Questo è il comando mapMers-depth che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
mapMers-depth - riporta informazioni sulla mappatura dei kmer in sequenze
SINOSSI
mappaMers-profondità {-contare|-profondità|-statistiche} -mer MERIL -m MERSIZE -seq IN.FASTA
VERSIONI
Modalità of operazione
Per l'ordinale di sequenza 's' e la posizione in quella sequenza 'p':
-contare riporta il conteggio (c) del singolo kmer che parte dalla posizione (p).
Formato: 'spc'
-profondità riporta il numero (n) di kmer che coprono la posizione (p).
Formato: 'spn'
-statistiche riporta il conteggio minimo (m), massimo (M) e medio (a) di tutti i mer che si estendono
posizione (p). riporta anche il conteggio totale (t) e il numero di kmer (n)
Formato: 'spm M atn'
Generale
-m MERSIZE
-mer MERIL
meryl(1) banca dati
-seq IN.FASTA
sequenza di input fasta
Usa mapMers-depth online utilizzando i servizi onworks.net
