bp_fast_load_gffp - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

bp_fast_load_gff.pl - טעינה מהירה של מסד נתונים Bio::DB::GFF מקבצי GFF.

תַקצִיר

% bp_fast_load_gff.pl -d testdb dna1.fa dna2.fa features1.gff features2.gff ...

תיאור

סקריפט זה טוען מסד נתונים Bio::DB::GFF עם התכונות הכלולות ברשימה של GFF
קבצים ו/או קבצי רצף FASTA. עליך להשתמש בגרסה המדויקת של GFF המתוארת ב
ביוגרפיה::DB::GFF. אפשרויות שורת פקודה שונות מאפשרות לך לשלוט באיזה מסד נתונים לטעון
והאם לאפשר החלפת מסד נתונים קיים.

הסקריפט הזה דומה ל-load_gff.pl, אבל הוא הרבה יותר מהיר. עם זאת, זה מקודד קשה
השתמש ב-MySQL וכנראה עובד רק על פלטפורמות יוניקס בשל הסתמכותו על צינורות. לִרְאוֹת
bp_load_gff.pl עבור טוען אינקרמנטלי שעובד עם כל מסדי הנתונים הנתמכים על ידי
Bio::DB::GFF, ו-bp_bulk_load_gff.pl עבור טוען MySQL מהיר התומך בכל הפלטפורמות.

אורים
אם שם הקובץ ניתן בתור "-" אז הקלט נלקח מקלט סטנדרטי. דָחוּס
קבצים (.gz, .Z, .bz2) אינם דחוסים אוטומטית.

קבצי פורמט FASTA נבדלים מקבצי GFF על ידי סיומות שמות הקובץ שלהם. קבצים
המסתיים ב-.fa, .fasta, .fast, .seq, .dna והגרסאות האותיות הגדולות שלהם מטופלים כ-FASTA
קבצים. כל השאר מתייחסים כקובץ GFF. אם ברצונך לטעון קבצי -fasta מ
STDIN, לאחר מכן השתמש בשורת הפקודה -f swith עם ארגומנט של '-', כמו ב

gunzip my_data.fa.gz | bp_fast_load_gff.pl -d test -f -

אופי העומס מחייב שמסד הנתונים יהיה על המחשב המקומי וכי
למשתמש המצוין יש את הרשאת "קובץ" לטעון את הטבלאות ויש לו מספיק מקום
/usr/tmp (או כל מה שצוין על ידי משתנה הסביבה \$TMPDIR), כדי להחזיק את
טבלאות זמנית. אם ה-MySQL שלך הוא גרסה 3.22.6 והורכב באמצעות ה-"טען
אפשרות קובץ מקומי", ייתכן שתוכל לטעון מסדי נתונים מרוחקים עם נתונים מקומיים באמצעות
האפשרות --local.

אודות maxfeature: ערך ברירת המחדל הוא 100,000,000 בסיסים. אם יש לך תכונות שכן
באורך קרוב ל-100Mb או יותר, אז יש להגדיל את הערך של maxfeature
עד 1,000,000,000. ערך זה חייב להיות חזק של 10.

אם רשימת קבצי GFF או fasta חורגת ממגבלת הליבה עבור המספר המרבי של
ארגומנטים של שורת הפקודה, השתמש באפשרות --long_list /path/to/files.

המתאם המשמש הוא dbi::mysqlopt. כרגע אין דרך לשנות זאת.

שורת הפקודה אפשרויות

ניתן לקצר אפשרויות שורת הפקודה לאפשרויות באות אחת. למשל -d במקום
--מאגר מידע.

--מאגר מידע שם מסד הנתונים של Mysql
--צור אתחול מחדש/צור טבלאות נתונים מבלי לשאול
--local נסה לטעון מסד נתונים מרוחק באמצעות נתונים מקומיים.
--שם משתמש לכניסה בתור
--fasta קובץ או ספרייה המכילים קבצי fasta לטעינה
--סיסמה סיסמה לשימוש עבור אימות
--long_list Directory המכילה מספר גדול מאוד של
קבצי GFF ו/או FASTA
--maxfeature הגדר את הערך של גודל התכונה המקסימלי (ברירת מחדל 100Mb; חייב להיות חזק של 10)
--group רשימה של שם תג אחד או יותר (מופרדים בפסיק או ברווח)
שישמש לקיבוץ בעמודה ה-9.
--gff3_munge הפעל מנגינת שם GFF3 (ראה ביוגרפיה::DB::GFF)
--סיכום צור סטטיסטיקות סיכום לציור היסטוגרמות כיסוי.
ניתן להפעיל את זה על מסד נתונים שנטען בעבר או במהלך
העומס.
--מיקום זמני של ספריית שריטות לכתיבה

השתמש ב-bp_fast_load_gffp באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net