זוהי הפקודה extractfeate שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
extractfeat - חילוץ תכונות מרצף/ים
תַקצִיר
extractfeat -סדר פעולות המשך [-לפני מספר שלם] [-לאחר מספר שלם] [-מָקוֹר מחרוזת]
[סוג מחרוזת] [-לָחוּשׁ מספר שלם] [-ניקוד קטן לצוף] [-ציון מקסימלי לצוף]
[-תָג מחרוזת] [-ערך מחרוזת] [-לְהִצְטַרֵף בוליאני] [-שם עולמי בוליאני]
[-לְתַאֵר מחרוזת] -outseq המשך
extractfeat עזרה
תיאור
extractfeat היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "ערוך, טבלאות תכונה".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-סדר פעולות המשך
נוסף סעיף
-לפני מספר שלם
אם ערך זה גדול מ-0, אז המספר הזה של בסיסים או שיירים לפני ה-
תכונה כלולה ברצף שחולץ. זה מאפשר לך לקבל את ההקשר של
העתיד. אם ערך זה שלילי אז התחלת הרצף שחולץ תהיה
יהיה מספר זה של בסיסים/שאריות לפני סוף התכונה. אז ערך של '10'
יתחיל את החילוץ 10 בסיסים/שאריות לפני תחילת הרצף, וא
ערך '-10' יתחיל את החילוץ 10 בסיסים/שאריות לפני סוף ה-
תכונה. רצף הפלט יהיה מרופד בתווים 'N' או 'X' אם הרצף
מתחיל לאחר ההתחלה הנדרשת של החילוץ.
-לאחר מספר שלם
אם ערך זה גדול מ-0, המספר הזה של בסיסים או שאריות לאחר ה-
תכונה כלולה ברצף שחולץ. זה מאפשר לך לקבל את ההקשר של
העתיד. אם ערך זה שלילי אז סוף הרצף שחולץ יהיה
מספר זה של בסיסים/שאריות לאחר תחילת התכונה. אז ערך של '10' יהיה
סוף החילוץ 10 בסיסים/שאריות לאחר סיום הרצף, וערך של
'-10' יסיים את החילוץ 10 בסיסים/שאריות לאחר תחילת התכונה. ה
רצף הפלט יהיה מרופד בתווים 'N' או 'X' אם הרצף מסתיים לפני כן
הסוף הנדרש של החילוץ.
-מָקוֹר מחרוזת
כברירת מחדל, כל מקור תכונות בטבלת התכונות מוצג. אתה יכול להגדיר את זה כך שיתאים
כל מקור תכונה שתרצה להציג. שם המקור הוא בדרך כלל השם של ה-
תוכנית שזיהתה את התכונה או שזו טבלת התכונה (למשל: EMBL) ש-
תכונה הגיעה. המקור עשוי להיות תו כללי באמצעות '*'. אם אתה רוצה להראות יותר
ממקור אחד, הפרד את שמותיהם עם התו '|', למשל: gene* | embl ברירת מחדל
ערך: *
סוג מחרוזת
כברירת מחדל, כל תכונה בטבלת התכונות מחולצת. אתה יכול להגדיר את זה להיות כל אחד
סוג התכונה שברצונך לחלץ. לִרְאוֹת http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ לרשימה של
סוגי התכונות של EMBL וראה את המדריך למשתמש של Uniprot ב
http://www.uniprot.org/manual/sequence_annotation לרשימה של תכונת Uniprot
סוגים. הסוג עשוי להיות תו כללי באמצעות '*'. אם אתה רוצה לחלץ יותר מאחד
הקלד, הפרד את שמותיהם עם התו '|', למשל: *UTR | intron ערך ברירת מחדל: *
-לָחוּשׁ מספר שלם
כברירת מחדל, כל סוג תכונה בטבלת התכונה נשלפת. אתה יכול להגדיר זאת ל
להתאים לכל חוש תכונה שתרצו. 0 - כל חוש, 1 - חוש קדימה, -1 - חוש הפוך
-ניקוד קטן לצוף
ציון מינימום של תכונה לחילוץ (ראה גם maxscore) ערך ברירת מחדל: 0.0
-ציון מקסימלי לצוף
ציון מקסימלי של תכונה לחילוץ. אם גם הציון הקטן וגם הציון המקסימלי הם אפס (ה
ברירת המחדל), אז מתעלמים מכל ציון ערך ברירת מחדל: 0.0
-תָג מחרוזת
תגים הם סוגי הערכים הנוספים שיכולים להיות לתכונה. למשל ב-EMBL
טבלת תכונות, תכונה מסוג 'CDS' עשויה לכלול את התגים '/codon', '/codon_start',
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table', או '/usedin'.
לחלק מהתגים הללו יש גם ערכים, למשל '/gene' יכול לקבל את הערך של
שם גן. כברירת מחדל, כל תג תכונה בטבלת התכונה נשלפת. אתה יכול להגדיר
זה כדי להתאים לכל תג תכונה שתרצה להציג. התג עשוי להיות סימן כללי על ידי שימוש
'*'. אם ברצונך לחלץ יותר מתג אחד, הפרד את שמותיהם עם התו
'|', למשל: גן | תווית ערך ברירת מחדל: *
-ערך מחרוזת
ערכי תג הם הערכים המשויכים לתג תכונה. תגים הם סוגי התוספת
ערכים שיכולים להיות לתכונה. לדוגמה בטבלת התכונות של EMBL, סוג 'CDS' של
התכונה עשויה לכלול את התגים '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number',
'/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label', '/map', '/note', '/number',
'/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
'/transl_except', '/transl_table', או '/usedin'. רק חלק מהתגים האלה יכולים להיות
ערכים, למשל '/gene' יכולים לקבל את הערך של שם הגן. כברירת מחדל כל
ערך תג התכונות בטבלת התכונות מוצג. אתה יכול להגדיר את זה כך שיתאים לכל תכונה
ערך תג שברצונך להציג. ניתן להוסיף את ערך התג באמצעות '*'. אם ברצונך
כדי להציג יותר מערך תג אחד, הפרד את שמותיהם באמצעות רווח או התו
'|', למשל: pax* | 10 ערך ברירת מחדל: *
תְפוּקָה סעיף
-לְהִצְטַרֵף בוליאני
תכונות מסוימות, כגון CDS (רצף קידוד) ו-mRNA מורכבות מאינטרונים
משורשרים יחד. עשויות להיות צורות אחרות של רצף 'מצטרפים', בהתאם ל
טבלת תכונה. אם אפשרות זו מוגדרת TRUE, אז כל קבוצה של תכונות אלו תהיה
פלט כרצף בודד. אם המוקדמות 'לפני' ו'אחרי' הוגדרו,
לאחר מכן מתווספים רק הרצף לפני התכונה הראשונה ואחרי התכונה האחרונה.
ערך ברירת מחדל: N
-שם עולמי בוליאני
כדי לעזור לך לזהות את סוג התכונה שהוצאה, סוג של
התכונה מתווספת לתחילת התיאור של רצף הפלט. לפעמים ה
תיאור של רצף אבד בעיבוד שלאחר מכן של קובץ הרצפים, אז
זה שימושי שהסוג יהיה חלק משם מזהה הרצף. אם תגדיר זאת כך
TRUE ואז השם נוסף לשם המזהה של רצף הפלט. ערך ברירת מחדל: N
-לְתַאֵר מחרוזת
כדי לעזור לך לזהות כמה מאפיינים נוספים של תכונה שהוצאה,
זה מאפשר לך לציין שם תג אחד או יותר שיש להוסיף לפלט
רצף טקסט תיאור, יחד עם הערכים שלהם (אם יש). למשל, אם זה
מוגדר להיות 'גן', אז אם תכונת פלט כלשהי כוללת את התג (לדוגמה)
'/gene=BRCA1' המשויך אליו, ואז הטקסט '(gene=BRCA1)' יתווסף ל-
שורת תיאור. תגים הם סוגי הערכים הנוספים שיכולים להיות לתכונה. ל
לדוגמה בטבלת התכונות של EMBL, תכונה מסוג 'CDS' עשויה לכלול את התגים '/codon',
'/codon_start', '/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function',
'/gene', '/label', '/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id',
'/pseudo', '/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table', או
'/usedin'. לחלק מהתגים הללו יש גם ערכים, למשל '/gene' יכול לקבל את הערך
של שם הגן. כברירת מחדל לא מוצגת תג תכונה. אתה יכול להגדיר את זה כך שיתאים
כל תג תכונה שתרצה להציג. התג עשוי להיות תו כללי באמצעות '*'. אם ברצונך
כדי לחלץ יותר מתג אחד, הפרד את שמותיהם עם התו '|', למשל: גן |
תווית
-outseq המשך
השתמש ב-extractfeate באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
