clustalw - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

clustalw - יישור מרובה של רצפי חומצות גרעין וחלבונים

תַקצִיר

clustalw [-בקובץ] file.ext [אפשרויות]

clustalw [עזרה | עזרה מלאה]

תיאור

Clustal W היא תוכנית יישור מרובה לשימוש כללי עבור DNA או חלבונים.

התוכנית מבצעת יישור בו-זמנית של רצפי נוקלאוטידים או חומצות אמינו רבים. זה
מתנהלת בדרך כלל באופן אינטראקטיבי, ומספקת תפריט ועזרה מקוונת. אם אתה מעדיף להשתמש
זה במצב שורת פקודה (אצווה), תצטרך לתת מספר אפשרויות, המינימום הוא
-בקובץ.

אפשרויות

נתונים (רצפים)
-infile=file.ext
רצפי קלט.

-פרופיל1=file.ext ו -פרופיל2=file.ext
פרופילים (יישור ישן)

פעלים (לַעֲשׂוֹת דברים)
-אפשרויות
רשום את הפרמטרים של שורת הפקודה.

עזרה or -חשבון
תאר את הפרמטרים של שורת הפקודה.

עזרה מלאה
פלט תוכן עזרה מלא.

-ליישר
בצע יישור כפול מלא.

-עֵץ
חשב עץ NJ.

-pim
מטריצת זהות של אחוז פלט (תוך כדי חישוב העץ).

-רצועה=n
אתחול עץ NJ (n= מספר רצועות האתחול; def. = 1000).

-להמיר
פלט את רצפי הקלט בפורמט קובץ אחר.

פרמטרים (מַעֲרֶכֶת דברים)
כללי הגדרות:
-אינטראקטיבי
קרא את שורת הפקודה, ואז היכנס לתפריטים אינטראקטיביים רגילים.

-quicktree
השתמש באלגוריתם FAST עבור עץ מדריך היישור.

-סוג=
חֶלְבּוֹן or ה-DNA רצפים.

-שלילי
יישור חלבון עם ערכים שליליים במטריצה.

-outfile=
שם קובץ יישור הרצף.

-פלט=
GCG, DOM, PHYLIP, PIR or NEXUS.

-outputorder=
קלט or מיושר

-מקרה
נמוך יותר or עֶלִיוֹן (עבור פלט GDE בלבד).

-sequnos=
כבוי or ON (לפלט Clustal בלבד).

-seqnos_range=
כבוי or ON (חדש: לכל פורמטי הפלט).

-טווח=m,n
טווח רצף לכתיבה מתחיל m ל m+n.

-maxseqlen=n
אורך רצף קלט מקסימלי מותר.

-שֶׁקֶט
צמצם את תפוקת המסוף למינימום.

-סטטיסטיקות=פילה
התחבר לכמה סטטיסטיקות יישור פילה.

מהר לפי זוג יישור:
-ktuple=n
גודל מילה.

-topdiags=n
מספר הדיאג'ים הטובות ביותר.

-חלון=n
חלון סביב הדיאג'ים הטובות ביותר.

-pairgap=n
עונש על פער.

-ציון
אָחוּז or מוּחלָט.

להאט לפי זוג יישור:
-pwmatrix=
:מטריצת משקל חלבון=BLOSUM, PAM, GONNET, ID or שם הקובץ

-pwdnamatrix=
מטריצת משקל DNA=BLOSUMIUB, BLOSUMCLUSTALW או BLOSUMשם קובץ.

-pwgapopen=f
עונש פתיחת פער.

-pwgapext=f
עונש הרחבת פער.

מְרוּבֶּה יישור:
-newtree=
קובץ לעץ מדריך חדש.

-usetree=
קובץ לעץ המדריך הישן.

-מטריקס=
מטריצת משקל חלבון=BLOSUM, PAM, GONNET, ID or שם הקובץ.

-דנמטריקס=
מטריצת משקל DNA=IUB, CLUSTALW or שם הקובץ.

-gapopen=f
עונש פתיחת פער.

-gapext=f
עונש הרחבת פער.

-מתעלפים
אין עט הפרדת מרווח קצה.

-gapdist=n
עט הפרדת פערים. טווח.

-נוגאפ
ביטול פערים ספציפיים לשאריות.

-נוהגאפ
פערים הידרופיליים.

-hgapresidues=
רשימת מילים הידרופיליות.

-maxdiv=n
אחוז זהות עבור עיכוב.

-סוג=
חֶלְבּוֹן or ה-DNA

-טרנסמשקל=f
שקלול מעברים.

-איטרציה=
אף לא אחד or עץ or יישור.

-מספר=n
מספר איטרציות מקסימלי לביצוע.

פּרוֹפִיל יישור:
-פרופיל
מיזוג שני יישורים לפי יישור פרופיל.

-newtree1=
קובץ עבור עץ מדריך חדש עבור פרופיל1.

-newtree2=
קובץ עבור עץ מדריך חדש עבור פרופיל2.

-usetree1=
קובץ עבור עץ המדריך הישן עבור פרופיל1.

-usetree2=
קובץ עבור עץ המדריך הישן עבור פרופיל2.

רצף ל פּרוֹפִיל יישור:
-רצפים
הוסף ברצף רצפי profile2 ליישור profile1.

-newtree=
קובץ לעץ מדריך חדש.

-usetree=
קובץ לעץ המדריך הישן.

מִבְנֶה יישור:
-nosecstr1
אל תשתמש במסכת ענישה משנית של מבנה-פער עבור פרופיל 1.

-nosecstr2
אל תשתמש במסכת ענישה משנית של מבנה-פער עבור פרופיל 2.

-sectrout=מבנה or מאסק or שניהם or אף לא אחד
פלט בקובץ יישור.

-helixgap=n
עונש על פער עבור שאריות ליבות סליל.

-strandgap=n
עונש על פער עבור שאריות ליבת גדיל.

loopgap=n
עונש על פערים עבור אזורי לולאה.

-terminalgap=n
עונש על פערים לסופי מבנה.

-helixendin=n
מספר שאריות בתוך הסליל שיש להתייחס אליהם כאל טרמינלי.

-helixendout=n
מספר שאריות מחוץ לסליל שיש להתייחס אליהם כאל טרמינלי.

-סטרנדין=n
מספר השאריות בתוך הגדיל שיש להתייחס אליהם כאל קצה.

-strandendout=n
מספר השאריות מחוץ לגדיל שיש להתייחס אליהם כאל קצה.

עצים:
-outputtree=nj OR פיליפ OR Dist OR קשר

-זרע=n
מספר זרע עבור רצועות אתחול.

-קימורה
השתמש בתיקון של קימורה.

-טוssgaps
התעלם מעמדות עם פערים.

-bootlabels=צומת
מיקום ערכי אתחול בתצוגת עץ.

-אשכול=
NJ או UPGMA.

השתמש ב-clustalw באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net