gdcmimg - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gdcmimg - מניפולציה של קובץ תמונת DICOM.

gdcmimg הוא כלי ברמה נמוכה כדי לאפשר דה-/אנקפסולציה מ/אל תמונת DICOM. הכלי הזה עושה זאת
לא מבין את המרת תחביר העברה. זה יקלוט את הנתונים הגולמיים כפי שהם. זֶה
יש השפעה מסוימת במקרים מסוימים, ראה אזהרות מיוחדות להלן.

חשוב לציין ש-gdcmimg יכול רק לכלול קובץ קלט תקין, למשל
JPG או JP2 מתקבלים מכיוון שניתן למצוא תחביר העברת DICOM משויך.
עם זאת, קלט כגון TIFF ו/או PNG אינם, מכיוון ש-DICOM אינו תומך באלה. לִרְאוֹת
במקום כלי כגון gdcm2vtk.

תַקצִיר

gdcmimg [אפשרויות] file-in file-out

תיאור

השמיים gdcmimg ניתן להשתמש בכלי שורת הפקודה בשתי דרכים:

· 1. המרת פורמט קובץ מוכר לעמיתו ה-DICOM המובלע,

· 2. אנונימיזציה של חלק מלבני של קובץ DICOM.

פרמטרים

שם קובץ קלט בקובץ (לא DICOM)

file-out שם קובץ פלט DICOM

אפשרויות

-i --input שם קובץ קלט
-o --output שם קובץ פלט

ספציפי אפשרויות

--endian %s Endianness (LSB/MSB).
-d --depth %d עומק (או 8/16/32 או BitsAllocated למשל. 12 כאשר ידוע).
--סימן %s סימן פיקסל (0/1).
--spp %d דוגמה לכל פיקסל (1/3).
-s --גודל %d,%d גודל.
-C --sop-class-uid SOP Class UID (שם או ערך).
-T --study-uid מחקר UID.
-S --series-uid סדרת UID.
--root-uid Root UID.

למלא אפשרויות

-R --region %d,%d אזור.
-F --fill %d מילוי עם ערך פיקסל שצוין.

כללי אפשרויות

-h --עזרה
הדפס את טקסט העזרה הזה וצא

-v --גרסה
הדפס מידע על גרסה ויציאה

-V --רבות
מצב מילולי (אזהרה+שגיאה).

-W --אזהרה
מצב אזהרה, הדפס מידע אזהרה

-E --שגיאה
מצב שגיאה, הדפס מידע שגיאה

-D --באגים
מצב ניפוי באגים, הדפס מידע על ניפוי באגים

הסביבה מִשְׁתַנֶה

GDCM_ROOT_UID UID שורש

נתמך קובץ פורמט (מתאים קובץ סיומת)

gdcmimg יבסס את תהליך ההמרה שלו בהתבסס על סיומת הקובץ. עוקב אחר הרשימה של
סיומת קובץ מוכרת. כאשר לא נמצא סיומת, ההנחה היא קובץ DICOM.

פורמט הכנסה

* RAW (גולמי, rawl, אפור, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DICOM ()

פורמט פלט:

* PGM (pgm, pnm, ppm)
* DICOM ()

עבור פורמט קובץ RAW, עליך להקפיד במיוחד על האפשרות –endian. עבור (הישן)
פורמט קובץ JPEG, הן הפורמט החסר והן הפורמט חסר ההפסדים נתמכים, המשתמש צריך לשלם
שימו לב לאפשרות -סימן. עבור פורמט קובץ כגון RLE או RAW, המשתמש צפוי לעשות זאת
מלא את המידע הנדרש כדי למצוא את הממד והסוג של נתוני הקלט שכן אין
דרך אחרת למצוא מידע זה. עבור כל שאר פורמט הקבצים, המאפיינים נגזרים
מפורמט הקובץ עצמו.

קובץ PNM אמור להיות גדול אנדיאן (חשוב לעומק > 8)

טיפוסי נוהג

להסיר a מלבני חלק of מה היא תמונה
כדי למלא את האזור [0,100]x[0,100] של תמונת DICOM פשוט בצע:

$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm

אזהרה: אם נתוני הפיקסלים דחוסים, התמונה תחילה מפורקת כך שהפיקסל הזה
ניתן להגדיר ל-0, אך הוא אינו נדחס מחדש.

המרת RAW ל דיקום
התוסף המזוהה הוא .raw, .rawl, .grey או .rgb (לא תלוי רישיות)

$ gdcmimg --גודל 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

התמונה תהיה לכידה משנית.

כאשר הקלט הוא 3 רכיבים, צריך לציין במפורש את הדגימות לכל פיקסל:

$ gdcmimg --גודל 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm

כאשר שם הקובץ מכיל .rgb כסיומת קובץ פלט מזוהה אוטומטית כ
RGB אין צורך לציין –spp

$ gdcmimg --גודל 512,512 input.rgb output_rgb.dcm

אתה יכול להשתמש ב dd שורת cmd כדי לדלג על כל כותרת שתרצה למחוק, למשל, if
אם תרצה לדלג על 108 הבתים הראשונים, פשוט בצע:

$ dd skip=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw

‎.raw וסיומת ‎.rawl שווים. אתה צריך לציין במפורש את הקצה
באופן ידני:

$ gdcmimg --endian MSB --גודל 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

or

$ gdcmimg --endian LSB --גודל 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

המרת PGM/PNM/PPM ל דיקום
תוספים מזוהים הם .pgm, .pnm, .ppm (לא תלוי רישיות)

$ gdcmimg -i input.pgm -o output.dcm

התמונה תהיה לכידה משנית

המרת RLE ל דיקום
סיומת מזוהה היא rle (לא תלוי רישיות)

$ gdcmimg --גודל 512,512 --depth 16 -i input.rle -o output.dcm

התמונה תהיה לכידה משנית

המרת JPEG ל דיקום
הרחבות מזוהות הן .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (לא תלוי רישיות)

$ gdcmimg -i input.ljpeg -o output.dcm

התמונה תהיה לכידה משנית

המרת J2K ל דיקום
הרחבות מוכרות הן .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (לא תלוי רישיות)

$ gdcmimg -i input.j2k -o output.dcm

התמונה תהיה לכידה משנית.

כל מידע הפיקסלים (ביטים מאוחסנים/מוקצים...) ייגזר מהתמונה עצמה,
ולא מאפשרויות שורת הפקודה.

מפרט a SOP כיתה UID
במקום ברירת המחדל של Secondary Capture Image Storage, ייתכן שתרצה לציין, נניח VL
אחסון תמונות צילום.

$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg output.dcm

מרובות קבצים

gdcmimg מטפל יפה בקבוצה של קבצים (למשל jpeg):

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg output.dcm

חשוב לציין סוג SOP התומך בתמונות מרובות מסגרות אחרת
gdcmimg ייכשל.

התחלה OFFSET

במקרים מסוימים, ייתכן שתרצה ליצור פרוסה דו-ממדית מנפח שרירותי (למשל תלת-ממד). ב
ובמקרה – offset הופך שימושי:

$ gdcmimg --offset 4954104330 --גודל 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm

אזהרה

ישנן כמה בעיות ביישום gdcmimg:

עבור קובץ RAW, צריך לשים לב שבשימוש ב-endian MSB הנתונים של Pixel יהיו
מובלע כפי שהוא (לא נגע ב-gdcmimg). לכן תחביר ההעברה היחיד האפשרי
הזמין הוא Implicit VR Big Endian DLX (G.E Private). GDCM אכן מטפל בפרטי זה
תחביר העברה. אז אם אתה צריך להמיר את תחביר העברה זה לתחביר אחר (ואפשר
מניפולציה של נתוני Pixel), אתה יכול להשתמש ב:

$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm

עבור קובץ JFIF וקובץ JP2 (עם כותרת) הכותרת מועתקת לרכיב Pixel Data
דבר שאינו חוקי עבור JP2. השתמש ב-gdcmconv כדי לקודד מחדש כראוי קובץ JP2/JFIF ל-J2K/JPG.

$ gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force output_jp2.dcm output_j2k.dcm

עבור קובץ RLE, לא מתבצעת בדיקה לחציית גבול השורה. מומלץ להשתמש
gdcmconv –rle לקידוד מחדש לקובץ RLE תקין במקרה של ספק.

כמובן שאם הדחיסה אינה בסדר עם ההגדרה שלך, אתה תמיד יכול לבטל את ה-encapsulated
קובץ DICOM (בדרך כלל JPEG) לצורה לא מובלעת, באמצעות gdcmconv:

$ gdcmconv --raw input_jpeg.dcm output_raw.dcm

השתמש ב-gdcmimg באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net