [si|no]
scrivi file di output compresso gzip (predefinito: no)

-bzip2 [si|no]
scrivere file di output compresso bzip2 (impostazione predefinita: no)

-vigore [si|no]
forza la scrittura nel file di output (impostazione predefinita: no)

-Aiuto
visualizza la guida ed esci

-versione
visualizza le informazioni sulla versione ed esci

Formato file per opzione - mappatura delle regioni:

Il file fornito all'opzione -regionmapping definisce una "mapping". Una mappatura mappa il
voci di regione di sequenza fornite nel GFF3_file in un file di sequenza contenente il
sequenza corrispondente. Le mappature possono essere definite in una delle due forme seguenti:

mappatura = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

mappatura delle funzioni (sequence_region)
return "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
fine

La prima forma definisce un Lua (http://www.lua.org) tabella denominata “mapping” che mappa ciascuno
regione di sequenza al file di sequenza corrispondente. Il secondo definisce una funzione Lua
“mapping”, che deve restituire il nome del file di sequenza quando viene chiamato con il
sequenza_regione come argomento.

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