זהו הפקודה גנום-music-mutation-relationp שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
גנום מוזיקת מוטציה-קשר - זיהוי יחסים של מוטציות במקביל או הדדיות
בלעדיות בגנים על פני מקרים.
גִרְסָה
מסמך זה מתאר את גרסה 0.04 של המוטציה במוזיקה הגנום (2016-01-01 בכתובת
23: 10: 18)
תַקצִיר
גנום מוזיקת מוטציה-קשר --bam-list=? --maf-file=? --output-file=?
[--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?] [--gene-list=?] [--skip-non-coding]
[--דלג-שקט]
... קשר מוטציה במוזיקה \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--תמורות 1000 \
--output-file /path/mutation_relation.csv
נדרש טיעונים
באם-רשימת טקסט
רשימה מופרדת בטאבים של קבצי BAM [שם_דגימה, רגיל_באם, גידול_באם] (ראה תיאור)
קובץ maf טקסט
רשימת מוטציות בפורמט MAF
קובץ פלט טקסט
תוצאות של כלי ליחסי מוטציות
אופציונאלי טיעונים
מוטציה-מטריצה-קובץ טקסט
אופציונלי לאחסן את מטריצת הדגימה לעומת הגן המשמשת במהלך החישובים.
תמורות מספר
מספר התמורות המשמשות לקביעת ערכי P
ערך ברירת המחדל '100' אם לא צוין
רשימת גנים טקסט
רשימת גנים לבדיקה, בדרך כלל SMGs. אם לא מצוין, כל הגנים ב-MAF נבדקים.
דילוג על אי קידוד בוליאני
דלג על מוטציות שאינן מקודדות מקובץ ה-MAF שסופק
ערך ברירת המחדל 'true' אם לא צוין
noskip-non-coding בוליאני
הפוך את הדילוג ללא קידוד ל'false'
דילוג-שקט בוליאני
דלג על מוטציות שקטות מקובץ ה-MAF שסופק
ערך ברירת המחדל 'true' אם לא צוין
noskip-silent בוליאני
הפוך 'שקר' לדלג-שקט
תיאור
מודול זה מנתח רשימה של מוטציות בפורמט MAF ומנסה לקבוע
קשרים בין גנים שעברו מוטציה. הוא משתמש במבחן מתאם כדי לראות אם יש או לא
שני גנים עוברים מוטציה במקביל (מתאם חיובי) או באופן הדדי בלעדי
(מתאם שלילי). בגלל האפשרות למספרים משתנה במידה רבה של מוטציות
הקיימים בגנים שונים, ערכי P מחושבים באמצעות תמורות מוגבלות
לקחת בחשבון את התפלגות ספירת המוטציות בין הדגימות. בפלט
קובץ, 'pand' הוא ערך P עבור אירועי מוטציה מקבילים, ו-'pexc' הוא ערך P עבור
אירועי מוטציה סותרים זה את זה.
טיעונים
--bam-list
ספק קובץ המכיל שמות לדוגמה ומיקומי BAM נורמליים/גידוליים עבור כל אחד מהם. להשתמש
הפורמט המופרד בטאבים [sample_name normal_bam tumor_bam] לכל שורה. הכלי הזה בלבד
צריך sample_name, כך שניתן לדלג על כל שאר העמודות. ה-example_name חייב להיות ה-
זהה לשמות דגימת הגידול המשמשים בקובץ MAF (עמודה 16, עם הכותרת
גידול_דגימת_ברקוד).
מחברים
נתן ד.דיס, Ph.D.
Qunyuan Zhang, Ph.D.
השתמש ב-genome-music-mutation-relationp מקוון באמצעות שירותי onworks.net
