bp_seqfeature_loadp - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

bp_seqfeature_load.pl - טען GFF למסד נתונים של SeqFeature

תיאור

העבר כל מספר של קבצי פורמט GFF או fasta (או GFF עם fasta מוטבע) כדי לטעון את
תכונות ורצפים לתוך מסד נתונים של SeqFeature. מסד הנתונים (והמתאם) לשימוש הוא
שצוין בשורת הפקודה. השתמש בדגל --create כדי ליצור מסד נתונים חדש של SeqFeature.

תַקצִיר

bp_seqfeature_load.pl [אפשרויות] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

נסה את 'bp_seqfeature_load.pl --help' או '--man' למידע נוסף.

אפשרויות

-ד, --dsn
מקור נתונים DBI (ברירת המחדל dbi:mysql:test)

-n, --שם מרחב
קידומת הטבלה לשימוש (ברירת מחדל undef) מאפשרת מספר תכונות רצף עצמאיות
מסדי נתונים שיישמרו במסד נתונים בודד

-s, --seqfeature
סוג ה-SeqFeature ליצירת... RTSC (ברירת מחדל Bio::DB::SeqFeature)

-א, --מתאם
מתאם האחסון (מחלקה) לשימוש (ברירת מחדל DBI::mysql)

-v, --מלל
הפעל דיווח התקדמות מילולי (ברירת מחדל true) השתמש ב--noverbose כדי לכבות זאת.

-f, --מהיר
הפעל טעינה מהירה. (ברירת מחדל 0) זמין רק עבור מתאמים מסוימים.

-T, --ספרייה זמנית
ציין ספרייה זמנית לטעינה מהירה (קובץ ברירת מחדל::Spec->tmpdir())

-i, --ignore-seqregion
אם זה נכון, התעלם מהוראות ##sequence-region בקובץ GFF3 (ברירת מחדל, צור
תכונה עבור כל אזור)

-c, --create
צור את מסד הנתונים ואתחול אותו מחדש (ברירת מחדל false) הערה, זה ימחק את הקודמים
תוכן מסד הנתונים, אם יש.

-u, --משתמש
משתמש להתחבר למסד נתונים בתור

-p, --סיסמה
סיסמה לשימוש כדי להתחבר למסד הנתונים

-z, --zip
דחוס טבלאות מסד נתונים כדי לחסוך מקום (ברירת מחדל false)

-S, --תתי תכונות
הפעל אינדקס של תכונות משנה (ברירת מחדל true) השתמש ב--nosubfeatures כדי לכבות זאת.

--סיכום
צור סטטיסטיקות סיכום עבור גרפי כיסוי (ברירת מחדל שקר) ניתן להפעיל זאת על א
מסד נתונים שנטען בעבר או במהלך הטעינה. זה יקבע כברירת מחדל אם --create הוא
מְשׁוּמָשׁ.

-N, --נוסיכום
אל תיצור סטטיסטיקות סיכום כדי לחסוך קצת מקום וזמן טעינה (ברירת מחדל אם
--create לא צוין, השתמש באפשרות זו כדי לכבות במפורש סטטיסטיקות סיכום
כאשר --create מצוין)

--noalias-target
אל תיצור מאפיין כינוי שהערך שלו הוא target_id במאפיין Target (אם
התכונה מכילה תכונת Target, ברירת המחדל היא יצירת תכונת כינוי
שהערך שלו הוא target_id במאפיין Target)

עיין http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml למידע על GFF3
פוּרמָט. BioPerl מרחיבה מעט את הפורמט על ידי הוספת הוראת ##index-subfeatures. מַעֲרֶכֶת
זה לערך אמיתי אם אתה רוצה שבסיס הנתונים יוכל לאחזר תכונה
חלקים בודדים (כגון אקסונים של תמליל) ללא תלות ברמה העליונה
תכונה:

##index-subfeatures 1

אפשר גם לשלוט באינדקס של תכונות משנה על בסיס כל מקרה לגופו על ידי
הוספת "index=1" או "index=0" לרשימת התכונות של התכונה. יש להשתמש רק בזה
עבור תכונות משנה.

אינדקס של תכונות משנה נכון כברירת מחדל. הגדר ל-false (0) כדי לחסוך הרבה מקום במסד הנתונים
וביצועי מהירות. אתה יכול להשתמש ב--nosubfeatures כדי לכפות זאת.

השתמש ב-bp_seqfeature_loadp באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net