miniasm - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

miniasm - assembler de novo per lunghe sequenze di lettura

SINOSSI

miniasma [-b12V] [-m minMatch] [-i minIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f leggiFile] [-n
nRound] [-r rapporto di caduta] [-F finaleDropRatio] [-p outputInfo] mappatura.paf > output.gfa

DESCRIZIONE

Miniasm è un assemblatore de novo basato su OLC molto veloce per letture lunghe e rumorose. ci vogliono tutti contro
tutti leggono le auto-mappature nel formato PAF come input e generano un grafico di assemblaggio nel GFA
formato. Diversamente dagli assemblatori tradizionali, il miniasmo non ha un passo di consenso. Esso
concatena semplicemente pezzi di sequenze lette per generare le sequenze unitarie finali. così
il tasso di errore per base è simile alle letture di input non elaborate.

VERSIONI

Preselezione Opzioni
-m INT Rilascia mappature con meno di INT basi corrispondenti (col10 in PAF) [100]. Questo
opzione ha lo stesso ruolo di -L di minimappa.

-s INT Mappature di rilascio più brevi di INT-bp [1000]. Questa opzione ha effetto anche sulla seconda
round di filtraggio in lettura e lunghezza minima di sovrapposizione.

-i FLOAT Durante il filtraggio di lettura, ignora le mappature con col10/col11 di seguito FLOAT [0.05].
Le mappature ignorate vengono ancora utilizzate per le sovrapposizioni di lettura.

-c INT Copertura minima di altre letture [3]. Nel primo turno di filtraggio, miniasm
trova la regione più lunga coperta da INT o più letture. Nel secondo turno, è
inoltre richiede che ogni base rimanente sia coperta da INT basi almeno
minSpan/2 dalle estremità di altre letture.

Sovrapposizione Opzioni
-o INT Lunghezza minima di sovrapposizione [uguale a minSpan]

-h INT Lunghezza massima dello sbalzo [1000]. Una sporgenza è una regione non mappata che dovrebbe essere
mappato data una vera sovrapposizione o vero contenimento. Se la sporgenza è troppo lunga,
la mappatura è considerata una corrispondenza interna e verrà ignorata.

-I FLOAT Rapporto minimo tra la lunghezza della mappatura e la lunghezza della mappatura + sporgenza per una mappatura
considerato un contenimento o una sovrapposizione [0.8]. Questa opzione ha un ruolo simile a
-h, tranne per il fatto che controlla il rapporto, non la lunghezza.

Grafico disposizione Opzioni
-g INT Differenze di gap massime tra due letture in una mappatura [1000]. Questo parametro è
utilizzato solo per la riduzione transitiva.

-d INT Distanza di tastatura massima per lo scoppio delle bolle [50000]. Bolle più lunghe di INT
non verrà spuntato.

-e INT Un'unità è considerata piccola se è composta da meno di INT legge [4].
Miniasm può provare a rimuovere piccole unità in vari passaggi.

-f RISORSE Leggi file di sequenza in formato FASTA o FASTQ per generare sequenze unitarie
[nullo]. Se questa opzione è assente, miniasm produce un output GFA senza
sequenze.

-r GALLEGGIA1,[GALLEGGIA2]
Rapporto di caduta di sovrapposizione massimo e minimo [0.7,0.5]. Lascia che sovrapposizione(v->w) sia la sovrapposizione
lunghezza del bordo v->w e maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} essere la lunghezza del massimo
sovrapposizione. Le gocce di miniasm si sovrappongono v->w se la sovrapposizione (v->w)/maxovlp(v) è inferiore a a
soglia controllata da questa opzione. Si applica il miniasma nRound giri di corto
rimozione sovrapposizione con una soglia crescente tra GALLEGGIANTE1 ed GALLEGGIANTE2.

-n INT Turni di rimozione di sovrapposizione corta [3].

-F FLOAT Soglia del rapporto di caduta di sovrapposizione dopo una breve rimozione dell'unità [0.8]

Miscellanea Opzioni
-b Indicare che nell'input è probabile che venga data la stessa mappatura due volte

-1 Salta il primo round di selezione della lettura pre-assemblaggio

-2 Salta il secondo round di selezione della lettura pre-assemblaggio

-p STR Informazioni di output e formato [ug]. Possibile STR i valori includono - letto: inviare-
regioni di lettura filtrate nel formato BED; paf: mappature tra post-filtrati
legge; sg: legge il grafico di sovrapposizione nel formato GFA; ug: grafico unitario nel GFA
formato.

-V Stampa il numero della versione su stdout

INGRESSO FORMATO

Miniasm legge le posizioni di mappatura nel formato di mappatura a coppie (PAF), che è un TAB-
formato di testo delimitato con ogni riga composta da almeno 12 campi come descritto in
la seguente tabella:

? ?
│Berretto o sciarpa │ Tipologia │ Descrizione │
? ?
│ 1 │ stringa │ Nome sequenza query │
│ 2 │ int │ Lunghezza della sequenza di query │
│ 3 │ int │ Coordinata inizio query (in base 0) │
│ 4 │ int │ Coordinata finale della query (in base 0) │
│ 5 │ char │ `+' se query e target sullo stesso strand; `-' se opposto │
│ 6 │ stringa │ Nome sequenza target │
│ 7 │ int │ Lunghezza sequenza target │
│ 8 │ int │ Coordinata iniziale del target sul trefolo originale │
│ 9 │ int │ Coordinata finale di destinazione sul trefolo originale │
│ 10 │ int │ Numero di basi corrispondenti nella mappatura │
│ 11 │ int │ Basi numeriche, comprese le lacune, nella mappatura │
│ 12 │ int │ Qualità della mappatura (0-255 con 255 mancante) │
? ?

Si prega di consultare minimappa(1) per la descrizione dettagliata di ciascun campo.

USCITA FORMATO

Miniasm emette l'assieme nel formato Graphical Fragment Assembly (GFA). È un
formato delimitato da TAB basato su riga, con la lettera iniziale indica il tipo di riga.
La tabella seguente fornisce i tipi di linea utilizzati dal miniasm:

? ?
│linea │ Commento │ Fissa campi │
? ?
│ H │ Intestazione │ N/A │
│ S │ Segmento │ segName segSeq │
│ L │ Sovrapposizione │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Percorso dorato │ utgName utgStart readName:inizio-fine readOri length │
? ?

Usa il miniasm online usando i servizi onworks.net