libscane - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

libscan - Ricerche diagnostiche per famiglie di proteine.

SINOSSI

libscan -modalità stratagemma -grippare booleano -henik booleano -Hmm booleano -Sam booleano -psm booleano
-sig booleano -hmm percorso stringa -hmextn stringa -hmmpercorso stringa -hmouttextn stringa
-sampath stringa -stesso stringa -samoutpath stringa -samoutexn stringa
-psmpath stringa -pssmextn stringa -nitro numero intero -trebbiare galleggiante -massima numero intero
-psspercorso stringa -pssmoutexn stringa -gbvpercorso stringa -gbvextn stringa
-gbvgapo galleggiante -gbvgape galleggiante -gbvpercorso stringa -gbvutextn stringa
-hnfpercorso stringa -hnfextn stringa -hnfgapo galleggiante -hnfgape galleggiante -hnfoutpath stringa
-hnfouttextn stringa -sigpath stringa -sigextn stringa -nterm stratagemma -sub matrice
-siggapo galleggiante -siggape galleggiante -sigoutpath stringa -sigoutexn stringa -Db sequenza
-scopf infilare

libscan -Aiuto

DESCRIZIONE

libscan è un programma a riga di comando di EMBOSS ("the European Molecular Biology Open
Suite Software”). Fa parte dei gruppi di comandi "Proteina:Struttura 3D".

VERSIONI

-modalità stratagemma
libscan viene eseguito in una delle due modalità (i) modalità di ricerca nel database o (ii) libreria
Modalità schermo. In modalità di ricerca nel database libscan legge una o più directory ciascuna
contenente un solo tipo di elemento discriminante, i tipi consentiti sono scarsi
firma di sequenza, profilo di Gribskov, profilo di Henikoff o modello di Markov nascosto. In
modalità schermata libreria, libscan legge un set di sequenze, scherma ogni sequenza rispetto al
library (directory di elementi discriminanti) e scrive un file di scansione della libreria (di
famiglie con il punteggio più alto) per ciascuno. Valore predefinito: 2

-grippare booleano
Valore predefinito: N

-henik booleano
Valore predefinito: N

-Hmm booleano
Valore predefinito: N

-Sam booleano
Valore predefinito: N

-psm booleano
Valore predefinito: Sì

-sig booleano
Valore predefinito: N

-hmm percorso stringa
Valore predefinito: ./lib/

-hmextn stringa
Valore predefinito: .hmm

-hmmpercorso stringa
Valore predefinito: ./

-hmouttextn stringa
Valore predefinito: .hmmout

-sampath stringa
Valore predefinito: ./

-stesso stringa
Valore predefinito: .mod

-samoutpath stringa
Valore predefinito: ./

-samoutexn stringa
Valore predefinito: .samout

-psmpath stringa
Valore predefinito: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn stringa
Valore predefinito: .chk

-nitro numero intero
Valore predefinito: 1

-trebbiare galleggiante
Valore predefinito: 100

-massima numero intero
Valore predefinito: 1000

-psspercorso stringa
Valore predefinito: ./

-pssmoutexn stringa
Valore predefinito: .pssmout

-gbvpercorso stringa
Valore predefinito: ./

-gbvextn stringa
Valore predefinito: .grib

-gbvgapo galleggiante
Valore predefinito: 10.0

-gbvgape galleggiante
Valore predefinito: 0.5

-gbvpercorso stringa
Valore predefinito: ./

-gbvutextn stringa
Valore predefinito: .gribout

-hnfpercorso stringa
Valore predefinito: ./

-hnfextn stringa
Valore predefinito: .henik

-hnfgapo galleggiante
Valore predefinito: 10.0

-hnfgape galleggiante
Valore predefinito: 0.5

-hnfoutpath stringa
Valore predefinito: ./

-hnfouttextn stringa
Valore predefinito: .henikout

-sigpath stringa
Valore predefinito: ./

-sigextn stringa
Valore predefinito: .sig

-nterm stratagemma
Valore predefinito: 1

-sub matrice
Valore predefinito: EBLOSUM62

-siggapo galleggiante
Valore predefinito: 10.0

-siggape galleggiante
Valore predefinito: 0.5

-sigoutpath stringa
Valore predefinito: ./

-sigoutexn stringa
Valore predefinito: .sigout

-Db sequenza
In modalità di ricerca nel database, libscan scansiona ogni elemento discriminante rispetto a una sequenza
set. In modalità schermata libreria, libscan legge un set di sequenze e visualizza ogni sequenza
contro la libreria (directory degli elementi discriminanti) Valore predefinito: 49142.vdhf

-scopf infilare
In entrambe le modalità, è richiesto un "file di classificazione Scop" come fonte di famiglia
dati di classificazione. Un file di classificazione Scop contiene la classificazione e altri dati
per i domini dal database scop. Il file è in formato embl e viene generato
per scoppar. Le informazioni sulla sequenza del dominio possono essere aggiunte al file utilizzando scopseqs.
Valore predefinito: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

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