dnaclust - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

dnaclust - תוכנית לאיסוף מספר רב של רצפי DNA קצרים

תַקצִיר

dnaclust {-i | --קֶלֶט} בקובץ [{-s | --דִמיוֹן} סף]
[{-m | --יישור מרובה}] [{-d | --כּוֹתֶרֶת}] [{-l | --פערים-שמאליים-מותרים}]
[{-k | --ק-מר-אורך} אורך] [{-a | --מסנן בקירוב}] [--no-k-mer-filter]

dnaclust [{-h | - עזרה} | {-v | --גִרְסָה}]

תיאור

דף מדריך זה מתעד בקצרה את dnaclust תכנית.

dnaclust הוא כלי לאיסוף מספר רב של רצפי DNA קצרים. האשכולות הם
נוצר בצורה כזו שה"רדיוס" של כל אשכולות אינו גדול מהמצוין
סף.

רצפי הקלט שיש לאסוף צריכים להיות בפורמט Fasta. המזהה של כל רצף הוא
מבוסס על המילה הראשונה של הרצף בפורמט Fasta. המילה הראשונה היא הקידומת
של הכותרת עד להופעה הראשונה של תווי רווח לבן בכותרת. ה
הפלט נכתב ל-STDOUT. אם אתה רוצה שהפלט ייכתב לקובץ, פשוט הפנה מחדש
הפלט (ראה דוגמאות).

לפלט יש שני מצבים: מצב ברירת המחדל לאשכול, ואשכול עם מרובה
יישור רצף. במצב אשכול (ללא יישור מרובה), כל אשכול יעשה זאת
להיות מודפס בשורה נפרדת. השורה תכיל את המזהים של הרצפים ב-
אֶשׁכּוֹל. המזהה הראשון בכל שורה הוא מזהה רצף מרכז האשכול. בגלל הדרך
האשכולות שלנו בנויים, אורך רצף מרכז האשכולות תמיד גדול יותר
מאורך או שווה לכל אחד מהרצפים באשכול. שימו לב שמאז
בדרך כלל חלק מהאשכולות מכילים רצפים רבים, השורות של הפלט עשויות להיות ארוכות מאוד. אם
ברצונך לבדוק את הפלט באופן חזותי, אנא השתמש ב-'less -S', או בעורך שעושה זאת
לא לעטוף תורים ארוכים. ניתן למצוא את מספר האשכולות באמצעות 'wc -l'.

למידע נוסף על מצב יישור רצף מרובה עיין בתיאור של
--יישור מרובה אוֹפְּצִיָה.

אפשרויות

התוכנית עוקבת אחר תחביר שורת הפקודה הרגיל של GNU, עם אפשרויות ארוכות שמתחילות בשניים
מקפים ('-'). סיכום האפשרויות כלול להלן.

--דִמיוֹן סף, -s סף
סף הדמיון מציין את רדיוס האשכולות שנוצרו. הפרמטר הזה
הוא מספר נקודה צפה בין 0 ל-1. הוא מחושב על סמך חצי גלובלי
יישור של רצף לרצף מרכז האשכול. כלומר דמיון = 1 - (עריכה
מרחק) / (אורך הרצף הקצר יותר). מרחק העריכה הוא המספר המינימלי
של הוספות, מחיקות או החלפות הנחוצות להעברת רצף לאשכול
רצף מרכזי. האלגוריתמים שלנו מהירים יותר כאשר הדמיון גבוה יותר.

--ק-מר-אורך אורך, -k אורך
כאשר אתה משתמש במסנן k-mer (המופעל כברירת מחדל) אתה יכול לציין את
אורך מקסימלי של k-mers המשמשים לסינון.

אורכי ה-k-mer הארוכים יותר דורשים יותר זיכרון כדי לאחסן את ספירת ה-k-mer ואת הסינון
יהיה איטי יותר. אולם עם אורך k-mer הארוך יותר, המסנן יהיה ספציפי יותר
ולכן חיפוש יישור הרצף עשוי להיות מהיר יותר.

יש פשרה בין סינון לזמן חיפוש. אם לא תציין את
אורך k-mer נבחר ערך של log4 (חציון של אורכי רצפי הקלט).
אוטומטית. על ידי שימוש באפשרות זו תוכל לעקוף את ערך ברירת המחדל.

זכור, עם זאת, שאורכים ארוכים יותר של k-mer ידרשו יותר זיכרון לאחסון
מבני הנתונים המסננים.

--מסנן בקירוב , -a
כברירת מחדל, מסנן k-mer רגיש ב-100 אחוז. זה אומר שבפלט
מקבץ, אין שני מרכזי מקבץ שנמצאים במרחק הסף זה מזה.
המסנן המדויק, לעומת זאת, איטי במקצת. אפשרות זו מזרזת את המסנן על ידי שימוש
היוריסטיקה. השימוש במסנן המשוער עלול לגרום למרכזי אשכול שכן
סגור, ומספר גדול יותר מקבץ באופן כללי. עם זאת המסנן המשוער הוא בדרך כלל
מהיר פי כמה מהמסנן הרגיש המדויק. השתמש באפשרות זו אם כן
מקבץ בעיקר כדי להפחית את היתירות בנתונים, ולא אכפת להם מה
איכות האשכולות.

--אפשר-שמאל-פערים , -l
עם אפשרות זו המרחקים נמדדים על סמך יישור חצי גלובלי. ה
יישור חצי גלובלי מאפשר פערים ללא עונש בשני הקצוות של הקצר
סדר פעולות.

יישור ברירת המחדל הוא יישור חצי גלובלי חד צדדי. כלומר מותר רק פערים
בקצה הימני של הרצף הקצר יותר ללא עונש. התנהגות זו תואמת
הנתונים מרצף ממוקד של אזור (למשל של גן RNA ריבוזומי 16S).

--יישור מרובה, -m
הגדר את פורמט הפלט כדי להציג את יישור הרצף המרובה של כל אשכול. ה
פערים ביישורים מיוצגים באמצעות תו '-' המקף.

הפורמט של פלט MSA הוא כדלקמן: ה-MSA של כל אשכול משתרע על פני כמה
שורות. ה-MSA מתחיל בשורה המכילה את התו '#' ואחריו המספר של
רצפים באותו אשכול. הרצפים המיושרים (שעשויים להכיל פערים) נכנסים פנימה
פורמט Fasta. כל תקליט של פאסטה יורכב משתי שורות. שורת הכותרת ו
קו הרצף. מכיוון שכל רצף מיושר מופק על קו בודד, הפלט
עשוי להכיל תורים ארוכים מאוד. אנא השתמש ב-'less -S', או בעורך שאינו עוטף
תורים ארוכים לבדיקת MSA גם.

--no-k-mer-filter
משבית את מסנן k-mer. מתאים לאיסוף רצפים קצרים מאוד בגובה גבוה
סף דמיון.

-d, --כּוֹתֶרֶת
כתוב אפשרויות תוכנית לפלט.

-h, - עזרה
הצג סיכום של אפשרויות.

-v, --גִרְסָה
הצג את הגרסה של התוכנית.

דוגמאות

./dnaclust file.fasta -l -s 0.98 -k 3 > אשכולות

השתמש ב-dnaclust באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net