mincstats - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

mincstats - חשב סטטיסטיקה פשוטה על פני ווקסלים של קובץ minc

תַקצִיר

mincstats [ ] .mnc

תיאור

Mincstats יחשב מדדים סטטיסטיים פשוטים על פני כל הווקסלים של קובץ minc.
שימו לב שאלו מדדים סטטיסטיים גלובליים ולא מדדים של ווקסל אחר ווקס (ראה
כמות קטנה בשביל זה). כברירת מחדל כל הסטטיסטיקה מחושבת. אם יש סטטיסטיקות
מבוקש באמצעות אפשרות שורת פקודה, אז רק הנתונים הסטטיסטיים המבוקשים מודפסים.

תכונה שימושית מאוד של תוכנית זו היא היכולת להגביל את קבוצת ה-voxels
נכלל בחישוב הסטטיסטי, בין אם על ידי הגבלת טווח הערכים הכלולים,
או באמצעות קובץ מסכה עם טווח מוגבל. טווחים מרובים עבור קובץ הקלט או
ניתן לציין קובץ mask. עבור כל טווח של ערכי נפח כלולים, ולכל טווח
מבין ערכי המסכה, הנתונים הסטטיסטיים הרלוונטיים מודפסים (ערכי n*m, כאשר n הוא המספר
של טווחי נפח ו-m מספר טווחי המסכה). חישובים אלה נעשים ביחיד
לעבור דרך הנתונים, כך שציינת טווחים מרובים היא הרבה יותר מהירה מהפעלת ה-
תוכנית שוב ושוב. זה די מועיל בעת חישוב ממוצעים אזוריים רבים עם a
נפח מסכת VOI.

יש לציין במיוחד את ההיסטוגרמות ומדדים סטטיסטיים קשורים. ה
טווח ברירת המחדל של ההיסטוגרמה הוא מהערך הקטן ביותר בקובץ ועד הגדול ביותר. ב
המקרה הלא נדיר, אך המיוחד, כאשר מספר פחי ההיסטוגרמה תואם בדיוק את
מספר הערכים האפשריים בקובץ (למשל 256 פחים עבור נתוני בתים בטווח מלא), ה
ההיסטוגרמה יכולה להסתיים עם כמה תכונות מוזרות בעת שימוש ברירת המחדל של טווח ההיסטוגרמה. זֶה
נובע מהדיסקרטיזציה של הנתונים שנכנסים לאחר מכן מחדש לתוך מעט
היסטגרם לא תואם. לדוגמא של נתוני בתים, הערכים שבהם יש להשתמש הם 256
bins וטווח היסטוגרמה המשתרע חצי פח מתחת לערך הקטן ביותר וחצי פח
מעל הגדולים ביותר. השתמש באפשרות -היסטוגרמה_בדידה כדי לפתור את זה באופן אוטומטי, או להשתמש
-היסטוגרמה_שלמה שיהיו פחים ברוחב יחידה אם נתוני הקלט הם מספר שלם מטבעם
(למשל נתוני תווית). באופן כללי, צריך להיזהר מה-rebinning של דיסקרטי
נתונים להיסטוגרמה עם גודל סל שקרוב לרמת הדיסקרטיזציה.

אפשרויות

שימו לב שניתן לציין אפשרויות בצורה מקוצרת (כל עוד הן ייחודיות) ו
ניתן לתת בכל מקום בשורת הפקודה. סדר הדפסת הנתונים הסטטיסטיים
יהיו תמיד זהים ללא קשר לסדר שבו הם מתבקשים ב-
שורת הפקודה

כללי אפשרויות

-קלובר
החלף קובץ קיים.

-נוקלובר
אל תדרוס קובץ קיים (ברירת מחדל).

-שורש
הדפס מידע נוסף (יותר מברירת המחדל).

-שֶׁקֶט הדפס רק את המספרים המבוקשים

-max_buffer_size_in_kb גודל
ציין את הגודל המרבי של המאגרים הפנימיים (ב-kbytes). ברירת המחדל היא 4 MB.

נכה ערך אפשרויות

-התעלם_נאן
אל תכלול ערכים לא חוקיים (מחוץ לטווח חוקי) מחישובים סטטיסטיים. זה
ברירת המחדל.

-include_nan
התייחס לערכים לא חוקיים כאפסים וכלול אותם בחישובים סטטיסטיים.

-החלף_נאן ערך
החלף ערכים לא חוקיים בערך שצוין וכלול את הערך החדש ב
חישובים סטטיסטיים.

תכולה רכס אפשרויות

-קוֹמָה min1,min2, ...
רשימה מופרדת בפסיקים של גבולות נמוכים עבור טווחי נתונים שיכללו בסטטיסטיקה
תַחשִׁיב.

-תקרה max1,max2, ...
רשימה מופרדת בפסיקים של גבולות עליונים לטווחי נתונים שיש לכלול בסטטיסטיקה
תַחשִׁיב.

-טווח min1,max1,min2,max2, ...
רשימה מופרדת בפסיקים של גבולות תחתונים ועליונים עבור טווחי נתונים שיש לכלול בהם
חישוב סטטיסטי.

-ערך בינואר val1,val2, ...
רשימה מופרדת בפסיקים של ערכים שלמים שיש לכלול בחישוב סטטיסטי. טווח
של +/- 0.5 מוגדר סביב כל ערך שצוין.

-מסכה filename.mnc
שם הקובץ שישמש למיסוך נתונים הנכללים בחישוב סטטיסטי. ל
כדי להשפיע, עליך לציין טווח מסכה עם אחד מהאפשרויות הבאות
אפשרויות.

-רצפת_מסכה min1,min2,...:
כמו -קוֹמָה, אך הוחל על קובץ המסכה.

-מסכה_תקרה max1,max2, ...
כמו -תקרה, אך הוחל על קובץ המסכה.

-טווח_מסכה min1,max1,min2,max2, ...
כמו -טווח, אך הוחל על קובץ המסכה.

-mask_binvalue val1,val2, ...
כמו -ערך בינואר, אך הוחל על קובץ המסכה.

היסטוגרמה אפשרויות

-היסטוגרמה שם הקובץ
ציין את שם הקובץ שלתוכו נכתבת ההיסטוגרמה. אם מספר טווחים
או שצוינו טווחי מסיכה, אז כל ההיסטוגרמות נכתבות בקובץ הזה,
מופרדים על ידי שורות ריקות. מידע המתאר כל היסטוגרמה נכתב לפני
זה בשורות שמתחילות עם תו ה-hash (פאונד). ניתן לטעון קבצים אלו
לתוך גנופלוט.

-פחי_היסט מספר פחים
ציין את מספר הפחים בהיסטוגרמה.

-פחים מספר פחים
מילה נרדפת ל -פחי_היסט.

-קומה_היסטורית דקות
ציין גבול תחתון להיסטוגרמה.

-תקרה_היסטית מקסימום
ציין גבול עליון להיסטוגרמה.

-טווח_היסטורי דקות מקסימום
ציין טווח עבור ההיסטוגרמה

-היסטוגרמה_שלמה
צור פחים ברוחב יחידה, במרכזם סביב ערכי מספרים שלמים. זה שימושי עבור
נתונים שלמים כגון תוויות. טווח ההיסטוגרמה מעוגל למספר השלם הקרוב ביותר,
לאחר מכן המינימום מורידים והמקסימום מועלה ב-0.5. נלקח מספר הפחים
כהבדל בין שני הערכים הללו. שימו לב ש-0.01 מתווסף למינימום ו
מופחת מהמקסימום לפני העיגול על מנת להבטיח כי א
הטווח שצוין כהלכה (למשל [0.5,255.5]) נשמר. אם אתה רוצה לקבל
סלים שלמים רחבים יותר מאחד, תצטרך לחשב את טווח ההיסטוגרמה
ומספר הפחים בעצמך ואל תשתמש באפשרות זו.

-היסטוגרמה_בדידה
נסה להתאים את ההיסטוגרמה לדיסקרטיזציה של נתוני הקלט. זה
מתאים לנתונים רציפים המאוחסנים בייצוג של מספר שלם ו
כאשר רצוי ברוחב פח קרוב לדיסקרטיזציה. זה דומה ל
-היסטוגרמה_שלמה, אלא שטווח ההיסטוגרמה מומר לראשונה ל-voxel
ערכים מעוגלים ומורחבים בחצי פח משני הצדדים. הווקסל החדש הזה
הטווח מומר בחזרה לערכים אמיתיים. מספר הפחים נלקח כ-
הבדל בטווח ערכי ה-voxel. שים לב שזה לא לוקח בחשבון וריאציות
בשינוי קנה מידה לפרוסה, כך שעדיין עשויות להופיע השפעות היסטוגרמה מוזרות. אפשרות זו היא
נועד לתת התנהגות דומה לזו של volume_stats.

-int_max_bins מספר פחים
ציין את ההיסטוגרמה הגדולה ביותר שניתן לשנות את גודלה אוטומטית עם האמור לעיל
אפשרויות. המגבלה מונעת יצירה מקרית של היסטוגרמות ענקיות. אפשרות זו
החליף את הישן -max_bins אפשרות ב-MINC 1.1.

בסיסי סטטיסטיקה

-את כל חשב את כל המדדים הסטטיסטיים. זוהי ברירת המחדל.

-אף אחד מילה נרדפת ל -לספור (לדמיון ל-volume_stats). שימו לב שלמרות שזה היה
הכרחי עבור volume_stats, זה לא נחוץ כאן, שכן ציון כל אחד מאלה
אפשרויות נכבות אוטומטית -את כל

-לספור ספור את מספר הווקסלים שנמצאים בטווח ובמסכה.

-אָחוּז
הדפס את אחוז הווקסלים בטווח ובמסכה

-כרך
הדפס את נפח ה-voxels בטווח ובמסכה (בקוביות מ"מ).

-מיני הדפס את הערך המינימלי.

-מקסימום הדפס את הערך המקסימלי.

-סְכוּם הדפס את סכום כל הערכים.

-סכום2 הדפס את סכום הריבועים של כל הערכים.

-מתכוון הדפס את הממוצע.

-שׁוֹנוּת
הדפס את השונות.

-סטddev
הדפס את סטיית התקן.

-עיוות
הדפס את העיוות לדוגמה (רגע שלישי).

-קורטוזיס
הדפס את קורטוזיס לדוגמה (רגע רביעי).

-CoM הדפס את מרכז המסה. גם קואורדינטת ה-voxel וגם קואורדינטות העולם הן
מודפס. קואורדינטות ה-voxel מודפסות לפי סדר קבצים, בעוד העולם
קואורדינטות מודפסות בסדר x,y,z.

-קום מילה נרדפת ל -CoM.

-עולם_בלבד
הדפס את מרכז המסה בקואורדינטות עולמיות בלבד.

היסטוגרמה סטטיסטיקה

שים לב שהסטטיסטיקה של ההיסטוגרמה נגזרת אך ורק מספירת ההיסטוגרמה ומפח
מרכזים, כך שתוצאות כגון החציון לא יהיו זהות בדיוק לערך האמיתי עבור
כולם כלולים ווקסלים. לדוגמה, השגיאה בחציון יכולה להיות גדולה כמו חצי סל
רוֹחַב. יתר על כן, אם טווח ההיסטוגרמה קטן מזה של ווקסלים כלולים, אזי
התוצאה חלה רק על ווקסלים הכלולים בהיסטוגרמה.

-ספירת_היסטורית
הדפס מספר הווקסלים בהיסטוגרמה. זה עשוי להיות שונה ממספר של
ווקסלים כלולים ומסווים אם טווח ההיסטוגרמה קטן מטווח ה-
כלולים נתונים.

אחוז_היסט
אחוז הדפסה של ווקסלים הכלולים בהיסטוגרמה.

-חֲצִיוֹן
הדפס את חציון ההיסטוגרמה.

-רוֹב
הדפס את מרכז הפח (ערך העוצמה) עבור הפח עם הכי הרבה ספירות.

-biModalT
הדפס את הסף הבי-מודאלי המפריד את הנפח לשתי מחלקות ברירת המחדל היא
להשתמש בשיטת otsu (ראה אפשרויות למטה)

-אוטסו השתמש בשיטה המתוארת ב-Otsu N, "שיטת בחירת סף מרמת אפור
היסטוגרמות", IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9:1; 62-66 to
לחשב את הסף

-קיטלר
השתמש באלגוריתם Kittler&Illingworth '86 כדי לחשב את הסף הבימודאלי.
Kittler, J. & Illingworth J., "Minimum error thresholding", Pattern Recognition,
כרך 19, עמ' 41-47, 1986.

-קאפור השתמש ב-Kapur et al. אלגוריתם '85 לחישוב הסף הבימודאלי. קפור,
Sahoo & Wong "שיטה חדשה לסף תמונה ברמת אפור באמצעות האנטרופיה של
ההיסטוגרמה", ראיית מחשב, גרפיקה ועיבוד תמונה, כרך 29, עמ'
273-285, 1985.

-פָּשׁוּט
השתמש באלגוריתם פשוט של ממוצע האמצעים כדי לחשב את הסף הבימודאלי זה יותר
יקר מבחינה חישובית מחלק מהחלופות, ונראה שלא עושה א
עבודה טובה. אבל זה נראה חזק יותר מכמה מהשיטות האחרות.

-pctT הדפס את הסף הדרוש לאחוז קריטי מסוים של ההיסטוגרמה.

-אנטרופיה
הדפס את האנטרופיה של שאנון.

H(x) = - Sum(P(i) * log2(P(i))

כאשר P(i) היא הסתברות bin

כללי אפשרויות ל את כל פקודות:

עזרה הדפס סיכום של אפשרויות שורת הפקודה וצא.

-הפך
הדפס את מספר הגרסה של התוכנית וצא.

השתמש ב-mincstats מקוון באמצעות שירותי onworks.net