Questo è il comando WigeoN che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
wigeon - reimplementazione dell'utilità di rilevamento delle anomalie del DNA di Pintail 16S
DESCRIZIONE
WigeoN esamina la conservazione della sequenza tra una query e un riferimento attendibile
sequenza, entrambi in formato di allineamento NAST. In base all'identità della sequenza tra la query
e la sequenza di riferimento, è prevista una quantità di variazione tra l'allineamento.
Se la variazione osservata è maggiore del quantile 95% della distribuzione di
variazione osservata tra sequenze non anomale, viene contrassegnata come anomalia.
WigeoN è una reimplementazione flessibile basata su riga di comando dell'algoritmo Pintail Appl
Microbiolo ambientale. Dic 2005;7112:7724-36.
WigeoN è utile per segnalare chimere e anomalie solo in rRNA 16S a lunghezza intera
sequenze. WigeoN manca di sensibilità con sequenze inferiori a 1000 bp.
Per eseguire WigeoN, sono necessarie sequenze formattate NAST generate dall'utilità nast-ier.
WigeoN fa parte della suite microbiomeutil.
VERSIONI
richiesto:
--query_NAST
file multi-fasta contenente sequenze di query in formato di allineamento
Opzionale:
--db_NAST
db in formato NAST
--db_FASTA
db in formato fasta (formattato megablast)
--num_top_hit
default 1: utilizza solo la migliore corrispondenza singola.
--complotto
--DEBUG
--dir_exec
cd in exec_dir prima dell'esecuzione
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