infernal - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

Infernal - ניתוח רצף באמצעות פרופילים של רצף RNA ומבנה משני
קוֹנסֶנזוּס

תַקצִיר

cmalign
יישר רצפים למודל שיתופיות

cmbuild
בניית מודל(ים) של שיתוף פעולה מרצף מרובה של RNA בעל הערות מבניות
יישור(ים)

cmcalibrate
התאם זנבות אקספוננציאליים לקביעת מודל קוווריאציה E-value

cmconvert
המר קבצי מודל קווריאנס של תופת

cmemit
רצפים לדוגמה ממודל שיתוף פעולה

cmfetch
אחזר מודל(ים) של שיתוף פעולה מקובץ

cmpress
הכן מסד נתונים של מודל שיתופיות עבור cmscan

cmscan
רצף/ים של חיפוש מול מסד נתונים של מודל שיתופיות

cmsearch
חיפוש מודל(ים) של שיתופיות מול מסד נתונים של רצף

cmstat
סטטיסטיקות סיכום עבור קובץ מודל שיתופיות

תיאור

Infernal היא חבילה של מספר תוכניות ליישור רצף RNA מבני ומסד נתונים
חיפוש הומולוגיה. היא משתמשת במודלים הסתברותיים הנקראים "מודלים שיתופיות" (CMs) כדי
מייצגים את ההומולוגים האבולוציוניים הסבירים של יישור מרובה (או רצף בודד) של
משפחת רצף RNA מבניים.

יחד עם מסד הנתונים Rfam של משפחות RNA ו-CMs קשורים
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal יכול לשמש לביאור הומולוגים בעלי מבנה ידוע
משפחות RNA בגנום.

Infernal קשורה קשר הדוק לחבילת התוכנה HMMER לניתוח משפחות רצף באמצעות
פרופיל HMMs (http://hmmer.org), אך תוכנן במיוחד עבור רצף RNA מבני
משפחות. בנוסף למודלים של הרצף השמור של משפחה כפי שעושים HMM פרופילים,
CMs מדגמים את המבנה המשני המשומר והמקונן היטב (ללא פסאודו-נוטים) של המשפחה.
נו. כתוצאה מכך, שיטות חיפוש ויישור CM הן יחסית חישוביות
יָקָר. Infernal משתמשת ב-HMM פרופילים כמסננים וכדי להפיק אילוצים ליצירת
שיטות CM פרקטיות יותר.

Infernal משמש בשלושה מצבים עיקריים: כדי לחפש במסד נתונים של רצף הומולוגים חדשים של
משפחת RNA (או הערות הומולוגים בגנום); לחפש במסד נתונים של CM (כמו Rfam) כדי למצוא
לאיזו משפחה ידועה שייך רצף שאילתה; ולבנות אוטומטית גדולות
יישורים מרובים (כלומר עם מספר בלתי מוגבל למעשה של רצפים) באמצעות CM
נציג של משפחת רצף.

נניח שיש לך יישור רצף מרובה מוער מבנית של רצף RNA
משפחה מעניינת, וברצונך לחפש במסד נתונים של רצף הומולוגים נוספים.
אל האני cmbuild התוכנית בונה מודל(ים) של שיתוף פעולה ממספר יישור(ים) ו cmcalibrate
קובע פרמטרים חשובים להערכת המובהקות הסטטיסטית של מסד הנתונים
להיטים לדגם בחיפושים הבאים.

אל האני cmsearch התוכנית מחפשת CM(ים) מול מסד נתונים של רצף.

נניח שיש לך רצף/ים שברצונך לנתח באמצעות מסד נתונים CM מבוסס Infernal
כמו Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). cmpress תוכנית פורמטת מודל שיתופיות
(כמו הקובץ שהיית מוריד מ-Rfam) למסד נתונים בינארי של Infernal. ה
cmscan התוכנית מחפשת רצף(ים) מול מסד נתונים זה.

נניח שאתה רוצה ליישר הרבה רצפים. אתה יכול לבנות קטן לניהול
יישור מבני של קבוצה מייצגת של רצפים, לבנות CM עם cmbuild, ו
להשתמש cmalign תוכנית ליישור כל מספר של רצפים לאותו CM.

Infernal כולל גם כמה כלי עזר לעבודה עם מסדי נתונים גדולים של CM. cmfetch
מביא CM אחד או יותר ממסד נתונים. cmstat מדפיס סטטיסטיקות סיכום על CM
קובץ.

עבור תאימות עם גרסאות קודמות של Infernal, כמו גם עם HMMER, ה cmconvert
התוכנית ממירה קבצי CM לכמה פורמטים אחרים.

אל האני cmemit התוכנית יוצרת (מדמה) רצפים "הומולוגיים" על ידי דגימה מ-CM. זה
יכול גם ליצור רצף "קונצנזוס".

לכל תוכנית יש דף אדם משלה.

השתמש באינטרנט תופת באמצעות שירותי onworks.net