mia-2dmyopgt-nonrigid - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

mia-2dmyopgt-nonrigid - הפעל רישום של סדרה של תמונות דו-ממדיות.

תַקצִיר

mia-2dmyopgt-nonrigid -i -o [אפשרויות]

תיאור

mia-2dmyopgt-nonrigid תוכנית זו מיישמת את הרישום הלא ליניארי המבוסס על פסאודו
Ground Thruth לפיצוי תנועה של סדרת תמונות זלוף שריר הלב שניתנו כ-a
מערך הנתונים כפי שמתואר בצ'או לי ו-יינג סאן, 'רישום לא נוקשה של שריר הלב
זלוף MRI באמצעות Pseudo Ground Truth', ב-Proc. מחשוב תדמית רפואית ומחשב-
Assisted Intervention MICCAI 2009, 165-172, 2009. שימו לב שעבור תנועה לא ליניארית זו
תיקון נדרש בדרך כלל שלב רישום ליניארי קודם.

אפשרויות

קובץ-IO
-i --in-file=(קלט, נדרש); חוּט
סט נתוני זלוף קלט

-o --out-file=(פלט, נדרש); חוּט
סט נתוני זלוף פלט

-r --registered=reg
בסיס שמות הקבצים עבור קבצים רשומים, סוג קובץ התמונה זהה לזה
ניתן במערך נתוני הקלט

פסאודו קרקע אמת אומדן
-A --alpha=1
משקל עונש שכונה מרחבית משקל עונש שכונה מרחבית

-B --beta=1
עונש נגזרת שניה זמנית משקל עונש נגזרת שניה זמנית
מִשׁקָל

-R --rho-thresh=0.85
סף מתאם לניתוח שכונה סף מתאם עבור
ניתוח שכונות

-k --דלג=0
דלג על תמונות בתחילת הסדרה, למשל כי כפי שהן של אחרים
אופנים דלג על תמונות בתחילת הסדרה, למשל בגלל שהם
הם באופנים אחרים

הַרשָׁמָה
-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
כלי אופטימיזציה משמש למזעור כלי אופטימיזציה המשמש למזעור עבור
תוספים נתמכים ראה PLUGINS:minimizer/singlecost

-a --start-c-rate=32
התחל קצב קו-אפיציינט בעמודים, מחולק ב--c-rate-divider עם
כל קצב קוeficinet של התחלת מעבר בעמודים, מחולק ב--c-rate-divider
עם כל מעבר

--c-rate-divider=4
מחלק תעריף קופה עבור כל מחלק תעריף passcofficient עבור כל מעבר

-d --start-divcurl=20
משקל התחל divcurl, מחולק ב--divcurl-divider עם כל התחלה מעבר
משקל divcurl, מחולק ב--divcurl-divider בכל מעבר

--divcurl-divider=4
דרגת משקל divcurl עם כל שינוי משקל passdivcurl חדש עם כל אחד
מעבר חדש

-w --imageweight=1
משקל עלות תמונה משקל עלות תמונה

-l --mg-levels=3
רמות רזולוציה מרובות רמות רזולוציה מרובות

-P --עובר=4
רישום עובר רישום עובר

עֶזרָה & מידע
-V --verbose=אזהרה
מילוליות של פלט, הדפסת הודעות ברמה נתונה ובעדיפויות גבוהות יותר.
סדרי עדיפויות נתמכים המתחילים ברמה הנמוכה ביותר הם:
מידע - הודעות ברמה נמוכה
להתחקות - מעקב אחר קריאת פונקציה
להיכשל - דיווח על כשלים בבדיקה
אזהרה - אזהרות
שגיאה - דיווח על שגיאות
באגים - ניפוי באגים בפלט
הודעה - הודעות רגילות
קטלני - דווח רק על שגיאות קטלניות

--זכויות יוצרים
להדפיס מידע על זכויות יוצרים

-h --עזרה
להדפיס עזרה זו

-? --נוֹהָג
הדפס עזרה קצרה

--גִרְסָה
להדפיס את מספר הגרסה ולצאת

תהליך
--חוטים=-1
מספר שרשורים מקסימלי לשימוש לעיבוד, מספר זה צריך להיות נמוך יותר
או שווה למספר ליבות המעבד הלוגיות במכונה. (-1:
הערכה אוטומטית). המספר המרבי של שרשורים לשימוש לעיבוד, זה
המספר צריך להיות נמוך או שווה למספר ליבות המעבד הלוגיות ב
המכונה. (-1: אומדן אוטומטי).

תוספים: מזער/עלות יחידה

gdas ירידה בשיפוע עם תיקון גודל צעד אוטומטי., הפרמטרים הנתמכים הם:

ftolr = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם השינוי היחסי של הקריטריון נמצא מתחת..

מקסימום צעד = 2; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל צעד אבסולוטי מקסימלי.

מקסיטר = 200; uint in [1, inf)
קריטריון עצירה: המספר המרבי של איטרציות.

שלב מינימלי = 0.1; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל צעד מוחלט מינימלי.

xtola = 0.01; כפול ב-[0, inf)
עצור אם ה-inf-norm של השינוי שהוחל על x מתחת לערך זה..

gdsq ירידה בשיפוע עם אומדן צעד ריבועי, פרמטרים נתמכים הם:

ftolr = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם השינוי היחסי של הקריטריון נמצא מתחת..

gtola = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם ה-inf-norm של השיפוע מתחת לערך זה..

מקסיטר = 100; uint in [1, inf)
קריטריון עצירה: המספר המרבי של איטרציות.

סולם = 2; כפול פנימה (1, אינפ)
קנה מידה קבוע של קנה מידה של גודל צעד.

צעד = 0.1; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל הצעד הראשוני.

xtola = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם ה-inf-norm של x-update מתחת לערך זה..

gsl תוסף אופטימיזציה המבוסס על אופטימיזציית ה-multimin של הספרייה המדעית של גנו
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, הפרמטרים הנתמכים הם:

eps = 0.01; כפול פנימה (0, אינפ)
מיטובים מבוססי גרדיאנט: עצור כאשר |grad| < eps, simplex: עצור מתי
גודל סימפלקס < eps..

iter = 100; uint in [1, inf)
מספר מקסימלי של איטרציות.

לִבחוֹר = gd; כתיב
כלי אופטימיזציה ספציפי לשימוש.. הערכים הנתמכים הם:
bfgs - ברוידן-פלטשר-גולדפרב-שאן
bfgs2 - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (הגרסה היעילה ביותר)
cg-fr - אלגוריתם גרדיאנט מצומד של Flecher-Reeves
gd - ירידה בשיפוע.
חד מגמי - אלגוריתם פשוט של Nelder ו-Mead
cg-pr - אלגוריתם גרדיאנט מצומד של Polak-Ribiere

צעד = 0.001; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל הצעד הראשוני.

tol = 0.1; כפול פנימה (0, אינפ)
פרמטר סובלנות כלשהו.

nlopt אלגוריתמי מזער באמצעות ספריית NLOPT, לתיאור של
מייעלים בבקשה ראה 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', הפרמטרים הנתמכים הם:

ftola = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי המוחלט של הערך האובייקטיבי נמצא למטה
הערך הזה.

ftolr = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי היחסי של הערך האובייקטיבי נמצא למטה
הערך הזה.

גבוה יותר = inf; לְהַכפִּיל
גבול גבוה יותר (שווה לכל הפרמטרים).

local-opt = אין; כתיב
אלגוריתם מזעור מקומי שעשוי להידרש עבור הראשי
אלגוריתם מזעור.. הערכים הנתמכים הם:
gn-orig-direct-l - חלוקת מלבנים (יישום מקורי,
מוטה מקומית)
gn-direct-l-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מוטה מקומית)
gn-isres - אסטרטגיית אבולוציה של דירוג סטוכסטי משופרת
ld-tnewton ניוטון קטום
gn-direct-l-rand - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית, אקראית)
ב-newuoa - אופטימיזציה בלתי מוגבלת ללא נגזרים על ידי איטרטיבי
קירוב ריבועי בנוי
gn-direct-l-rand-noscale - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מקומי
מוטה, אקראי)
gn-orig-direct - חלוקת מלבנים (יישום מקורי)
ld-tnewton-precond - ניוטון קטום מותנה מראש
ld-tnewton-restart - ניוטון קטום עם התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר
gn-direct - חלוקת מלבנים
ln-neldermead - אלגוריתם סימפלקס של Nelder-Mead
אין-קובילה - אופטימיזציה מוגבלת על ידי קירוב ליניארי
gn-crs2-lm - חיפוש אקראי מבוקר עם מוטציה מקומית
ld-var2 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 2
ld-var1 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 1
ld-mma - שיטת העברת אסימפטוטים
ld-lbfgs-nocedal - אף אחד
ld-lbfgs - BFGS עם אחסון נמוך
gn-direct-l - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית)
אף לא אחד - אל תציין אלגוריתם
אינ-בוביקה - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים
ln-sbplx - גרסה תת-מפלסית של Nelder-Mead
ב-newuoa-bound - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים על ידי
קירוב ריבועי שנבנה באופן איטרטיבי
בפרקסיס - אופטימיזציה מקומית ללא שיפוע באמצעות הציר הראשי
שִׁיטָה
gn-direct-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה)
ld-tnewton-precond-restart - ניוטון קטום מותנה מראש עם
התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר

להוריד = -inf; לְהַכפִּיל
גבול תחתון (שווה לכל הפרמטרים).

מקסיטר = 100; int ב-[1, inf)
קריטריון עצירה: המספר המרבי של איטרציות.

לִבחוֹר = ld-lbfgs; כתיב
אלגוריתם מזעור ראשי. הערכים הנתמכים הם:
gn-orig-direct-l - חלוקת מלבנים (יישום מקורי,
מוטה מקומית)
g-mlsl-lds - קישור רב-שכבתי יחיד (רצף אי התאמה נמוך,
דורשים אופטימיזציה וגבולות מקומיים המבוססים על גרדיאנט)
gn-direct-l-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מוטה מקומית)
gn-isres - אסטרטגיית אבולוציה של דירוג סטוכסטי משופרת
ld-tnewton ניוטון קטום
gn-direct-l-rand - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית, אקראית)
ב-newuoa - אופטימיזציה בלתי מוגבלת ללא נגזרים על ידי איטרטיבי
קירוב ריבועי בנוי
gn-direct-l-rand-noscale - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מקומי
מוטה, אקראי)
gn-orig-direct - חלוקת מלבנים (יישום מקורי)
ld-tnewton-precond - ניוטון קטום מותנה מראש
ld-tnewton-restart - ניוטון קטום עם התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר
gn-direct - חלוקת מלבנים
auglag-eq - אלגוריתם לגראנג'י מוגבר עם אילוצי שוויון
רק
ln-neldermead - אלגוריתם סימפלקס של Nelder-Mead
אין-קובילה - אופטימיזציה מוגבלת על ידי קירוב ליניארי
gn-crs2-lm - חיפוש אקראי מבוקר עם מוטציה מקומית
ld-var2 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 2
ld-var1 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 1
ld-mma - שיטת העברת אסימפטוטים
ld-lbfgs-nocedal - אף אחד
g-mlsl - קישור רב-שכבתי יחיד (דורש אופטימיזציה מקומית ו
גבולות)
ld-lbfgs - BFGS עם אחסון נמוך
gn-direct-l - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית)
אינ-בוביקה - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים
ln-sbplx - גרסה תת-מפלסית של Nelder-Mead
ב-newuoa-bound - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים על ידי
קירוב ריבועי שנבנה באופן איטרטיבי
אולג - אלגוריתם לגראנג'י מוגבר
בפרקסיס - אופטימיזציה מקומית ללא שיפוע באמצעות הציר הראשי
שִׁיטָה
gn-direct-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה)
ld-tnewton-precond-restart - ניוטון קטום מותנה מראש עם
התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר
ld-slsqp - תכנות ריבועי ריבועי ברצף

צעד = 0; כפול ב-[0, inf)
גודל שלב ראשוני עבור שיטות ללא שיפוע.

להפסיק = -inf; לְהַכפִּיל
קריטריון עצירה: ערך הפונקציה יורד מתחת לערך זה.

xtola = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי המוחלט של כל ערכי ה-x נמצא מתחת לזה
ערך.

xtolr = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי היחסי של כל ערכי ה-x נמצא מתחת לזה
ערך.

דוגמא

רשום את סדרת הזילוף שניתנה ב-'segment.set' באמצעות Pseudo Ground Truth
אוּמדָן. דלג על שתי תמונות בהתחלה, וחוץ מזה השתמש בפרמטרי ברירת המחדל.
אחסן את התוצאה ב-'registered.set'.

mia-2dmyopgt-nonrigid -i segment.set -o registered.set -k 2

מחבר(ים)

גרט וולני

זכויות יוצרים

תוכנה זו היא זכויות יוצרים (ג) 1999–2015 לייפציג, גרמניה ומדריד, ספרד. זה מגיע
ללא כל אחריות ואתה רשאי להפיץ אותו מחדש תחת תנאי ה-GNU
רישיון ציבורי כללי גרסה 3 (או מאוחר יותר). למידע נוסף הפעל את התוכנית עם
אפשרות '--זכויות יוצרים'.

השתמש ב-mia-2dmyopgt-nonrigid באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net