זהו הפקודה gt-cds שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות המרובות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
gt-cds - הוסף תכונות CDS (רצף קידוד) לתכונות אקסון שניתנו בקובץ GFF3.
תַקצִיר
gt תקליטורים [אפשרות ...] [GFF3_file]
תיאור
-מינורפלן [ערך]
הגדר את האורך המינימלי שמסגרת קריאה פתוחה (ORF) חייבת להתווסף כ-CDS
תכונה (נמדדת בחומצות אמינו) (ברירת מחדל: 64)
-startcodon [כן|לא]
דורש מאשר ORF חייב להתחיל בקודון התחלה (ברירת מחדל: לא)
-סופית סטופקודון [כן|לא]
דורשים שה-ORF הסופי חייב להסתיים בקודון עצירה (ברירת מחדל: לא)
-קובץ המשך [שם הקובץ]
הגדר את קובץ הרצף שממנו ייקח את הרצפים (ברירת מחדל: לא מוגדר)
-encseq [שם הקובץ]
הגדר את שם האינדקס של הרצף המקודד שממנו לקחת את הרצפים (ברירת מחדל:
לא מוגדר)
-קבצים
הגדר את קבצי הרצף שמהם לחלץ את השימוש בתכונות -- לסיים את הרשימה
של קבצי רצף
-matchdesc [כן|לא]
חפש בתיאורי הרצף מקבצי הקלט עבור מזהי הרצף הרצויים (ב
GFF3), מדווח על המשחק הראשון (ברירת מחדל: לא)
-matchdescstart [כן|לא]
להתאים בדיוק את תיאורי הרצף מקבצי הקלט עבור הרצף הרצוי
מזהים (ב-GFF3) מההתחלה ועד הרווח הלבן הראשון (ברירת מחדל: לא)
-usedesc [כן|לא]
השתמש בתיאורי רצף כדי למפות את מזהי הרצף (ב-GFF3) לרצף בפועל
ערכים. אם תיאור מכיל טווח רצף (למשל, III:1000001..2000000),
החלק הראשון משמש כמזהה רצף (ג) ומיקום הטווח הראשון כהיסט
(1000001) (ברירת מחדל: לא)
-מיפוי אזורים [מחרוזת]
הגדר קובץ המכיל רצף-אזור למיפוי קובץ רצף (ברירת מחדל: לא מוגדר)
-v [כן|לא]
להיות מילולי (ברירת מחדל: לא)
-o [שם הקובץ]
הפנה פלט לקובץ שצוין (ברירת מחדל: לא מוגדר)
-gzip [כן|לא]
כתוב קובץ פלט דחוס של gzip (ברירת מחדל: לא)
-bzip2 [כן|לא]
כתוב קובץ פלט דחוס bzip2 (ברירת מחדל: לא)
כוח [כן|לא]
לכפות כתיבה לקובץ פלט (ברירת מחדל: לא)
עזרה
הצג עזרה וצא
-הפך
להציג מידע על הגרסה ולצאת
פורמט קובץ עבור אפשרות -מיפוי אזורים:
הקובץ שסופק ל-option -regionmapping מגדיר "מיפוי". מיפוי ממפה את
ערכי אזור רצף הניתנים ב- GFF3_file לקובץ רצף המכיל את
רצף מתאים. ניתן להגדיר מיפויים באחת משתי הצורות הבאות:
מיפוי = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
מיפוי פונקציות (sequence_region)
החזר "hs_ref_"..sequence_region...".fa.gz"
סוף
הצורה הראשונה מגדירה לואה (http://www.lua.org) טבלה בשם "מיפוי" שממפה כל אחד
אזור הרצף לקובץ הרצף המתאים. השני מגדיר פונקציה Lua
"מיפוי", אשר צריך להחזיר את שם קובץ הרצף כאשר הוא נקרא עם
sequence_region כארגומנט.
דיווח באגים
דווח על באגים ל[מוגן בדוא"ל]>.
השתמש ב-gt-cds מקוון באמצעות שירותי onworks.net
