gmx-enemat - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-enemat - חילוץ מטריצת אנרגיה מקובץ אנרגיה

תַקצִיר

gmx enemat [-f [<.edr>]] [-קבוצות [<.dat>]] [-ערף [<.dat>]]
[-אמט [<.xpm>]] [-אטוט [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ] [-[אין] סכום]
[-לדלג ] [-[לא] מתכוון] [-nlevels ] [-מקסימום ]
[-מיני ] [-[לא] יכול] [-[לא] יכול] [-[לא]יכול14]
[-[לא]ljsr] [-[לא]ljlr] [-[לא]lj14] [-[לא]בהמסר]
[-[לא]בהמלר] [-[לא]חינם] [-טמפ' ]

תיאור

GMX חוקן מחלץ מטריצת אנרגיה מקובץ האנרגיה (-f). עם -קבוצות קובץ חייב
יסופק בכל שורה קבוצת אטומים לשימוש. עבור קבוצות אלו מטריצה ​​של
אנרגיות האינטראקציה יחולצו מקובץ האנרגיה על ידי חיפוש קבוצות אנרגיה
עם שמות התואמים לזוגות של קבוצות אטומים, למשל אם שלך -קבוצות הקובץ מכיל:

2
חֶלְבּוֹן
סול

אז צפויות קבוצות אנרגיה עם שמות כמו 'Coul-SR:Protein-SOL' ו-'LJ:Protein-SOL'
בקובץ האנרגיה (אם כי GMX חוקן שימושי ביותר אם מנתחים קבוצות רבות
בו זמנית). מטריצות עבור סוגי אנרגיה שונים נכתבות בנפרד, כ
נשלט על ידי -[לא] יכול, -[לא] יכול, -[לא]יכול14, -[לא]lj, -[לא]lj14, -[לא]בהאם ו
-[לא]חינם אפשרויות. לבסוף, ניתן להעריך את סך אנרגיית האינטראקציה לכל קבוצה
מחושב (-אטוט).

ניתן לחשב קירוב של האנרגיה החופשית באמצעות: E_free = E_0 + kT
עֵץ( ), כאשר '<>' מייצג ממוצע זמן. קובץ עם הפניה חופשית
ניתן לספק אנרגיות כדי לחשב את הפרש האנרגיה החופשית עם איזושהי התייחסות
מצב. שמות הקבוצות (למשל שמות שאריות) בקובץ הייחוס צריכים להתאים ל
שמות קבוצות כפי שהם משמשים ב- -קבוצות קובץ, אך מספר נוסף (למשל מספר שאריות) ב
מה היא -קבוצות יתעלמו מההשוואה.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.edr>] (ener.edr) (אופציונלי)
קובץ אנרגיה

-קבוצות [<.dat>] (groups.dat)
קובץ נתונים כללי

-ערף [<.dat>] (eref.dat) (אופציונלי)
קובץ נתונים כללי

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-אמט [<.xpm>] (emat.xpm)
קובץ מטריצה ​​תואם X PixMap

-אטוט [<.xvg>] (energy.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-[אין] סכום (לא)
סכם את מונחי האנרגיה שנבחרו במקום להציג את כולם

-לדלג (0)
דלג על מספר פריימים בין נקודות נתונים

-[לא] מתכוון (כן)
עם -קבוצות מחלץ מטריצה ​​של אנרגיות ממוצעות במקום מטריצה ​​עבור כל שלב זמן

-nlevels (20)
מספר רמות עבור צבעי מטריצה

-מקסימום (1e+20)
ערך מקסימלי לאנרגיות

-מיני (-1e+20)
ערך מינימלי לאנרגיות

-[לא] יכול (כן)
לחלץ אנרגיות קולומב SR

-[לא] יכול (לא)
לחלץ אנרגיות קולומב LR

-[לא]יכול14 (לא)
לחלץ אנרגיות קולומב 1-4

-[לא]ljsr (כן)
לחלץ אנרגיות SR של לנארד-ג'ונס

-[לא]ljlr (לא)
לחלץ אנרגיות LR של לנארד-ג'ונס

-[לא]lj14 (לא)
לחלץ אנרגיות לנארד-ג'ונס 1-4

-[לא]בהמסר (לא)
לחלץ אנרגיות של בקינגהאם SR

-[לא]בהמלר (לא)
לחלץ אנרגיות LR של בקינגהאם

-[לא]חינם (כן)
לחשב אנרגיה חופשית

-טמפ' (300)
טמפרטורת ייחוס לחישוב אנרגיה חופשית

השתמש ב-gmx-enemat באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net