Questa è l'app Linux denominata QUAST la cui ultima versione può essere scaricata come quast-5.0.2.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata QUAST con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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QUASTO
DESCRIZIONE
QUAST esegue una valutazione della qualità rapida e conveniente e il confronto degli assemblaggi del genoma.
QUAST calcola una serie di parametri ben noti, tra cui l'accuratezza del contig, il numero di geni scoperti, N50 e altri, oltre a introdurne di nuovi, come NA50 (vedi i dettagli nel documento e nel manuale). Un'analisi completa si traduce in tabelle riassuntive (in testo normale, formati separati da tabulazioni e LaTeX) e grafici colorati. Lo strumento produce anche report basati sul web che condensano tutte le informazioni in un file di facile navigazione.
QUAST ha un'interfaccia a riga di comando intuitiva e un manuale dettagliato per aiutare gli utenti a eseguirlo e comprenderne l'output. Inoltre, il Lab ha avviato una versione Beta di web-QUAST presso http://quast.bioinf.spbau.ru/ che rende la valutazione della qualità ancora più semplice.
Gli articoli QUAST e MetaQUAST (extension for metagenomic assembly) sono stati pubblicati su Bioinformatics.
Caratteristiche
- report basati sul web, tabelle in formato txt, separato da tabulazioni e formati LaTeX
- grafici colorati e istogrammi
- valutazione della qualità con e senza genoma di riferimento
- valutazione della qualità degli assemblaggi metagenomici
- browser contig interattivo
Pubblico
Scienza/Ricerca, Sviluppatori, Utenti finali/Desktop
Interfaccia utente
Basato sul Web, riga di comando
Linguaggio di programmazione
Pitone, javascript
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/quast/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
