Questo è il comando kmc_tools-complex che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
kmc_tools-complex - operazioni complesse con un numero di database di input
SINOSSI
complesso kmc_tools
DESCRIZIONE
Questo comando esegue una combinazione di operazioni come definito da
. È un file di testo con la seguente sintassi:
__________________________________________________________________
|INGRESSO: |
| = [parametri] |
| = [parametri] |
|... |
| = [parametri] |
|USCITA: |
| = [ [...] |
|[PARAMETRI_USCITA: __|
| ] | /
| | /
|_________________________________________________________________|/
PARAMETRI
ingresso1, ingresso2, ..., ingressoN
nomi degli input utilizzati per definire l'equazione
input1_db_percorso, input2_db_percorso, ..., inputN_db_percorso
percorsi per insiemi k-mer
Per ogni ingresso sono previsti ulteriori parametri impostabili:
-ci
escludere k-mer che si verificano meno di volte
cx
escludere k-mer che si verificano più di volte
out_db_path
percorso del database di output
rif_input
uno di input1, input2, ..., inputN
oper
uno di {*,-,~,+}, che si riferisce a {intersect, kmers_subtract, counters_subtract,
unione}
L'operatore '*' ha la priorità più alta. Gli altri operatori hanno pari priorità. L'ordine di
le operazioni possono essere modificate con le parentesi.
Parametri di uscita:
-ci
escludere k-mer che si verificano meno di volte
-cx
escludere k-mer che si verificano più di volte
-cs
valore massimo di un contatore
ESEMPIO
__________________________________________________________________
|INGRESSO: |
|set1 = kmc_o1 -ci5 |
|set2 = kmc_o2 |
|set3 = kmc_o3 -ci10 -cx100 __|
|USCITA: | /
|risultato = (set3+set1)*set2 | /
|_________________________________________________________________|/
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