Questo è il comando mirabait che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
mirabait - seleziona letture da una raccolta di letture
SINOSSI
mirabait [-f ] [-t [-T ...]] [-iklor] file bait infile
DESCRIZIONE
mirabait seleziona le letture da una raccolta di letture che sono parzialmente simili o uguali a
sequenze definite come esche bersaglio. La somiglianza è definita trovando un parametro regolabile dall'utente
numero di k-meri comuni (sequenze di k basi consecutive) uguali nell'esca
sequenze e le sequenze proiettate da selezionare, in avanti o indietro
direzione del complemento.
VERSIONI
-f
caricare questo tipo di file di progetto, dove fromtype è:
sequenze caf da CAF
sequenze maf da MAF
sequenze di dottorato da un dottorato di ricerca
sequenze gbf da un GBF
sequenze fasta da un FASTA
sequenze fastq da un FASTQ
-t
scrivi le sequenze di questo tipo (menzioni multiple di -t sono ammessi):
sequenze fasta a FASTA
sequenze fastq a FASTQ
sequenze da caf a CAF
sequenze maf su MAF
i nomi delle sequenze txt in file di testo
-k k-mer, lunghezza dell'esca in basi (<32, default=31)
-n min. numero di esche k-mer necessarie (default=1)
-i Colpo inverso: scrive solo le sequenze che non colpiscono l'esca
-r Nessun controllo della direzione inversa del complemento
-o Offset qualità fastq (solo per -f = 'fastq') Compensazione dei valori di qualità in FASTQ
file. Predefinito: 33 Un valore 0 tenta di riconoscere automaticamente.
-f
caricare questo tipo di file di progetto, dove fromtype è:
sequenze caf da CAF
sequenze maf da MAF
sequenze di dottorato da un dottorato di ricerca
sequenze gbf da un GBF
sequenze fasta da un FASTA
sequenze fastq da un FASTQ
-t
scrivi le sequenze di questo tipo (menzioni multiple di -t sono ammessi):
sequenze fasta a FASTA
sequenze fastq a FASTQ
sequenze da caf a CAF
sequenze maf su MAF
i nomi delle sequenze txt in file di testo
-k k-mer, lunghezza dell'esca in basi (<32, default=31)
-n min. numero di esche k-mer necessarie (default=1)
-i Colpo inverso: scrive solo le sequenze che non colpiscono l'esca
-r Nessun controllo della direzione inversa del complemento
-o Offset qualità fastq (solo per -f = 'fastq') Compensazione dei valori di qualità in FASTQ
file. Predefinito: 33 Un valore 0 tenta di riconoscere automaticamente.
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