mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - Registrazione non lineare di una serie di immagini 2D.

SINOSSI

mia-2dmyoset-all2one-non rigido -i -o [opzioni]

DESCRIZIONE

mia-2dmyoset-all2one-non rigido Questo programma esegue la registrazione non rigida di una serie di
immagini fornite in un set di immagini. Tutte le immagini sono registrate su un riferimento definito dall'utente
immagine.

VERSIONI

File-IO
-i --in-file=(input, richiesto); corda
inserire il set di dati di perfusione

-o --out-file=(output, richiesto); corda
set di dati di perfusione in uscita

--out-filebase=reg
base del nome del file per i file registrati, il tipo di file viene sottratto dall'immagine
tipo di file nel set di dati di input.

Iscrizione
-k --salta=0
Salta le immagini all'inizio della serie Salta le immagini all'inizio della
la serie

-O --ottimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Ottimizzatore utilizzato per la minimizzazione

-l --mg-livelli=3
livelli multi-risoluzionelivelli multi-risoluzione

-f --transForm=spline
tipo di trasformazione tipo di trasformazione Per i plugin supportati vedere
PLUGIN: 2dimage/transform

-r --ref=-1
frame di riferimento (-1 == usa l'immagine al centro) frame di riferimento (-1 == usa
immagine al centro)

Aiuto & Info
-V --verbose=avvertimento
verbosità dell'output, stampa messaggi di un dato livello e priorità più alte.
Le priorità supportate a partire dal livello più basso sono:
info ‐ Messaggi di basso livello
tracciare ‐ Traccia chiamata funzione
fallire ‐ Segnalare i fallimenti dei test
identificazione dei warning ‐ Avvertenze
errore ‐ Segnala errori
mettere a punto ‐ Uscita di debug
messaggio ‐ Messaggi normali
fatale ‐ Segnala solo errori fatali

--diritto d'autore
stampa le informazioni sul copyright

-h --aiuto
stampa questo aiuto

-? --uso
stampa un breve aiuto

--versione
stampa il numero di versione ed esci

Processando
--thread=-1
Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione, questo numero dovrebbe essere inferiore
o uguale al numero di core del processore logico nella macchina. (-1:
stima automatica).Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione,Questo
il numero deve essere inferiore o uguale al numero di core del processore logico in
la macchina. (-1: stima automatica).

PLUGIN: 1g/splinebc

specchio Condizioni al contorno di interpolazione spline che si specchiano sul confine

(nessun parametro)

ripetere Condizioni al contorno dell'interpolazione spline che ripete il valore al confine

(nessun parametro)

zero Condizioni al contorno di interpolazione spline che assumono zero per valori esterni

(nessun parametro)

PLUGIN: 1d/splinekernel

bspline Creazione del kernel B-spline, i parametri supportati sono:

d = 3; intero in [0, 5]
Grado spline.

mamme Creazione del kernel OMoms-spline, i parametri supportati sono:

d = 3; intero in [3, 3]
Grado spline.

PLUGIN: 2dimage/costo

lncc correlazione incrociata normalizzata locale con supporto mascheramento., parametri supportati
siamo:

w = 5; unint in [1, 256]
metà larghezza della finestra utilizzata per valutare la croce localizzata
correlazione.

lsd Misura della distanza dei minimi quadrati

(nessun parametro)

mi Informazioni reciproche basate su parzen spline., i parametri supportati sono:

taglio = 0; fluttuare in [0, 40]
Percentuale di pixel da tagliare ad alta e bassa intensità da rimuovere
valori anomali.

bin = 64; unint in [1, 256]
Numero di contenitori dell'istogramma utilizzati per l'immagine in movimento.

mkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
Kernel spline per hinstogram parzen di immagini in movimento. Per i plug-in supportati
vedi PLUGIN:1d/splinekernel

rbin = 64; unint in [1, 256]
Numero di bin dell'istogramma utilizzati per l'immagine di riferimento.

kernel = [bspline:d=0]; fabbrica
Kernel spline per l'hinstogram parzen dell'immagine di riferimento. Per i plug-in supportati
ins vedi PLUGINS:1d/splinekernel

ncc correlazione incrociata normalizzata.

(nessun parametro)

ngf Questa funzione valuta la somiglianza dell'immagine in base al gradiente normalizzato
campi. Sono disponibili vari kernel di valutazione, i parametri supportati sono:

eval = ds; detto
sottotipo di plugin. I valori supportati sono:
sq ‐ quadrato della differenza
ds ‐ quadrato della differenza in scala
punto ‐ kernel prodotto scalare
attraversare ‐ kernel prodotto incrociato

ssd Costo immagine 2D: somma delle differenze al quadrato, i parametri supportati sono:

autotreccia = 0; fluttuare in [0, 1000]
Usa il mascheramento automatico dell'immagine in movimento prendendo solo i valori di intensità
conto che sono maggiori della soglia data.

norma = 0; bollo
Imposta se la metrica deve essere normalizzata per il numero di pixel dell'immagine.

ssd-maschera automatica
Costo dell'immagine 2D: somma delle differenze al quadrato, con mascheramento automatico basato su un dato
soglie, i parametri supportati sono:

trebbiare = 0; Doppio
Valore di soglia dell'intensità per l'immagine di riferimento.

strillare = 0; Doppio
Valore di soglia dell'intensità per l'immagine sorgente.

PLUGIN: 2dimage/costo intero

Immagine Funzione di costo di somiglianza dell'immagine generalizzata che gestisce anche la multi-risoluzione
in lavorazione. La misura di somiglianza effettiva è data come parametro extra.,
i parametri supportati sono:

costo = ssd; fabbrica
Nucleo della funzione di costo. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:2dimage/cost

mettere a punto = 0; bollo
Salva risultati intermedi per il debug.

ref =(ingresso, stringa)
Immagine di riferimento.

src =(ingresso, stringa)
Immagine di studio.

peso = 1; galleggiante
peso della funzione di costo.

etichettaimmagine
Funzione di costo di somiglianza che mappa le etichette di due immagini e gestisce l'etichetta-
preservando l'elaborazione multi-risoluzione., i parametri supportati sono:

mettere a punto = 0; intero in [0, 1]
scrivi le trasformazioni della distanza in un'immagine 3D.

etichetta max = 256; intero in [2, 32000]
numero massimo di etichette da considerare.

ref =(ingresso, stringa)
Immagine di riferimento.

src =(ingresso, stringa)
Immagine di studio.

peso = 1; galleggiante
peso della funzione di costo.

immagine mascherata
Funzione di costo di somiglianza immagine mascherata generalizzata che gestisce anche multi-
elaborazione della risoluzione. Le maschere fornite dovrebbero essere densamente riempite nelle regioni
elaborazione multi-risoluzione perché altrimenti le informazioni sulla maschera potrebbero andare perse
durante il ridimensionamento dell'immagine. La maschera di riferimento e la maschera trasformata del
immagine di studio sono combinati da binario AND. La misura di somiglianza effettiva è data
es parametro extra., i parametri supportati sono:

costo = ssd; fabbrica
Nucleo della funzione di costo. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:2dimage/maskedcost

ref =(ingresso, stringa)
Immagine di riferimento.

maschera-rif =(ingresso, stringa)
Maschera immagine di riferimento (binaria).

src =(ingresso, stringa)
Immagine di studio.

maschera-src =(ingresso, stringa)
Maschera immagine studio (binario).

peso = 1; galleggiante
peso della funzione di costo.

PLUGIN: immagine 2d/io

bmp Supporto per input/output di immagini 2D BMP

Estensioni file riconosciute: .BMP, .bmp

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit senza segno, 16 bit senza segno

pool di dati IO virtuale da e verso il pool di dati interno

Estensioni di file riconosciute: .@

dicom Immagine 2D io per DICOM

Estensioni file riconosciute: .DCM, .dcm

Tipi di elementi supportati:
16 bit con segno, 16 bit senza segno

EXR un plugin io 2dimage per immagini OpenEXR

Estensioni file riconosciute: .EXR, .exr

Tipi di elementi supportati:
32 bit senza segno, 32 bit in virgola mobile

jpg un plugin io 2dimage per immagini jpeg in scala di grigi

Estensioni file riconosciute: .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg

Tipi di elementi supportati:
8 bit senza segno

png un plugin io 2dimage per immagini png

Estensioni file riconosciute: .PNG, .png

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit senza segno, 16 bit senza segno

crudo Supporto per l'output di immagini 2D RAW

Estensioni file riconosciute: .RAW, .raw

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64
bit

tif Supporto ingresso/uscita immagini TIFF 2D

Estensioni file riconosciute: .TIF, .TIFF, .tif, .tiff

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit senza segno, 16 bit senza segno, 32 bit senza segno

vista un plugin io 2dimage per le immagini di vista

Estensioni file riconosciute: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64
bit

PLUGIN: 2dimage/costo mascherato

lncc correlazione incrociata normalizzata locale con supporto mascheramento., parametri supportati
siamo:

w = 5; unint in [1, 256]
metà larghezza della finestra utilizzata per valutare la croce localizzata
correlazione.

mi Informazioni reciproche basate su parzen spline con mascheramento, i parametri supportati sono:

taglio = 0; fluttuare in [0, 40]
Percentuale di pixel da tagliare ad alta e bassa intensità da rimuovere
valori anomali.

bin = 64; unint in [1, 256]
Numero di contenitori dell'istogramma utilizzati per l'immagine in movimento.

mkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
Kernel spline per hinstogram parzen di immagini in movimento. Per i plug-in supportati
vedi PLUGIN:1d/splinekernel

rbin = 64; unint in [1, 256]
Numero di bin dell'istogramma utilizzati per l'immagine di riferimento.

kernel = [bspline:d=0]; fabbrica
Kernel spline per l'hinstogram parzen dell'immagine di riferimento. Per i plug-in supportati
ins vedi PLUGINS:1d/splinekernel

ncc correlazione incrociata normalizzata con supporto di mascheramento.

(nessun parametro)

ssd Somma delle differenze al quadrato con mascheramento.

(nessun parametro)

PLUGIN: 2dimage/trasformare

raffinato Trasformazione affine (sei gradi di libertà)., i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

rigido Trasformazioni rigide (cioè rotazione e traslazione, tre gradi di
libertà)., i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

rot-centro = [[0,0]]; vettore 2df
Centro di rotazione relativo, cioè <0.5,0.5> corrisponde al centro del
rettangolo di appoggio.

rotazione Trasformazioni di rotazione (cioè rotazione attorno a un dato centro, un grado di
libertà)., i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

rot-centro = [[0,0]]; vettore 2df
Centro di rotazione relativo, cioè <0.5,0.5> corrisponde al centro del
rettangolo di appoggio.

spline Trasformazione a forma libera che può essere descritta da un insieme di coefficienti B-spline
e un kernel B-spline sottostante., i parametri supportati sono:

anisorare = [[0,0]]; vettore 2df
coefficiente anisotropico in pixel, i valori non positivi saranno
sovrascritto dal valore 'tasso'..

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

Kernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel spline di trasformazione. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

pena = ; fabbrica
Pena di trasformazione. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:2dtransform/splinepenalty

tasso = 10; fluttuare in [1, inf)
coefficiente isotropo in pixel.

tradurre Solo traslazione (due gradi di libertà), i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

vf Questo plug-in implementa una trasformazione che definisce una traduzione per ciascuno
punto della griglia che definisce il dominio della trasformazione., supportato
i parametri sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

PLUGIN: 2dtrasformazione/splinepenalità

divcurl divcurl penalità sulla trasformazione, i parametri supportati sono:

arricciare = 1; fluttuare in [0, inf)
peso di penalità sul curl.

div = 1; fluttuare in [0, inf)
peso della penalità sulla divergenza.

norma = 0; bollo
Impostato a 1 se la penalità deve essere normalizzata rispetto all'immagine
dimensione.

peso = 1; fluttuare in (0, inf)
peso dell'energia della penalità.

ESEMPIO

Registra la serie di perfusione fornita in segment.set ottimizzando una spline basata
trasformazione con un coefficiente di 16 pixel utilizzando Mutual Information e penalizzare
la trasformazione utilizzando divcurl con un peso di 2.0.

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid -i segment.set -o registrato.set
-f spline:velocità=16,penalità=[divcurl:peso=2.0] immagine:costo=mi,peso=2.0

AUTORE(i)

Gert Wollny

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