cdhit-454 - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

cd-hit-454 - רצפים קבצים במהירות, מותאם ל-454 נתונים

תַקצִיר

cdhit-454 [אפשרויות]

תיאור

====== CD-HIT גרסה 4.6 (נבנה ב-23 בינואר 2016) ======

אפשרויות

-i קלט שם קובץ בפורמט fasta, נדרש

-o שם קובץ פלט, נדרש

-c סף זהות רצף, ברירת מחדל 0.98 זוהי "זהות רצף גלובלית"
מחושב כ: מספר חומצות אמינו זהות ביישור חלקי מלא
אורך הרצף הקצר יותר + פערים

-b רוחב_פס של יישור, ברירת מחדל 10

-M מגבלת זיכרון (בMB) עבור התוכנית, ברירת מחדל 800; 0 ללא הגבלה;

-T מספר שרשורים, ברירת מחדל 1; עם 0, כל המעבדים ישמשו

-n word_length, ברירת מחדל 10, עיין במדריך למשתמש לבחירתו

-אל כיסוי יישור עבור הרצף הארוך יותר, ברירת מחדל 0.0 אם מוגדר ל-0.9, ה
היישור חייב לכסות 90% מהרצף

-אל בקרת כיסוי יישור עבור הרצף הארוך יותר, ברירת המחדל 99999999 אם מוגדרת ל-60,
ואורך הרצף הוא 400, אז היישור חייב להיות >= 340 (400-60)
שאריות

-כפי ש כיסוי יישור עבור הרצף הקצר יותר, ברירת מחדל 0.0 אם מוגדר ל-0.9, ה
היישור חייב לכסות 90% מהרצף

-כפי ש בקרת כיסוי יישור עבור הרצף הקצר יותר, ברירת המחדל 99999999 אם מוגדרת ל-60,
ואורך הרצף הוא 400, אז היישור חייב להיות >= 340 (400-60)
שאריות

-B 1 או 0, ברירת מחדל 0, כברירת מחדל, רצפים מאוחסנים ב-RAM אם מוגדר ל-1, רצף
מאוחסנים בכונן קשיח מומלץ להשתמש -B 1 עבור מסדי נתונים ענקיים

-g 1 או 0, ברירת מחדל 0 לפי אלגוריתם ברירת המחדל של cd-hit, רצף מקובץ ל-
אשכול ראשון שעומד בסף (אשכול מהיר). אם מוגדר ל-1, התוכנית תעשה זאת
רכז אותו לאשכול הדומה ביותר שעומד בסף (מדויק אך איטי
מצב) אבל 1 או 0 לא ישנו את הנציגים של אשכולות סופיים

-D גודל מקסימלי לאינדל, ברירת מחדל 1

-התאמה ציון תואם, ברירת מחדל 2

-חוסר התאמה
ציון לא תואם, ברירת מחדל -1

-פער ציון פתיחת פער, ברירת מחדל -3

-gap-ext
ציון הרחבת פער, ברירת מחדל -1

-בק כתוב קובץ אשכול גיבוי (1 או 0, ברירת מחדל 0)

-h להדפיס עזרה זו

שאלות, באגים, צור קשר עם Weizhong Li ב [מוגן בדוא"ל]

אם אתה מוצא תקליטורים שימושיים, נא לצטט:

"קיבוץ של רצפים הומולוגיים ביותר כדי להקטין את הגודל של חלבון גדול
מסד נתונים", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski & Adam Godzik. ביואינפורמטיקה, (2001)
17:282-283 "Cd-hit: תוכנית מהירה לאיסוף והשוואה של סטים גדולים של
רצפי חלבון או נוקלאוטידים", Weizhong Li & Adam Godzik. ביואינפורמטיקה, (2006)
22:1658-1659 "Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun and Weizhong Li.
כפילויות טבעיות בקריאות פירוזיס של נתונים מטאנומיים. BMC ביואינפורמטיקה
(2010) 11:187 בבוקר

השתמש ב-cdhit-454 באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net