זהו הפקודה fastaq שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
fastaq - כלי מניפולציה של קבצים FASTA ו-FASTQ
תַקצִיר
fastaq [אפשרויות]
DESCRIPTION0nf
כדי לקבל שימוש מינימלי עבור פקודה השתמש: פקודת fastaq
כדי לקבל עזרה מלאה עבור פקודה השתמש באחד מהפקודות: fastaq -h פקודת fastaq - עזרה
פקודות זמינות:
add_indels מוחק או מוסיף בסיסים במיקום(ים) נתון caf_to_fastq
ממיר קובץ CAF לפורמט FASTQ capillary_to_pairs ממיר קובץ נימי
קורא לקבצים מזווגים ולא מזווגים chunker מפצל רצפים לשווים
sized chunks count_sequences סופר את הרצפים ב-deinterleave של קובץ הקלט
פיצול קובץ מותאם משולבים לשני קבצים נפרדים enumerate_names Renames
רצפים בקובץ, קוראים להם 1,2,3... וכו' expand_nucleotides עושה כל
שילוב של נוקלאוטידים מנוונים fasta_to_fastq המר את FASTA ו-.qual ל
מסנן FASTQ סנן רצפים כדי לקבל תת-קבוצה שלהם get_ids
קבל את המזהה של כל רצף get_seq_flanking_gaps מקבל את הרצפים שמאגפים את הפערים
interleave משלב שני קבצים, הפלט עובר לסירוגין בין קריאות fwd/rev
make_random_contigs הפוך contigs של רצף אקראי מיזוג המרות
קובץ רב רצף לרצף בודד replace_bases מחליף את כל ההתרחשויות
של אות אחת עם אחר reverse_complement הפוך משלים את כל הרצפים
scaffolds_to_contigs יוצר קובץ של contigs מקובץ של scaffolds search_for_seq
מצא את כל ההתאמות המדויקות למחרוזת (וההשלמה ההפוכה שלה) sequence_trim
חתוך התאמות מדויקות למחרוזת נתונה מההתחלה של כל רצף sort_by_size
ממיין רצפים בסדר אורך split_by_base_count פיצול קובץ רב רצף לתוך
קבצים נפרדים strip_illumina_suffix רצועות /1 or /2 מהסוף של כל שם שנקרא
to_boulderio ממיר לפורמט Boulder-IO, בשימוש על ידי primer3 to_fake_qual
צור קובץ ציוני איכות מזויפים to_fasta ממיר מגוון פורמטים של קלט
לפורמט FASTA בפורמט יפה to_mira_xml צור קובץ xml מקובץ של
reads, לשימוש עם Mira assembler to_orfs_gff כותב קובץ GFF של open
מסגרות קריאה to_perfect_reads צור קריאה זוגית מושלמת מתוך הפניה
to_random_subset צור מדגם אקראי של רצפים (ובאופציה גם מזדווגים)
to_tiling_bam צור קובץ BAM של קריאות מפוזרות באופן אחיד על פני הקלט
reference to_unique_by_id הסר רצפים כפולים, על סמך שמותיהם. לִשְׁמוֹר
longest seqs translate תרגם את כל הרצפים ברצפי נוקלאוטידים קלט
trim_Ns_at_end חותך את כל ה-Ns בתחילת/סוף כל הרצפים trim_contigs
חותך מספר מוגדר של בסיסים מהקצה של כל contig trim_ends Trim קבוע
מספר הבסיסים של התחלה ו/או סוף של כל גרסת רצף גרסת הדפסה
מספר ויציאה
השתמש ב-fastaq באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
