Questo è il comando kmc_tools che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
kmc_tools - operazioni aggiuntive sui database k-mer
SINOSSI
kmc_tools [parametri globali] [parametri operazione]
DESCRIZIONE
Questo comando e i suoi vari sottocommenti implementano una serie di operazioni su KMC
banche dati.
k-mers set operazioni per 2 KMC banche dati
intersecare
intersezione di insiemi di 2 k-meri
kmers_subtract
sottrazione di insiemi da 2 k-meri
contatori_sottrai
contrasta la sottrazione di insiemi di 2 k-mer
unione
unione di insiemi di 2 k-mers
operazioni per singolo KMC banca dati
sorta
ordina i k-meri dal database generato da KMC2.x
ridurre
escludere k-mers troppo rari e troppo frequenti
compatto
rimuovi contatori (memorizza solo k-mers)
istogramma
istogramma delle occorrenze di k-mers
cumulo di rifiuti
scarica k-mer e contatori in un file di testo
Scopri di più complesso operazioni:
complesso
operazioni complesse con una serie di database di input
Altro operazioni:
filtro
filtrare le letture con un numero di k-mer troppo piccolo
VERSIONI
globale parametri:
-t
numero totale di thread (impostazione predefinita: numero di core CPU)
-v
abilita la modalità dettagliata (mostra alcune informazioni) (impostazione predefinita: false)
-HP
nascondi percentuale di avanzamento (impostazione predefinita: false)
ESEMPIO
kmc_tools unione db1 -ci3 db2 -ci5 -cx300 db1_union_db2 -ci10
Utilizza kmc_tools online utilizzando i servizi onworks.net
