ืืืื ืืคืงืืื ืฆืืื 2 ืฉื ืืชื ืืืจืืฅ ืืกืคืง ืืืืจืื ืืืื ืื ืฉื OnWorks ืืืืฆืขืืช ืืืช ืืชืื ืืช ืืขืืืื ืืืงืืื ืืช ืืืจืืืืช ืฉืื ื, ืืืื Ubuntu Online, Fedora Online, ืืืืืืืจ ืืงืืื ืฉื Windows ืื ืืืืืืืจ ืืงืืื ืฉื MAC OS
ืชึธืึฐื ึดืืช:
ืฉืึตื
ืฆืืื ืฉื ื - ืืฆื ืืช ืกืืืช ืืฉืืขืจ ืืืืื ืืืืชืจ ืืืขืืื ืช ืืื ืขืืื.
ืชึทืงืฆึดืืจ
ืฆืืื 2 in.fasta > out.shairs
ืชืืืืจ
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-0.6 52 .. 62 TTCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACATT
(ืฆืืื) (ืืชืืื .. ืกืืฃ) (ืืงืฉืจ ืฉืืืื) (ืกืืืช ืฉืืขืจ) (ืืงืฉืจ ืืื ื)
ืขืืืจ ืืืงืืืื ืืื ืงืฆืืืช ืืจืฆืคืื, ืืืงืฉืจ ืขืฉืื ืืืืืช ืืจืืคื ื-'x'
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ื ืืชื ืืชืช ืงืืฆื ืคืืกืื ืืจืืืื ืืจืฆืคืื ืืจืืืื ืืืืืื ืืืืืช ืืื ืงืืืฅ ืคืืกืื. ื
ืืคืื ืขืืืจ ืื ืจืฆืฃ ืืืคืจื ืขื ืืื ืฉืืจื ืืืชืืืื ื-'>' ืืืืืื ืืช
ืชืืืืจ FASTA ืฉื ืืจืฆืฃ.
ืืืืืื ืฉืฆืืื ื ืกืืืืช ืืฉืืขืจ ืฉื ืืืื ืคืืืก ืืืืื ืืื ืืก ืขืฉืืืื ืืืืืช ืฉืื ืื (ืขืงื GU
ืืืืื ื-RNA), ืืืจืืจืช ืืืื, 2ndscore ืืืฆืื ืฉืชื ืงืืืฆืืช ืฉื ืกืืืืช ืจืืฉ ืขืืืจ ืื ืจืฆืฃ: ื
ืกืืืืช ืจืืฉ FORWARD ืืกืืืืช ืจืืฉ REVERSE. ืื ืกืืืืช ืืฉืืขืจ ืืงืืืืืช ืืืฆืืืช ืชืืืื, ื
ืืืืืื ืขื ืืื ืืืืื 'FORWARD' ืืกืืฃ ืืฉืืจื '>' ืฉืืคื ืืื.
ืืืืคื ืืืื, ืกืืืืช ืืฉืืขืจ REVERSE ืืืคืืขืืช ืืืจื ืฉืืจื '>' ืืืกืชืืืืช ื-'REVERSE'. ืื ืืชื
ืจืืฆื ืืืคืฉ ืจืง ืืืื ืืื ืื ืืืจ, ืืชื ืืืื ืืืฉืชืืฉ ื:
--no-fwd ืื ืชืืคืืก ืืช ืกืืืืช ืืฉืืขืจ FORWARD
--no-rvs ืื ืชืืคืืก ืืช ืกืืืืช ืืฉืืขืจ REVERSE
ืืชื ืืืื ืืืืืืจ ืืช ืคืื ืงืฆืืืช ืืื ืจืืื ืฉืื ื ืขืฉื ืฉืืืืฉ, ืืืืืง ืืื ื-transterm ืขื --gc, --au, --gu,
--ืื, --ืืคืฉืจืืืืช ืคืขืจ. ืืืคืฉืจืืืืช --min-loop, --max-loop ื--max-len ื ืชืืืืช ืื ืื.
ืคืืจืื OF LA .ืชืืง ืงืืฆืื
ืืขืืืืืช ืขืืืจ ืงืืืฆื ื-.bag ืื, ืืคื ืืกืืจ:
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2. terminator_start
3. terminator_end
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6. terminator_sequence
7. terminator_confidence: ืฉืืืื ืฉื ืฆืืื ืกืืืช ืจืืฉ ืืื ื ืฉ
ืืืงื ืืืฉืืื ืืช ืืกืืืจืืช ืืฆืืื ืื ืืืื ืืจืฆืฃ ืืงืจืื. ืึถื
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8. ืืจืืง_ืืขืจื ืืงืฆื_ืืื: ืืืกืคืจ ื*ืืฉืืขืจ* ืฉื ืืืกืืก
ืืืืืช ืืื ืกืืฃ ืืื ืืชืืืืชื ืฉื ืืืืกื. ืึถื
ืืื ืืฉืืขืจ ืืืื ืืืคื ืื: ืจืืฉืืช, (ืืืื ืืฉืื) TransTermHP
ืื ืชืืื ืืฉืชืืฉ ืืงืฆืืืช ืืื ืื ืืืืืชืืื. ืชืืื ืืืคืฉืจืืืืช ืฉืืชื ื ืืชื
ืื ืขืฉืื ืืงืฆืฅ ืืืง ืืืงืฆืืืช ืฉื ืืื ืื ืืื ืืืชืืืื ืขื ืื
ืืคืืคื ืืืงืืช ืขื ืื ืื. ืฉื ืืช, ืืืื "ืืชืืื" ืืืืกื
ืื ืื ืื ืืืืืจ. ืฉืื ืื ืืืืขื ืจืง ืืืืืงืช ืฉืคืืืช
(ืืจืืื ืืืจืื ืฉืืืืื ืืืืืื ืืืืชืจ ืืื ืืงืฆืืืช ืฉื ืืื ืื ืื ืืืืจืื ืืืืืช
_ืจืืืง ืืื_ ืืงืฆื ืืื).
ืืฉืชืืฉ TRANSTERM ืืื GENOME ืืขืจืืช
TransTermHP ืืฉืชืืฉ ืืืืืข ืื ืื ืืืืข ืจืง ื-3 ืืืจืื: (1) ืชืืื ืืืฉืืขืจ
terminators ื"ืื ืื ืคื ืืืืื" ืื "ืืื ืื ืื", (2) ืืืืจืช ืืจืงืข GC-
ืืืื ืชืืื ืืื ืืืฉื ืืช ืืฆืืื ืื, ืืืืืื ืฉืืื ืื ืืฉ ืืจืื ืชืืื GC ืฉืื ื
ืืืฉืจ ืืืืืจืื ืืืื-ืื ืืื, ื-(3) ืืืฆืืจ ืคืื ืงืจืื ืืขื ืืืชืจ. ืคืจืืืื (1)
ื-(3) ืื ืืืืช ื ืืืฆืื, ื-(2) ืืื ืืฉืคืขื ืื ืืื ืื ืฉืื ืืฉ ืืขืจื ืืืชื ืืืืจ
ืชืืื GC ืืืืืจืื ืืืื-ืื ืืื ืฉืื.
ืืจืืข ืืืื, ื-TransTermHP ืขืืืื ืืื ืืคืฉืจืืช ืคืฉืืื ืืืคืขืื ืืื ืืขืจื
ืงืืืฅ (ืื .ptt ืื .coords), ืืืืืื ืืคืืืช 2 ืื ืื ืืืืืช ื ืืืืื. ืืคืชืจืื
ืื ืืืฆืืจ ืื ืื ืืืืืคืื ืืงืื ืื ืฉืืืืคืื ืื ืืจืืืืืื. ืืื ืืขืฉืืช ืืืช, ืฆืืจ fake.coords
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fakegene2 L-1 L chrom_id
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ืกืืจ ืคืขืืืืช. "chrom_id" ืฆืจืืื ืืืืืช ืืืืื ืืฉืืจืืช ืืืจื ื-">" ืืงืืืฅ ื-fasta
ืืืืื ืืช ืืจืฆืฃ ืฉืื. (ืื, ืืืฉื, ืงืืืฅ ื-fasta ืฉืื ืืชืืื ื-">seq1", ืื
chrom_id = seq1).
ืื ืืืฆืจ ืืืืืจ "ืืืืืฃ" ืขื ืฉื ื ืื ืื ืืืืจื ืืกืืก ืืื ืฉืืืืคืื ืืช ืืจืฆืฃ ื-
ืกืืืืจ ืื ื ืืื ื: --> <--. ืืืืจ ืืื ื ืืชื ืืืคืขืื ืืช TransTermHP ืขื:
transterm -p expterm.dat sequence.fasta fake.coords
ืื ืชืืืืช ื-G/C ืฉื ืืืืืจืื ืืืื-ืื ืืื ืฉืื ืืขืจื ืืื ืืื ืื ืฉืื, ืื ืื
ืื ืชืืื ืืฉืคืขื ืจืื ืืื ืขื ืืฆืืื ืื ืฉืืงืืืื ืืกืืืืื. ืืฆื ืฉื ื,
ืืฉืืืืฉ ืืื ื-TransTermHP ืื ื ืืืง ืืจืื ืืืื, ืื ืงืฉื ืืืขืื ืขื ืื
ืืืืง.
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