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kmc_tools - Online nel cloud

Esegui kmc_tools nel provider di hosting gratuito OnWorks su Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS

Questo è il comando kmc_tools che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, l'emulatore online di Windows o l'emulatore online di MAC OS

PROGRAMMA:

NOME


kmc_tools - operazioni aggiuntive sui database k-mer

SINOSSI


kmc_tools [parametri globali] [parametri operativi]

DESCRIZIONE


Questo comando e i suoi vari sottocommenti implementano una serie di operazioni su KMC
banche dati.

k-mers set operazioni da 2 KMC banche dati
intersecare
intersezione di 2 insiemi di k-meri

kmers_sottrarre
sottrazione di 2 insiemi di k-meri

contatori_sottrai
conta la sottrazione di 2 insiemi k-meri

unione
unione di 2 insiemi di k-meri

operazioni da singolo KMC banca dati
sorta
ordina i k-meri dal database generato da KMC2.x

ridurre
escludere i k-meri troppo rari e troppo frequenti

compatto
rimuovere i contatori (memorizzare solo i k-meri)

istogramma
istogramma delle occorrenze dei k-meri

cumulo di rifiuti
scarica k-mer e contatori in un file di testo

Scopri di più complesso operazioni:
complesso
operazioni complesse con un numero di database di input

Altri operazioni:
filtro
filtrare le letture con un numero troppo piccolo di k-meri

VERSIONI


globale parametri:
-T
numero totale di thread (predefinito: numero di core della CPU)

-v
abilita la modalità dettagliata (mostra alcune informazioni) (predefinito: falso)

-HP
nascondi percentuale di avanzamento (predefinito: falso)

ESEMPIO


kmc_tools union db1 -ci3 db2 -ci5 -cx300 db1_union_db2 -ci10

Utilizzare kmc_tools online utilizzando i servizi onworks.net


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