miconv - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

miconv - המרת נתוני תמונה רפואית בין פורמטים.

תַקצִיר

miconv [אפשרויות] []

תיאור

miconv: המרת נתוני תמונה רפואית בין פורמטים.

פורמטים של קבצים מזוהים אוטומטית לפי סיומת הקובץ שלהם. זה מצפה ב
לפחות שני שמות קבצים/ספריות (עבור קובץ הקלט והפלט) בסוף הקובץ
שורת הפקודה. יוצאת דופן היא האפשרות '-l' שדורשת רק אחת
שם קובץ/ספרייה לרשימת התוכן שלו.

כללי אפשרויות:
-l: מפרט קבוצה מופרדת מרווח של פרמטרים ויציאות. השתמש ב-'-l help' כדי לקבל א
רשימה של פרמטרים אפשריים ו-'-l all' לרשימת כל הפרמטרים. הפרמטר
יש להשמיט את 'קובץ פלט' בעת שימוש באפשרות זו.

-p: טען פרוקול זה לברירות מחדל

פרוטוקול אפשרויות:
-תַאֲרִיך: תאריך הסריקה [yyyyymmdd] (ברירת מחדל=20140807yyyyymmdd)

-fp: FOV בכיוון פאזה [מ"מ] (ברירת מחדל=220.0 מ"מ)

-פרו: FOV בכיוון הקריאה [מ"מ] (ברירת מחדל=220.0 מ"מ)

-פס: FOV בכיוון פרוסה [מ"מ] (ברירת מחדל=5.0 מ"מ)

-מספר: מספר מדידות עוקבות (ברירת מחדל=1)

-נקס: מספר נקודות בכיוון הקריאה (ברירת מחדל=128)

-ני: מספר נקודות בכיוון פאזה (ברירת מחדל=128)

-נ.ז: מספר נקודות בכיוון הפרוסה (ברירת מחדל=1)

- לידה: תאריך לידה של המטופל [yyyyymmdd] (ברירת מחדל=00000000yyyyymmdd)

-ניצב: מזהה מטופל ייחודי (ברירת מחדל=לא ידוע)

-שם: שם מטופל מלא (ברירת מחדל=לא ידוע)

-פסקס: מין מטופל (אפשרויות=MFO, ברירת מחדל=O)

- משקל רב: משקל מטופל [ק"ג] (ברירת מחדל=50.0 ק"ג)

-מדע: שם המדען (ברירת מחדל=לא ידוע)

-ס: מרחק בין פרוסות (ממרכז למרכז) [מ"מ] (ברירת מחדל=10.0 מ"מ)

-סרד: תיאור סדרה (ברירת מחדל=לא ידוע)

-סרנו: מספר סדרה (ברירת מחדל=1)

-רחוב: עובי פרוסה [מ"מ] (ברירת מחדל=5.0 מ"מ)

-סוּס הַרבָּעָה: תיאור המחקר (ברירת מחדל=לא ידוע)

-tcname: שם סליל השידור (ברירת מחדל=לא ידוע)

-תה: זמן להד של הרצף [ms] (ברירת מחדל=80.0ms)

-time: זמן הסריקה [hhmmss] (ברירת מחדל=091009hhmmss)

-tr: זמן בין עירורים רצופים [ms] (ברירת מחדל=1000.0ms)

שלח לקרוא אפשרויות:
-cplx: התייחס לנתונים כמורכבים וחלץ את הרכיב הנתון (options=none abs pha real
image , default=none)

-ds: אינדקס מערך נתונים לחילוץ אם קוראים מערכי נתונים מרובים

-לְסַנֵן: קרא רק את מערכי הנתונים שבהם פרמטר הפרוטוקול 'מפתח' מכיל את המחרוזת
'ערך' (ניתן בפורמט 'מפתח=ערך')

-fmap: לשימוש מופחת בזיכרון, המשך לבצע מיפוי קבצים לאחר קריאת נתונים (גולמיים), אך כתיבה
לתוך המערך יגרום להתרסקות

-jdx: אם קיימים מערכי JDX מרובים, בחר זאת

-דיאלקט: קרא נתונים באמצעות ניב נתון של הפורמט. (ברירת המחדל היא ללא דיאלקט)

-rf: קרא פורמט, השתמש בו כדי לעקוף את סיומת הקובץ (options=autodetect 3db analys asc
coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit , ברירת מחדל=זיהוי אוטומטי)

-לדלג: דלג על כמות בתים זו לפני קריאת הנתונים הגולמיים (ברירת מחדל=0)

שלח לכתוב אפשרויות:
-לְצַרֵף: הוסף לקובץ קיים, רק עבור נתונים גולמיים

-fnamepar: רשימה מופרדת מרווחים של פרמטרי פרוטוקול שיש לכלול בעת יצירת ייחודיות
שמות קבצים

-לא קנה מידה: אין לשנות קנה מידה של ערכים בעת אחסון מספרים שלמים

-לְפַצֵל: כפה פיצול של זוגות פרוטוקול-נתונים לקבצים נפרדים.

סוג: סוג ייצוג תמונה (אפשרויות=צף אוטומטי כפול s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit , ברירת מחדל=אוטומטי)

-דיאלקט: כתוב נתונים באמצעות ניב נתון של הפורמט. (ברירת המחדל היא ללא דיאלקט)

-ווף: כתוב פורמט, השתמש בו כדי לעקוף את סיומת הקובץ (options=autodetect 3db analys asc
coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit , ברירת מחדל=זיהוי אוטומטי)

-wp: אחסן את הפרוטוקול בנפרד לקובץ זה.

מסננים:
-ליישר : יישר נתונים לגיאומטריה (מיקומי ווקסל) של
קובץ חיצוני

-מסכת רכב : צור מסכה באמצעות סף אוטומטי מבוסס היסטוגרמה

-אֶשׁכּוֹל : צור אשכולות של ווקסלים סמוכים/הבאים שאינם מאפס, ממוינים לפי גודל

-להסתבך <גרעין קונבולציה (Gauss NoFilter Triangle Hann Hamming CosSq Blackman
BlackmanNuttall Exp ),קוטר הגרעין [מ"מ]> : פיתול בממדים מרחביים

-להרתיע <מספר רכיבים בתדר נמוך שיש להסיר, אפס ממוצע של תוצאה
timecourse> : הסר סחיפה איטית לאורך זמן

-לַעֲרוֹך <מחרוזת מיקום/טווח בפורמט (מסגרת זמן, slicepos,phasepos,readpos),ערך חדש
של voxel> : ערוך ערכי ווקסל בודדים

-גנמסק : צור מסכה הכוללת את כל הווקסלים עם ערך
בטווח נתון

-איזוטרופי : הפוך ווקסלים של תמונה לאיזוטרופיים באמצעות אינטרפולציה (תמונה
הגיאומטריה לא תשתנה)

-מעבר נמוך : סינון במעבר נמוך

-מקסימום : חתוך את כל הערכים מעל הערך המרבי

-maxip : בצע הקרנה בעוצמה מרבית
מעל כיוון נתון

-לְמַזֵג : מיזוג מערכי נתונים למערך נתונים בודד על ידי הרחבת ממד הזמן

-מיני : קטע את כל הערכים מתחת לערך המינימום

-מיניפ : בצע הקרנת עוצמה מינימלית
מעל כיוון נתון

-לא NaN : מחליף כל NaN בערך הנתון

-פפליפ : הפוך נתונים בכיוון פאזה

-פראנג' : בחר טווח ב
כיוון שלב

-פרוי : בצע השלכה ממוצעת על נתון
כיוון

-קוונטימסכה : צור מסכה הכוללת את כל הווקסלים מעל השבר הנתון
סף

-דגימה מחודשת : שינוי גודל זמני של נתוני תמונה

לשנות גודל : שינוי גודל מרחבי של נתוני תמונה

-תרס : משחזר את התמונה לנתון
אורינטציה

-rflip : הפוך נתונים בכיוון הקריאה

-רָקָב : סיבוב במישור

-לסדר : בחר טווח ב
לקרוא כיוון

-סוּלָם : שינוי קנה מידה של ערכי תמונה

-להתהפך : הפוך את הנתונים בכיוון הפרוסה

-מִשׁמֶרֶת <readDirection shift [פיקסל], shiftDirection phase [פיקסל],הסטת כיוון פרוסה
[פיקסל]> : העבר נתונים באופן מרחבי

-זמן פרוסה : נכון עבור
נקודות זמן רכישה שונות של פרוסות

-אִחוּי : מחברת את
תמונה בכיוון הנתון

-מוזר : בחר טווח ב
כיוון פרוסה

- swapdim <[rps][-],[rps][-],[rps][-]> : החלפה/שקף ממדים על ידי ציון כיוון
משולש עם סימן השתקפות אופציונלי מצורף

-אָרִיחַ : שלבו פרוסות לתמונה דו-ממדית מרובעת

-מוזר : בחר טווח ב
כיוון זמן

-tshift : העבר נתונים בזמן

-typemax : קטע את כל הערכים מעל המקסימום של סוג נתונים ספציפי

-typemin : קטע את כל הערכים מתחת למינימום של סוג נתונים ספציפי

-שימוש במסכה : צור מערך נתונים 1D הכולל את כל הערכים בתוך מסיכה מהקובץ

אחר אפשרויות:
-v אוֹ עבור איתור באגים/מעקב אחר כל הרכיבים או יחיד
רכיב, בהתאמה. ערכים אפשריים עבור loglevel הם: 0(noLog), 1(errorLog),
2(warningLog), 3(infoLog).

-h, - עזרה, עזרה, --גִרְסָה : הדפס טקסט עזרה או מידע גרסה

נתמך פילה הרחבות (פורמטים):
3db (נתונים בינאריים Iris3D)

לנתח
(NIFTI/ANALYZE, ניבים: fsl )

asc (ASCII, דיאלקטים: tcourse)

coi (ערכות נתונים של JCAMP-DX)

dat (Matlab ascii מטריצת נתונים דו-ממדית)

dcm (DICOM, ניבים: סימנס)

כפול (נתונים גולמיים כפולים)

לצוף (נתונים גולמיים לצוף)

gz (מיכל GNU-Zip עבור פורמטים אחרים)

hdr (Interfile, דיאלקטים: neurostat )

hdr (NIFTI/ANALYZE, ניבים: fsl )

idx (מדדים תלת-ממדיים של אי-אפסים ב-ASCII)

ima (DICOM, דיאלקטים: סימנס)

התערבות
(אינטרפיל, דיאלקטים: neurostat )

jdx (פורמט תמונה JCAMP-DX)

mag (DICOM, דיאלקטים: סימנס)

mhd (MetaImage)

nii (NIFTI/ANALYZE, ניבים: fsl )

ph (DICOM, דיאלקטים: סימנס)

png (גרפיקת רשת ניידת)

pos (מיקומי xy של שאינם אפסים ב-ASCII)

פרו (פרוטוקולי מדידה של ODIN)

reg (Ansoft HFSS ASCII)

s16bit (נתונים גולמיים של 16 סיביות חתומים)

s32bit (נתונים גולמיים של 32 סיביות חתומים)

s8bit (נתונים גולמיים של 8 סיביות חתומים)

smp (ערכות נתונים של JCAMP-DX)

u16bit (נתונים גולמיים של 16 סיביות לא חתומים)

u32bit (נתונים גולמיים של 32 סיביות לא חתומים)

u8bit (נתונים גולמיים של 8 סיביות לא חתומים)

השתמש ב-miconv באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net