mincstats - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mincstats: calcola semplici statistiche sui voxel di un file minc

SINOSSI

mincstats [ ] .mnc

DESCRIZIONE

Statistiche calcolerà semplici misure statistiche su tutti i voxel di un file minc.
Nota che queste sono misure statistiche globali e non misure voxel per voxel (vedi
mincaveraggio per quello). Per impostazione predefinita vengono calcolate tutte le statistiche. Se le statistiche sono
richiesto tramite un'opzione della riga di comando, vengono stampate solo le statistiche richieste.

Una caratteristica molto utile di questo programma è la possibilità di limitare il set di voxel
inclusi nel calcolo statistico, restringendo l'intervallo di valori inclusi,
o utilizzando un file maschera con un intervallo limitato. Intervalli multipli per il file di input o
file maschera può essere specificato. Per ogni intervallo di valori di volume inclusi e per ogni intervallo
dei valori della maschera, vengono stampate le relative statistiche (n*m valori, dove n è il numero
di intervalli di volume e m il numero di intervalli di maschera). Questi calcoli vengono eseguiti in un unico
passare attraverso i dati, quindi specificare più intervalli è molto più veloce che eseguire il
programma ripetutamente. Questo è molto utile quando si calcolano molte medie regionali con a
Volume maschera VOI.

Una menzione speciale meritano gli istogrammi e le relative misure statistiche. Il
l'intervallo predefinito dell'istogramma va dal valore più piccolo nel file al più grande. In
il caso non raro, ma speciale, in cui il numero di contenitori dell'istogramma corrisponde esattamente al
numero di possibili valori nel file (ad es. 256 bin per dati di byte a intervallo intero), il
l'istogramma può presentare alcune caratteristiche strane quando si utilizza l'intervallo di istogramma predefinito. Questo
nasce dalla discretizzazione dei dati che vengono poi rebinbined in una forma leggermente
istgramma non corrispondente. Per l'esempio dei dati in byte, i valori da utilizzare sono 256
bin e un intervallo di istogrammi che si estende di mezzo bin al di sotto del valore più piccolo e di mezzo bin
sopra il più grande. Usa opzione -istogramma_discreto per risolverlo automaticamente, o usa
-istogramma_intero avere bin di larghezza unitaria se i dati di input sono intrinsecamente interi
(es. dati etichetta). In generale, bisogna stare attenti al rebinning dei discretizzati
dati in un istogramma con una dimensione del contenitore vicina al livello di discretizzazione.

VERSIONI

Nota che le opzioni possono essere specificate in forma abbreviata (purché siano uniche) e
può essere dato ovunque sulla riga di comando. L'ordine in cui vengono stampate le statistiche
saranno sempre gli stessi indipendentemente dall'ordine in cui vengono richiesti sul
riga di comando

Generale Opzioni

-picchiatore
Sovrascrivi un file esistente.

-noclobber
Non sovrascrivere un file esistente (impostazione predefinita).

-verboso
Stampa informazioni extra (più di quelle predefinite).

-silenzioso Stampa solo i numeri richiesti

-dimensione_max_buffer_in_kb Taglia
Specificare la dimensione massima dei buffer interni (in kbyte). L'impostazione predefinita è 4 MB.

invalido APPREZZIAMO Opzioni

-ignora_nan
Escludere i valori non validi (al di fuori dell'intervallo valido) dai calcoli statistici. Questo è
il predefinito.

-include_nan
Tratta i valori non validi come zeri e includili nei calcoli statistici.

-sostituisci_nan APPREZZIAMO
Sostituisci i valori non validi con il valore specificato e includi il nuovo valore in
calcoli statistici.

Volume gamma Opzioni

-pavimento min1,min2, ...
Elenco separato da virgole dei limiti inferiori per gli intervalli di dati da includere nelle statistiche
calcolo.

-soffitto max1,max2, ...
Elenco separato da virgole dei limiti superiori per gli intervalli di dati da includere nelle statistiche
calcolo.

-gamma min1,max1,min2,max2, ...
Elenco separato da virgole dei limiti inferiore e superiore per gli intervalli di dati da includere in
calcolo statistico.

-binvalore val1,val2, ...
Elenco separato da virgole di valori interi da includere nel calcolo statistico. una gamma
di +/- 0.5 è definito intorno a ciascun valore specificato.

-maschera nomefile.mnc
Nome del file da utilizzare per mascherare i dati inclusi nel calcolo statistico. Per
questo per avere qualche effetto, è necessario specificare un intervallo di maschera con uno dei seguenti
opzioni.

-pavimento_maschera min1,min2,...:
Come -pavimento, ma applicato al file maschera.

-maschera_ceil max1,max2, ...
Come -soffitto, ma applicato al file maschera.

-intervallo_maschera min1,max1,min2,max2, ...
Come -gamma, ma applicato al file maschera.

-mask_binvalore val1,val2, ...
Come -binvalore, ma applicato al file maschera.

Istogramma Opzioni

-istogramma Nome del file
Specificare il nome di un file in cui è scritto l'istogramma. Se più intervalli
o vengono specificati gli intervalli di maschere, quindi tutti gli istogrammi vengono scritti in questo file,
separati da righe vuote. Le informazioni che descrivono ogni istogramma sono scritte prima
in righe che iniziano con il carattere cancelletto (cancelletto). Questi file possono essere caricati
in gnuplot.

-hist_bins numero-di-bin
Specificare il numero di bin nell'istogramma.

-bidoni numero-di-bin
Sinonimo di -hist_bins.

-hist_floor verbale
Specificare il limite inferiore per l'istogramma.

-hist_ceil max
Specificare il limite superiore per l'istogramma.

-intervallo_hist verbale max
Specificare un intervallo per l'istogramma

-istogramma_intero
Crea bin di larghezza unitaria, centrati su valori interi. Questo è utile per
dati interi come etichette. L'intervallo dell'istogramma è arrotondato all'intero più vicino,
quindi il min si abbassa e il max si alza di 0.5. Il numero di contenitori è preso
come differenza di questi due valori. Si noti che 0.01 viene aggiunto al minimo e
sottratto dal massimo prima dell'arrotondamento al fine di garantire che a
l'intervallo specificato correttamente (es. [0.5,255.5]) viene preservato. Se vuoi avere
bin interi più larghi di uno, dovrai calcolare l'intervallo dell'istogramma
e il numero di contenitori e non utilizzare questa opzione.

-istogramma_discreto
Tentativo di far corrispondere l'istogramma alla discretizzazione dei dati di input. Questo è
appropriato per dati continui che sono memorizzati in una rappresentazione intera e
quando si desidera una larghezza del raccoglitore vicina alla discretizzazione. Questo è simile a
-istogramma_intero, tranne per il fatto che l'intervallo dell'istogramma viene prima convertito in voxel
valori arrotondati ed estesi di mezzo bidone su entrambi i lati. Questo nuovo voxel
l'intervallo viene quindi riconvertito in valori reali. Il numero di contenitori è preso come
differenza nell'intervallo di valori voxel. Nota che questo non tiene conto delle variazioni
nel ridimensionamento da sezione a sezione, quindi possono ancora verificarsi strani effetti dell'istogramma. Questa opzione è
destinato a dare un comportamento simile a quello di statistiche_volume.

-int_max_bins numero-di-bin
Specificare l'istogramma più grande che può essere ridimensionato automaticamente con quanto sopra
opzioni. Il limite impedisce la creazione accidentale di enormi istogrammi. Questa opzione
ha sostituito il vecchio -max_bins opzione in MINC 1.1.

Standard statistica

-tutti Calcola tutte le misure statistiche. Questa è l'impostazione predefinita.

-nessuna Sinonimo di -contare (per la somiglianza con volume_stats). Nota che sebbene questo fosse
necessario per statistiche_volume, non è necessario qui, poiché specificando uno di questi
le opzioni si disattivano automaticamente -tutti

-contare Contare il numero di voxel che rientrano nell'intervallo e nella maschera.

-per cento
Stampa la percentuale di voxel all'interno dell'intervallo e della maschera

-volume
Stampa il volume dei voxel all'interno dell'intervallo e della maschera (in mm cubi).

-min Stampa il valore minimo.

-Max Stampa il valore massimo.

-somma Stampa la somma di tutti i valori.

-somma2 Stampa la somma dei quadrati di tutti i valori.

-significare Stampa la media.

-varianza
Stampa la varianza.

-stddev
Stampa la deviazione standard.

-asimmetria
Stampa l'asimmetria del campione (3° momento) .

-curtosi
Stampa la curtosi di esempio (4° momento) .

-Com Stampa il centro di massa. Sia la coordinata voxel che le coordinate mondiali sono
stampato. Le coordinate voxel vengono stampate in ordine di file, mentre il mondo
le coordinate sono stampate nell'ordine x,y,z.

-COM Sinonimo di -Com.

-solo_mondo
Stampa il centro di massa solo in coordinate mondiali.

Istogramma statistica

Nota che le statistiche dell'istogramma sono derivate esclusivamente dai conteggi dell'istogramma e bin
centri, quindi risultati come la mediana non saranno esattamente gli stessi del vero valore per
tutti i voxel inclusi. Ad esempio, l'errore sulla mediana può essere grande come mezzo cestino
larghezza. Inoltre, se l'intervallo dell'istogramma è inferiore a quello dei voxel inclusi, allora il
il risultato si applica solo ai voxel inclusi nell'istogramma.

-hit_count
Stampa il numero di voxel nell'istogramma. Questo può essere diverso dal numero di
voxel inclusi e mascherati se l'intervallo dell'istogramma è inferiore all'intervallo del
dati inclusi.

-hist_percent
Stampa la percentuale di voxel inclusi nell'istogramma.

-mediano
Stampa la mediana dell'istogramma.

-maggioranza
Stampa il centro del contenitore (valore di intensità) per il contenitore con il maggior numero di conteggi.

-bimodale T
Stampa la soglia bimodale che separa il volume in due classi L'impostazione predefinita è
per usare il metodo otsu (vedi opzioni sotto)

-otsu Utilizzare il metodo descritto in Otsu N, "Un metodo di selezione della soglia dal livello di grigio
Istogrammi", IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9:1; 62-66 a
calcolare la soglia

- Gattino
Utilizzare l'algoritmo di Kittler&Illingworth '86 per calcolare la soglia bimodale.
Kittler, J. & Illingworth J., "Soglia di errore minimo", Pattern Recognition,
volume 19, pp 41-47, 1986.

-kapur Utilizzare il Kapur et al. Algoritmo '85 per il calcolo della soglia bimodale. Kapur,
Sahoo & Wong "Un nuovo metodo per la soglia dell'immagine a livello di grigio utilizzando l'entropia di
l'istogramma", Computer Vision, Graphics and Image Processing, vol 29, pp
273-285, 1985.

-semplice
Usa un semplice algoritmo della media delle medie per calcolare la soglia bimodale Questo è di più
computazionalmente costoso di alcune delle alternative e non sembra fare un
ottimo lavoro. Ma sembra più robusto di alcuni degli altri metodi.

-pct Stampa la soglia necessaria per una particolare percentuale critica dell'istogramma.

-entropia
Stampa l'entropia di Shannon.

H(x) = - Somma(P(i) * log2(P(i))

dove P(i) è la probabilità bin

Generico Opzioni per contro tutti i comandi:

-Aiuto Stampa il riepilogo delle opzioni della riga di comando ed esci.

-versione
Stampa il numero di versione del programma ed esci.

Usa mincstats online utilizzando i servizi onworks.net