Questa è l'app Linux denominata PPSeq: Parallel NGS Analysis da eseguire in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come ppseq-1.3-Linux-x86_64-pthread.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata PPSeq: Parallel NGS Analysis per l'esecuzione in Linux online con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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PPSeq: analisi NGS parallela da eseguire in Linux online
DESCRIZIONE
La tecnologia di sequenziamento di nuova generazione (NGS) ad alto rendimento è rapidamente emersa come uno strumento potente in molti aspetti della ricerca biomedica. Tuttavia, insieme al suo rapido sviluppo, l'ampiezza dei dati e la complessità dell'analisi per NGS superano di gran lunga la capacità e le capacità delle tradizionali strutture di elaborazione su piccola scala, come gli algoritmi multithreading su workstation standalone. Per risolvere questo problema, qui presentiamo una soluzione che utilizza la fornitura sempre crescente di potenza di elaborazione da parte di sistemi di elaborazione parallela massiva (MPP).Caratteristiche
- ppalgn - allineamento delle letture di sequenziamento a lunghe sequenze di riferimento
- ppbwt - costruire un indice FM da un insieme di sequenze di DNA
Pubblico
Istruzione, Ingegneria, Industria sanitaria, Informatica, Organizzazioni senza scopo di lucro, Scienza/Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
C++
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/ppseq/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
