domainnre - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

domainnr - מסיר דומיינים מיותרים מקובץ DCF.

תַקצִיר

domainnr -dcfinfile בקובץ [-קובץ מידע matrixf] -לִשְׁמוֹר לְמַתֵג -צוֹמֶת רשימה -מצב רשימה
-מפתן לצוף -סיתון לצוף -סיתון לצוף [-gapoopen לצוף]
[-gapextend לצוף] -dcfoutfile אוסף קובץ redout אוסף -קובץ לוג אוסף

domainnr עזרה

תיאור

domainnr היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "Utils:Database creation".

אפשרויות

קֶלֶט סעיף
-dcfinfile בקובץ
אפשרות זו מציינת את השם של קובץ DCF (קובץ סיווג תחום) (קלט). 'תחום'
קובץ סיווג' מכיל סיווג ונתונים אחרים עבור דומיינים מ-SCOP או
CATH, בפורמט DCF (דמוי EMBL). הקבצים נוצרים באמצעות SCOPPARSE ו
CATHPARSE. ניתן להוסיף מידע על רצף תחום לקובץ באמצעות DOMAINSEQS.

-קובץ מידע matrixf
אפשרות זו מציינת את מטריצת החלפת השאריות. זה משמש לרצף
השוואה. ערך ברירת מחדל: EBLOSUM62

-לִשְׁמוֹר לְמַתֵג
אפשרות זו מציינת אם לכתוב דומיינים מיותרים לקובץ נפרד. אם זה
נבחרת, דומיינים מיותרים נכתבים לקובץ פלט נפרד. בְּרִירַת מֶחדָל
ערך: N

דרוש סעיף
-צוֹמֶת רשימה
אפשרות זו מציינת את הצומת להסרת יתירות. ניתן להסיר יתירות ב
כל צומת שצוין בהיררכיות SCOP או CATH. למשל על ידי בחירה ב'כיתה'
ערכים השייכים לאותה מחלקה לא יהיו מיותרים. ערך ברירת מחדל: 1

-מצב רשימה
אפשרות זו מציינת אם להסיר יתירות ברצף % סף בודד
דמיון או הסר יתירות מחוץ לטווח של דמיון אחוז סף מקובל.
כל התמורות של יישור רצף בזוגיות מחושבות עבור כל תחום
המשפחה בתורה משתמשת ביישום EMBOSS של Needleman and Wunsch העולמי
אלגוריתם יישור. רצפים מיותרים מוסרים באחד משני מצבים כדלקמן:
(i) אם זוג חלבונים משיג רצף גדול מאחוז סף
דמיון (שצוין על ידי המשתמש) הרצף הקצר ביותר נמחק. (ii) אם זוג
של חלבונים יש אחוז דמיון ברצף שנמצא מחוץ למקובל
טווח (שצוין על ידי המשתמש) הרצף הקצר ביותר נמחק. ערך ברירת מחדל: 1

-מפתן לצוף
אפשרות זו מציינת את % סף יתירות זהות ברצף, שקובע
חישוב היתירות. אם זוג חלבונים משיג יותר מהסף הזה
הרצף הקצר ביותר נמחק. ערך ברירת מחדל: 95.0

-סיתון לצוף
אפשרות זו מציינת את % סף יתירות זהות ברצף, שקובע
חישוב היתירות. אם לזוג חלבונים יש רצף אחוז
דמיון שנמצא מחוץ לטווח מקובל הרצף הקצר ביותר נמחק.
ערך ברירת מחדל: 30.0

-סיתון לצוף
אפשרות זו מציינת את % סף יתירות זהות ברצף, שקובע
חישוב היתירות. אם לזוג חלבונים יש רצף אחוז
דמיון שנמצא מחוץ לטווח מקובל הרצף הקצר ביותר נמחק.
ערך ברירת מחדל: 90.0

נוסף סעיף
-gapoopen לצוף
אפשרות זו מציינת את עונש הכנסת הפער. זה הציון שנלקח כאשר א
נוצר פער. הערך הטוב ביותר תלוי בבחירת מטריצת ההשוואה. ברירת המחדל
הערך מניח שאתה משתמש במטריצת EBLOSUM62 עבור רצפי חלבון, וה-
מטריצת EDNAFULL לרצפי נוקלאוטידים. ערך ברירת מחדל: 10

-gapextend לצוף
אפשרות זו מציינת את עונש הרחבת הפער. זה מתווסף לפער הסטנדרטי
עונש על כל בסיס או שארית בפער. כך נענשים פערים ארוכים.
בדרך כלל תצפו לכמה פערים ארוכים ולא לפערים רבים קצרים, אז הפער
עונש הרחבה צריך להיות נמוך מהעונש על הפער. ערך ברירת מחדל: 0.5

מתקדם סעיף
תְפוּקָה סעיף
-dcfoutfile אוסף
אפשרות זו מציינת את השם של קובץ DCF שאינו מיותר (קובץ סיווג תחום)
(תְפוּקָה). 'קובץ סיווג דומיין' מכיל סיווג ונתונים נוספים עבור
דומיינים מ-SCOP או CATH, בפורמט DCF (דמוי EMBL). הקבצים נוצרים באמצעות שימוש
SCOPPARSE ו-CATHPARSE. ניתן להוסיף מידע על רצף הדומיין לקובץ באמצעות
DOMAINSEQS. ערך ברירת מחדל: test.scop

קובץ redout אוסף
אפשרות זו מציינת את השם של קובץ DCF (קובץ סיווג תחום) עבור מיותר
רצפים (פלט). 'קובץ סיווג דומיין' מכיל סיווג ועוד
נתונים עבור דומיינים מ-SCOP או CATH, בפורמט DCF (דמוי EMBL). הקבצים נוצרים
באמצעות SCOPPARSE ו-CATHPARSE. ניתן להוסיף מידע על רצף הדומיין לקובץ
באמצעות DOMAINSEQS.

-קובץ לוג אוסף
אפשרות זו מציינת את שם קובץ היומן עבור ה-build. קובץ היומן מכיל
הודעות לגבי שגיאות כלשהן המתעוררות בזמן הפעלת domainnr. ערך ברירת מחדל: domainnr.log

השתמש ב-domainnre באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net