Questo è il comando gt-readjoiner-prefilter che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gt-readjoiner-prefilter - Rimuove le letture contenute e di bassa qualità e codifica le letture impostate in
formato GtEncseq.
SINOSSI
gt readjoiner pre filtro [opzione ...]
DESCRIZIONE
-readset [stringa]
specificare il nome del readset predefinito: nome file del primo input sequence_file
-Db
specificare un elenco di librerie di input (Fasta/FastQ); per le librerie single-end utilizzare il
nomefile (che non può contenere : simboli); per librerie paired-end con
legge interleaved (f,r,f,r,...) in un singolo file usa la notazione
: [, ] (stdev può essere omesso); per paired-end con letture
in due file (f, r) usa la notazione : : [, ]
-v [si|no]
essere prolisso (predefinito: no)
-q [si|no]
sopprimere i messaggi di output standard (predefinito: no)
-delle [si|no]
memorizza gli ID Fasta (o intere descrizioni se usato insieme a -clipdes no) avviso:
aumenta il fabbisogno di memoria (impostazione predefinita: no)
-clipde [si|no]
clip descrizioni Fasta dopo il primo spazio impostato su false se hai bisogno di descrizioni intere
(predefinito: sì)
-memdes [si|no]
usa la memoria per le descrizioni (impostazione predefinita: usa la memoria temporanea su disco)
-max [APPREZZIAMO]
numero massimo di posizioni di bassa qualità in una lettura predefinita: infinito
-qualità bassa [APPREZZIAMO]
qualità massima per una posizione da considerare di bassa qualità (default: 3)
-phred64 [si|no]
usa i punteggi phred64 per il formato FastQ (predefinito: no)
-Aiuto
visualizza la guida per le opzioni di base ed esci
-aiuto+
visualizza la guida per tutte le opzioni ed esci
-versione
visualizza le informazioni sulla versione ed esci
REPORTING BUG
Segnala bug a[email protected]>.
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