gt - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gt - מערכת ניתוח הגנום GenomeTools.

תַקצִיר

gt [אפשרות ...] [כלי | תסריט] [טיעון ...]

תיאור

-i [כן|לא]
היכנס למצב אינטראקטיבי לאחר הביצוע כלי or תסריט

-q [כן|לא]
לדכא אזהרות

-מבחן [כן|לא]
לבצע בדיקות יחידה ולצאת

-זֶרַע [ערך]
הגדר סיד עבור מחולל מספרים אקראיים באופן ידני. 0 יוצר זרע מהזמן הנוכחי
ומזהה תהליך

עזרה
הצג עזרה וצא

-הפך
להציג מידע על הגרסה ולצאת

כלים:

· bed_to_gff3

· תקליטורים

· chain2dim

· חסידים

· לְנַקוֹת

· משווה

· condenseq

· חוֹפְפוּת

· convertseq

· CSA

· נקודה

· dupfeat

· encseq

· encseq2spm

· הערכה

· extractfeat

· extractseq

· fastq_sample

· featureindex

· טביעת אצבעות

· genediff

· gff3

· gff3_to_gtf

· gff3validator

· gtf_to_gff3

· לקפוץ

· id_to_md5

· inlineseq_add

· inlineseq_split

· התערבות

· לוקצ'ק

· מקבץ

· ltrdigest

· ltrharvest

· כלי משחק

· matstat

· md5_to_id

· למזג

· mergefeat

· mgth

· mkfeatureindex

· mkfmindex

· mmapandread

· אופינדר

· packedindex

· prebwt

· מצטרף מחדש

· למצוא מחדש

· מסנן סקריפטים

· seed_extend

· בחר

· seq

· seqfilter

· סקידים

· seqmutate

· סדר המשך

· seqstat

· seqtransform

· seqtranslate

· sequniq

· המגרסה

· shulengthdist

· simreads

· סקיצה

· דף_סקיצה

· snpper

· נְקוּדָה

· splicesiteinfo

· splitfasta

· stat

· סיומת

· לוקחטור

· טאלימר

· טריוויש

· ייחודי

· uniquesub

· wtree

הגדר את משתנה הסביבה GT_MEM_BOOKKEEPING=on כדי לאפשר הנהלת חשבונות בזיכרון (למשל,
כך: env GT_MEM_BOOKKEEPING=על gt).

הגדר את משתנה הסביבה GT_ENV_OPTIONS=-spacepeak כדי להציג spacepeak לאחר תוכנית
לָרוּץ. הגדר את משתנה הסביבה GT_ENV_OPTIONS=-showtime כדי להציג עבורו זמני עיבוד
חלקי התוכנית אם יושמו.

הגדר את משתנה הסביבה GT_SEED לערך מספר שלם כדי לספק זרע עבור האקראי
מחולל מספרים. ניתן לעקוף את האפשרות -seed.

שילובים אפשריים. הפעלת ה-gt בינארי עם GT_ENV_OPTIONS=-help מראה הכל
"אפשרויות סביבה" אפשריות.

דיווח באגים

דווח על באגים ל[מוגן בדוא"ל]>.

השתמש ב-gt באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net