Questo è il comando kmc_tools che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, l'emulatore online di Windows o l'emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
kmc_tools - operazioni aggiuntive sui database k-mer
SINOSSI
kmc_tools [parametri globali] [parametri operativi]
DESCRIZIONE
Questo comando e i suoi vari sottocommenti implementano una serie di operazioni su KMC
banche dati.
k-mers set operazioni da 2 KMC banche dati
intersecare
intersezione di 2 insiemi di k-meri
kmers_sottrarre
sottrazione di 2 insiemi di k-meri
contatori_sottrai
conta la sottrazione di 2 insiemi k-meri
unione
unione di 2 insiemi di k-meri
operazioni da singolo KMC banca dati
sorta
ordina i k-meri dal database generato da KMC2.x
ridurre
escludere i k-meri troppo rari e troppo frequenti
compatto
rimuovere i contatori (memorizzare solo i k-meri)
istogramma
istogramma delle occorrenze dei k-meri
cumulo di rifiuti
scarica k-mer e contatori in un file di testo
Scopri di più complesso operazioni:
complesso
operazioni complesse con un numero di database di input
Altri operazioni:
filtro
filtrare le letture con un numero troppo piccolo di k-meri
VERSIONI
globale parametri:
-T
numero totale di thread (predefinito: numero di core della CPU)
-v
abilita la modalità dettagliata (mostra alcune informazioni) (predefinito: falso)
-HP
nascondi percentuale di avanzamento (predefinito: falso)
ESEMPIO
kmc_tools union db1 -ci3 db2 -ci5 -cx300 db1_union_db2 -ci10
Utilizzare kmc_tools online utilizzando i servizi onworks.net
