megablast - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - כלי חיפוש יישור מקומי בסיסי

תַקצִיר

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "התחלה להפסיק"] [-J "התחלה להפסיק"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a שם הקובץ] [-d N] [-e X] [-g F] -i שם הקובץ
-j שם הקובץ [-m] [-o שם הקובץ] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "התחלה להפסיק"]
[-J "התחלה להפסיק"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i שם הקובץ]
[-j שם הקובץ] [-k str] [-m N] [-n] [-o שם הקובץ] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-ת N] [-u]
[-v N] [-וו N] [-י N] [-ז N]

להתפוצץ [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L התחל הפסק] [-M str] [-O שם הקובץ] [-P N] [-Q N] [-R שם הקובץ] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i שם הקובץ]
[-l str] [-m N] [-n] [-o שם הקובץ] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L התחל הפסק] [-M str] [-O שם הקובץ] [-P N] [-Q N] [-R שם הקובץ] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i שם הקובץ] [-l str]
[-m N] [-n] [-o שם הקובץ] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L התחל הפסק]
[-M str] [-O שם הקובץ] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i שם הקובץ] [-m N] [-n] [-o שם הקובץ] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B שם הקובץ] [-C שם הקובץ] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O שם הקובץ] [-P N] [-Q שם הקובץ] [-R שם הקובץ] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i שם הקובץ] [-j N] [-k שם הקובץ] [-l str] [-m N] [-o שם הקובץ] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

אימפלה [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O שם הקובץ] [-P שם הקובץ]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i שם הקובץ] [-j N] [-m N] [-o שם הקובץ]
[-v N] [-y X] [-z N]

מגבלסט [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L התחל הפסק] [-M N]
[-N N] [-O שם הקובץ] [-P N] [-Q שם הקובץ] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i שם הקובץ] [-l str] [-m N] [-n]
[-o שם הקובץ] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L התחל הפסק] [-N X] [-O שם הקובץ] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d שם הקובץ [-e X] [-i שם הקובץ] [-l שם הקובץ] [-m N]
[-o שם הקובץ] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

ראש זרע [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O שם הקובץ]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i שם הקובץ] [-k שם הקובץ] [-o שם הקובץ] [-p str]
[-q N] [-r N]

תיאור

דף מדריך זה מתעד בקצרה את הפקודות bl2seq, הדף, להתפוצץ, blastcl3,
blastpgp, אימפלה, מגבלסט, rpsblast, ו ראש זרע. הפקודות הללו מתועדות
יחד כי יש להם הרבה אפשרויות משותפות.

bl2seq מבצע השוואה בין שני רצפים באמצעות blastn או blastp
אַלגוֹרִיתְם. שני הרצפים חייבים להיות נוקלאוטידים או חלבונים.

2 משווה רצף מול מסד נתונים מקומי או רצף שני; זה
משלב את רוב הפונקציונליות של שניהם bl2seq ו להתפוצץ, אבל משתמש בחצי-
מנוע פנימי חדש ניסיוני.

להתפוצץ ו blastall_old מצא את ההתאמות הטובות ביותר במסד נתונים מקומי עבור רצף.
להתפוצץ משתמש במנוע חדש יותר מאשר blastall_old כברירת מחדל, אך תומך בשימוש ישן יותר
מנוע גם כן (כאשר מופעל עם האפשרות -V F).

blastcl3 ניגש למנוע החיפוש החדש ביותר של NCBI BLAST (גרסה 2.0). התוכנה מאחורי
BLAST גרסה 2.0 נכתבה מאפס כדי לאפשר ל-BLAST להתמודד עם האתגרים החדשים
המוצבים על ידי מסדי הנתונים של הרצף בשנים הקרובות. עדכונים לתוכנה זו יהיו
להמשיך בשנים הקרובות.

blastpgp מבצע חיפושי blastp מרווחים וניתן להשתמש בו כדי לבצע חיפושים איטרטיביים ב
מצב psi-blast ו-phi-blast.

אימפלה מחפש במאגר מידע של מטריצות ניקוד, שהוכן על ידי העתקה(1), מייצר דמוי BLAST
פלט.

מגבלסט משתמש באלגוריתם החמדן של Webb Miller et al. לרצף נוקלאוטידים
חיפוש יישור ומשרשרת שאילתות רבות כדי לחסוך זמן סריקת מסד הנתונים.
תוכנית זו מותאמת ליישור רצפים שנבדלים מעט כתוצאה מ
רצף או "שגיאות" דומות אחרות. זה מהיר עד פי 10 מהנפוץ יותר
תוכניות דמיון ברצף ולכן ניתן להשתמש בהן כדי להשוות במהירות בין שני סטים גדולים
של רצפים אחד נגד השני.

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) מחפש רצף שאילתות מול מסד נתונים של פרופילים.
זה ההפך מ-PSI-BLAST שמחפש פרופיל מול מסד נתונים של רצפים,
מכאן ה'הפוך'. rpsblast משתמש באלגוריתם דמוי BLAST, מוצא מילה אחת או כפולה
כניסות ולאחר מכן ביצוע הארכה לא מסומנת בהתאמות של מועמדים אלו. אם
מיוצר יישור לא מכוסה בעל ניקוד גבוה מספיק, מבוצעת הארכה מרווחת
ואלו (הפערים) עם ערך צפוי נמוך מספיק מדווחים. זֶה
הנוהל מנוגד ל-IMPALA שמבצע חישוב Smith-Waterman בין ה
שאילתה וכל פרופיל, במקום להשתמש בגישה של פגיעה במילה כדי לזהות התאמה לכך
צריך להאריך.

ראש זרע עונה על שתי שאלות פשוטות יחסית:
1. נתון רצף ומסד נתונים של תבניות, אילו דפוסים מתרחשים ברצף
ואיפה?
2. נתון דפוס ומסד נתונים רצף, אילו רצפים מכילים את התבנית ו
איפה?

חלק מהפקודות הללו תומכות במספר סוגים של השוואה, הנשלטות על ידי ה -p
דגל ("תוכנית"):

blastp משווה רצף שאילתות של חומצות אמינו מול מסד נתונים של רצפי חלבונים.

blastn משווה רצף שאילתות נוקלאוטידים מול מסד נתונים של רצף נוקלאוטידים.

blastx משווה את תוצרי התרגום המושגיים של שש מסגרות של שאילתת נוקלאוטידים
רצף (שני הגדילים) כנגד מסד נתונים של רצפי חלבונים. ל bl2seq, ה
נוקלאוטיד צריך להיות הרצף הראשון שניתן.

psitblastn משווה רצף שאילתות חלבון מול מסד נתונים של רצפי נוקלאוטידים
מתורגם באופן דינמי בכל שש מסגרות הקריאה (שני הגדילים) באמצעות a
מטריצה ​​ספציפית למיקום שנוצרה על ידי PSI-BLAST.

tblastn משווה רצף שאילתות חלבון מול מסד נתונים של רצפי נוקלאוטידים
מתורגם באופן דינמי בכל שש מסגרות הקריאה (שני הגדילים). ל bl2seq,
הנוקלאוטיד צריך להיות הרצף השני שניתן.

tblastx משווה את תרגומי שש הפריימים של רצף שאילתות נוקלאוטידים מול ה-
תרגומים של שש מסגרות של מסד נתונים של רצפי נוקלאוטידים.

אפשרויות

סיכום האפשרויות כלול להלן.

- הדפס הודעת שימוש

-A (bl2seq)
רצפי קלט בצורה של accession.version

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
גודל החלון של מספר כניסות; בדרך כלל ברירת המחדל היא 0 (עבור הרחבות של מכה בודדת), אבל
ברירת המחדל היא 40 בעת שימוש בתבניות לא רציפות.

-B N (פיצוץ2)
הפקת פלט תוך כדי תנועה:
0 אין (ברירת מחדל)
טבלה אחת של קיזוזים וערכי איכות
2 הוסף נתוני רצף
3 טקסט ASN.1
4 ASN.1 בינארי

-B N (להתפוצץ, להתפוצץ_ישן)
מספר שאילתות משורשרות, במצב blastn או tblastn

-B שם הקובץ (blastpgp)
קובץ יישור קלט עבור הפעלה מחדש של PSI-BLAST

-C X (blast2, blastall, blast_old, blastcl3)
השתמש בסטטיסטיקה מבוססת קומפוזיציה עבור blastp או tblastn:
T, t, D, או ד
ברירת מחדל (שווה ערך ל 1 ל 2 ו blastall_old כדי 2 ל להתפוצץ
ו blastcl3)
0, F או f
אין סטטיסטיקה מבוססת הרכב
1 סטטיסטיקה מבוססת קומפוזיציה כמו ב נאר 29:2994-3005, 2001
2 התאמת ניקוד מבוסס קומפוזיציה כמו ב ביואינפורמטיקה 21:902-911, 2005,
מותנה במאפייני רצף
3 התאמת ניקוד מבוסס קומפוזיציה כמו ב ביואינפורמטיקה 21:902-911, 2005,
ללא תנאים
בעת הפעלת סטטיסטיקה ב-blastall, blastall_old או blastcl3 (כלומר, לא פיצוץ2),
מצרף u (לא תלוי רישיות) למצב מאפשר שימוש בערכי p מאוחדים
שילוב של יישור וערכי p קומפוזיציוניים בסיבוב 1 בלבד.

-C שם הקובץ (blastpgp)
קובץ פלט עבור PSI-BLAST Checkpointing

-C N (עליון)
ציון בלבד או לא (ברירת מחדל = 1)

-D N (bl2seq)
פורמט פלט:
0 מסורתי (ברירת מחדל)
1 טבלה

-D N (blast2, blastall, blast_old, blastcl3)
תרגם רצפים במאגר לפי קוד גנטי N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (ברירת המחדל היא 1; חלה רק על tblast*)

-D N (מגהבלסט)
סוג פלט:
0 נקודות קצה וציון יישור
1 כל נקודות הקצה של המקטעים הבלתי מאושרים
2 פלט BLAST מסורתי (ברירת מחדל)
3 פורמט שורה אחת מופרדים בטאבים
4 טקסט מצטבר ASN.1
5 בינארי מצטבר ASN.1

-D N (עליון)
ירידה בעלות ליישור (ברירת מחדל = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
הרחבת פער עלויות N (-1 מעורר התנהגות ברירת מחדל)

-E N (blast2, blast, blast_old)
הרחבת פער עלויות N (-1 מעורר התנהגות ברירת מחדל: לא חברתי אם חמדן, 2
אחרת)

-E N (blastpgp, אימפלה, seedtop)
הרחבת פער עלויות N (ברירת המחדל היא 1)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) אפשרויות סינון עבור DUST או SEG; ברירת המחדל ל
T עבור bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, ו-megablast, וכן כדי F ל
blastpgp, אימפלה ו-rpsblast.

-F (עליון)
רצף סינון עם SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
פתיחת פער עולה N (-1 מעורר התנהגות ברירת מחדל)

-G N (blast2, blast, blast_old)
פתיחת פער עולה N (-1 מעורר התנהגות ברירת מחדל: לא-אפיני אם חמדן, 5 אם
באמצעות תכנות דינמי)

-G N (blastpgp, אימפלה, seedtop)
פתיחת פער עולה N (ברירת המחדל היא 11)

-H (פיצוץ2)
הפקת פלט HTML

-H N (blastpgp)
סוף האזור הנדרש בשאילתה (-1 מציין סוף השאילתה)

-H (אימפלה)
עזרה להדפסה (שונה מהודעת השימוש)

-H N (מגהבלסט)
מספר מקסימלי של HSPs לשמירה בכל רצף מסד נתונים (ברירת המחדל היא 0, ללא הגבלה)

-I "התחלה להפסיק" (bl2seq, blast2)
מיקום ברצף הראשון (שאילתה) (חל רק אם הקובץ צוין עם -i מכיל
רצף בודד)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) הצג GIs ב-deflines

-J "התחלה להפסיק" (bl2seq, blast2)
מיקום ברצף השני (נושא) (חל רק אם הקובץ צוין עם -j
מכיל רצף בודד)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) תאמין להגדרת השאילתה

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
מספר הלהיטים הטובים ביותר מאזור לשמירה. כבוי כברירת מחדל. אם משתמשים בערך של 100
מומלץ. ערכים גבוהים מאוד של -v or -b מוצעים גם.

-K N (עליון)
מכפיל גודל מאגר היט פנימי (אורך שאילתה wrt; ברירת מחדל = 2)

-L (פיצוץ2)
השתמש בטבלת חיפוש (קלאסית Mega BLAST) ברוחב 12

-L התחל הפסק (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) מיקום ברצף שאילתות (עבור rpsblast, תקף רק במצב blastp)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) השתמש במטריצה str (ברירת מחדל = BLOSUM62)

-M N (מגהבלסט)
אורך כולל מרבי של שאילתות עבור חיפוש בודד (ברירת מחדל = 5000000)

-N (פיצוץ2)
הצג רק הצטרפות עבור מזהי רצף בפלט טבלאי

-N X (blastpgp, rpsblast)
מספר ביטים להפעלת פערים (ברירת מחדל = 22.0)

-N N (מגהבלסט)
סוג תבנית מילה לא רציפה:
קידוד 0 (ברירת מחדל)
1 אופטימלי
2 שניים בו זמנית

-O שם הקובץ (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) יישור רצף כתוב (ASN.1)
ל שם הקובץ; תקף רק עבור blastpgp, impala, rpsblast ו-seedtop עם -J, ו
תקף רק עבור megablast עם -D2.

-P X (פיצוץ2)
חתך אחוזי זהות

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
הגדר ל-1 עבור מצב מכה בודדת או 0 עבור מצב מכה מרובה (ברירת מחדל). אינו חל
לפוצץ.

-P שם הקובץ (אימפלה)
קרא פרופילי מטריצה ​​ממסד הנתונים שם הקובץ

-P N (מגהבלסט)
מספר מרבי של מיקומים עבור ערך hash (מוגדר ל-0 [ברירת מחדל] כדי להתעלם)

-Q N (blast2, blastall, blast_old, blastcl3)
תרגם שאילתה לפי קוד גנטי N ב-/usr/share/ncbi/data/gc.prt (ברירת מחדל
הוא 1)

-Q שם הקובץ (blastpgp)
קובץ פלט עבור PSI-BLAST Matrix ב-ASCII

-Q שם הקובץ (מגהבלסט)
פלט שאילתה מסכה; דורש -D 2

-R (פיצוץ2)
חישוב יישורי סמית-ווטרמן אופטימליים מקומית. (אפשרות זו זמינה רק
עבור tblastn מרווח.)

-R שם הקובץ (להתפוצץ, להתפוצץ_ישן)
קרא את קובץ נקודת הבידוק PSI-TBLASTN שם הקובץ

-R (blastcl3)
חיפוש RPS Blast

-R שם הקובץ (blastpgp)
קובץ קלט עבור הפעלה מחדש של PSI-BLAST

-R (מגהבלסט)
דווח על פרטי היומן בסוף הפלט

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) שאילתה גדילים לחיפוש מול מסד נתונים עבור blastn, blastx, tblastx:
1 למעלה
2 תחתון
3 שניהם (ברירת מחדל)

-S N (blastpgp)
תחילת האזור הנדרש בשאילתה (ברירת מחדל = 1)

-S N (עליון)
עלות חתך (ברירת מחדל = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) הפקת פלט HTML

-T N (פיצוץ2)
סוג תבנית מילה לא רציפה:
קידוד 0 (ברירת מחדל)
1 אופטימלי
2 שניים בו זמנית

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) השתמש בסינון אותיות קטנות עבור רצף השאילתות

-V (bl2seq, blastall, megablast)
שימוש בכוח במנוע מדור קודם

-V (פיצוץ2)
השתמש בגישה של גודל מילה משתנה לסריקת מסד נתונים

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) השתמשו במילים בגודל N (אורך ההתאמה המושלמת הטובה ביותר;
אפס מעורר התנהגות ברירת מחדל, למעט עם megablast, שברירת המחדל היא 28, ו
blastpgp, שברירת המחדל היא 3. ערכי ברירת המחדל עבור הפקודות האחרות משתנים בהתאם
"תוכנית": 11 עבור blastn, 28 עבור megablast, ו-3 עבור כל השאר.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) X ערך ירידה עבור יישור מרווח (ב
סיביות) (אפס מעורר התנהגות ברירת מחדל, למעט עם megablast, שברירת המחדל היא 20,
ו-rpsblast ו-seedtop, שברירת המחדל היא 15. ערכי ברירת המחדל של השני
הפקודות משתנות עם "תוכנית": 30 עבור blastn, 20 עבור megablast, 0 עבור tblastx, ו
15 לכל השאר.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) אורך יעיל של מרחב החיפוש (השתמש באפס עבור
הגודל האמיתי)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) X ערך ירידה עבור סופי [תכנות דינמי?] פער
יישור בסיביות (ברירת המחדל היא 100 עבור blastn ו- megablast, 0 עבור tblastx, 25 עבור
אחרים)

-a שם הקובץ (bl2seq)
כתוב פלט טקסט ASN.1 ל שם הקובץ

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) מספר השרשורים לשימוש (ברירת המחדל היא אחד)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) מספר רצפי מסד נתונים להצגת יישורים עבורם
(ב) (ברירת המחדל היא 250)

-c (פיצוץ2)
מסכה באותיות קטנות

-c N (אימפלה)
קבוע בפסאודו-ספירות עבור גרסת ריבוי מעברים; 0 (ברירת מחדל) משתמש בשיטת אנטרופיה;
אחרת מומלץ ערך קרוב ל-30

-c N (אימפלה)
קבוע בפסאודו-ספירות עבור גרסת ריבוי מעברים (ברירת המחדל היא 10)

-d N (bl2seq)
השתמש בגודל DB תיאורטי של N (אפס מייצג את הגודל האמיתי)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) מסד נתונים לשימוש (ברירת המחדל היא nr עבור כל קובצי ההפעלה
מלבד blast2, שדורש רצף FASTA שני אם זה לא מוגדר)

-d שם הקובץ (rpsblast)
מסד נתונים RPS BLAST

-e X ערך תוחלת (E) (ברירת מחדל = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blast_old, blastcl3)
סף להארכת כניסות, ברירת מחדל אם אפס: 0 עבור blastn ו- megablast, 11 עבור
blastp, 12 עבור blastx, ו-13 עבור tblasn ו-tblastx.

-f N (blastpgp)
סף להארכת כניסות (ברירת מחדל 11)

-f (מגהבלסט)
הצג מזהים מלאים בפלט (ברירת מחדל: רק GIs או כניסות)

-f (עליון)
כפה חיפוש אחר דפוסים גם אם הם סבירים מדי

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
אל תבצע יישור מרווח (לא רלוונטי עבור tblastx)

-g (פיצוץ2)
השתמש באלגוריתם חמדני עבור הרחבות מרווחות

-g F (מגהבלסט)
הפוך מגבלסט לא רציף ליצור מילים עבור כל בסיס של מסד הנתונים
(חובה עם מנוע ה-BLAST הנוכחי)

-h N (פיצוץ2)
עונש על העברת מסגרת עבור פערים מחוץ למסגרת (blastx, tblastn בלבד; ברירת המחדל היא
אֶפֶס)

-h X (blastpgp, אימפלה)
סף e-value להכללה במודל מרובה מעברים (ברירת מחדל = 0.002 עבור blastpgp,
0.005 עבור אימפלה)

-i שם הקובץ
קרא (ראשית, שאילתה) רצף או הגדר מ שם הקובץ (ברירת המחדל היא stdin; אין צורך עבור
blastpgp אם מתחילים מחדש מ-scoremat)

-j שם הקובץ (bl2seq, blast2)
קרא רצף שני (נושא) או סט מתוך שם הקובץ

-j N (blastpgp)
מספר מעברים מקסימלי לשימוש בגרסת ריבוי מעברים (ברירת מחדל = 1)

-k str (פיצוץ2)
תבנית עבור PHI-BLAST

-k שם הקובץ (blastpgp, seedtop)
קלט קובץ היט עבור PHI-BLAST (ברירת מחדל = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
הגבל את החיפוש במסד הנתונים לרשימת ה-GI של [מחרוזת]

-l שם הקובץ (rpsblast)
התחבר הודעות ל שם הקובץ במקום שגיאה רגילה.

-m (bl2seq)
השתמש ב-Mega Blast לחיפוש

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) אפשרויות תצוגת יישור:
0 צמד (ברירת מחדל)
1 מעוגן שאילתה מציג זהויות
2 מעוגנים בשאילתה, ללא זהויות
3 זהויות שטוחות מעוגנת שאילתה, הצגת זהויות
4 שטוחים מעוגנים בשאילתה, ללא זהויות
5 מעוגנים בשאילתה, ללא זהויות וקצוות בוטים
6 שטוחים מעוגנים בשאילתה, ללא זהויות וקצוות קהים
פלט 7 XML Blast (לא זמין עבור אימפלה)
8 טבלאות (לא זמין עבור אימפלה)
9 טבלאות עם שורות הערות (לא זמין עבור אימפלה)
טקסט 10 ASN.1 (לא זמין עבור אימפלה או rpsblast)
11 ASN.1 בינארי (לא זמין עבור אימפלה או rpsblast)

-n (פיצוץ2)
הצג GIs במזהי רצף

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
חיפוש MegaBlast

-n (מגהבלסט)
השתמש בהרחבה לא חמדנית (תכנות דינמי) עבור ציוני פערים קשורים

-o שם הקובץ
כתוב דוח יישור סופי ל שם הקובץ במקום יוצא דופן

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
השתמש ב"תוכנית" (סוג השוואה) str. ה תיאור הסעיף מכסה את זה
אפשרות בפירוט רב יותר.

-p str (blastpgp)
אפשרות תוכנית עבור PHI-BLAST (ברירת מחדל = blastpgp)

-p X (מגהבלסט)
חיתוך אחוז זהות (ברירת מחדל = 0)

-p F (rpsblast)
רצף השאילתה הוא נוקלאוטיד, לא חלבון

-p str (עליון)
שם התוכנית:
patmatchp מציין אילו דפוסים מתרחשים ברצף
patternp מציין אילו רצפים מכילים דפוס

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) עונש על אי התאמה של נוקלאוטידים (בלסטן בלבד) (ברירת מחדל = -10
עבור seedtop, -3 עבור כל השאר)

-q N (blastpgp)
קלט ASN.1 Scoremat של נתוני מחסום:
0 ללא קלט ציון (ברירת מחדל)
1 הפעל מחדש מקובץ נקודת ביקורת ASCII scoremat
2 הפעל מחדש מקובץ נקודת ביקורת בינארי של מדד סקור

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) פרס עבור התאמת נוקלאוטידים (בלסטן בלבד) (ברירת מחדל = 10 עבור
seedtop, -10 עבור כל השאר)

-s (פיצוץ2)
No-op (בעבר התבקש ליצור מילים עבור כל בסיס של מסד הנתונים)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
חישוב יישורי Smith-Waterman אופטימליים מקומית. עבור blastall, blastall_old, ו
blastcl3, זה זמין רק במצב tblastn gapped.

-s N (מגהבלסט)
ציון מכה מינימלי לדיווח (0 עבור התנהגות ברירת מחדל)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
אורך של תבנית מילה לא רציפה (האינטררון הגדול ביותר המותר בתרגום מתורגם
רצף נוקלאוטידים בעת קישור של משימות שונות; ברירת מחדל = 0;
ערכים שליליים משביתים את הקישור עבור blastall, blastall_old ו-blastcl3.)

-t N[u] (blastpgp)
התאמת ניקוד מבוסס קומפוזיציה. התו הראשון מתפרש כך:
0, F או f
ללא סטטיסטיקה מבוססת הרכב
1 סטטיסטיקה מבוססת הרכב כמו ב נאר 29:2994-3005, 2001
2, T, או t
התאמת ציונים מבוססת קומפוזיציה כמו ב ביואינפורמטיקה 21:902-911, 2005,
מותנה במאפייני רצף בסיבוב 1 (ברירת מחדל)
3 התאמת ניקוד מבוסס קומפוזיציה כמו ב ביואינפורמטיקה 21:902-911, 2005,
ללא תנאי בסיבוב 1

כאשר נתונים סטטיסטיים מבוססי הרכב נמצאים בשימוש, הוספת u (לא רגיש לאותיות גדולות) ל-
ארגומנט מבקש ערך p מאוחד המשלב יישור p-value ו- p- קומפוזיציה
ערך בסיבוב 1 בלבד.

-t N (מגהבלסט)
אורך של תבנית מילה לא רציפה (מילה רציפה אם 0 [ברירת מחדל])

-u (פיצוץ2)
בצע רק יישור לא מסומן (תמיד TRUE עבור tblastx)

-u str (blastcl3)
הגבל את החיפוש במסד הנתונים לתוצאות של בדיקת Entrez2

-u N (blastpgp)
פלט ASN.1 Scoremat של נתוני מחסום:
0 אין פלט ניקוד (ברירת מחדל)
קובץ נקודת ביקורת פלט ASCII scoremat (נדרש -J)
2 פלט קובץ נקודת ביקורת בינארי של נקודות ציון (דורש -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) מספר תיאורים בשורה אחת להצגה (V) (ברירת מחדל =
500)

-w N (פיצוץ2)
גודל חלון (מרחק מרבי מותר בין זוג כניסות ראשוניות; 0 שיחות
התנהגות ברירת מחדל, -1 מכבה מספר התאמות)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
עונש על שינוי מסגרת (אלגוריתם OOF עבור blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) ירידה ב-X עבור הרחבות לא מוצמדות בסיביות (0.0 מעורר ברירת מחדל
התנהגות: 20 עבור blastn, 10 עבור megablast ו-7 עבור כל השאר.)

-y N (מגהבלסט)
ערך ירידה של X עבור הרחבה לא מוחזקת (ברירת המחדל היא 10)

-z N (פיצוץ2)
אורך האינטרון הארוך ביותר עבור קישור HSP מרווח לא אחיד (tblastn בלבד; ברירת המחדל היא 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) אורך יעיל של מסד הנתונים (השתמש באפס עבור הגודל האמיתי)

השתמש ב-megablast באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net