מיניאזם - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

מיניאזם - דה נובו אסמבלר לרצפי קריאה ארוכים

תַקצִיר

מיניאזם [-b12V] [-m minMatch] [-i minIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f readFile] [-n
n סיבובים] [-r dropRatio] [-F finalDropRatio] [-p outputInfo] mapping.paf > output.gfa

תיאור

Miniasm הוא אסמבלר דה נובו מהיר מאוד מבוסס OLC לקריאה ארוכת רועשת. זה לוקח הכל לעומת-
כולם קוראים מיפויים עצמיים בפורמט PAF כקלט ומוציאים גרף assembly ב-GFA
פוּרמָט. בשונה מהרכבים מיינסטרים, למיניאזם אין צעד קונצנזוס. זה
פשוט משרשרת קטעים של רצפי קריאה כדי ליצור את רצפי ה-unitig הסופי. לכן
שיעור השגיאה לכל בסיס דומה לקריאת הקלט הגולמי.

אפשרויות

בחירה מוקדמת אפשרויות
-m INT שחרר מיפויים עם פחות מ INT בסיסים תואמים (col10 ב-PAF) [100]. זֶה
לאופציה יש את אותו תפקיד כמו -L של מינימפה.

-s INT שחרר מיפויים קצרים מ INT-bp [1000]. אפשרות זו משפיעה גם על השני
סבב של סינון קריאה ואורך חפיפה מינימלי.

-i לצוף במהלך סינון קריאה, התעלם ממיפויים עם col10/col11 למטה לצוף [0.05].
מיפויים שהתעלמו עדיין משמשים לחפיפות קריאה.

-c INT כיסוי מינימלי על ידי קריאות אחרות [3]. בסבב הראשון של הסינון, מיניאסמה
מוצא את האזור הארוך ביותר המכוסה על ידי INT או יותר קריאות. בסיבוב השני, זה
בנוסף, נדרש לכסות כל בסיס שנותר INT בסיסים לפחות
minSpan/2 מהקצוות של קריאות אחרות.

חפיפה אפשרויות
-o INT אורך חפיפה מינימלי [זהה כמו minSpan]

-h INT אורך תליה מרבי [1000]. תליה היא אזור לא ממופה שצריך להיות
ממופה בהינתן חפיפה אמיתית או בלימה אמיתית. אם ההסתברות ארוכה מדי,
המיפוי נחשב להתאמה פנימית ויתעלם ממנו.

-I לצוף יחס מינימלי בין אורך המיפוי למיפוי+אורך התליה למיפוי
נחשב להכלה או חפיפה [0.8]. לאפשרות זו יש תפקיד דומה ל
-h, אלא שהוא שולט ביחס, לא באורך.

גרף פריסה אפשרויות
-g INT הבדלי פער מרביים בין שני קריאות במיפוי [1000]. פרמטר זה הוא
משמש רק להפחתה טרנזיטיבית.

-d INT מרחק חיטוט מרבי לקפיצת בועה [50000]. בועות ארוכות מ INT
לא יופץ.

-e INT יחידה נחשבת קטנה אם היא מורכבת מפחות מ INT קורא [4].
מיניאזם עשוי לנסות להסיר יחידות קטנות בשלבים שונים.

-f קובץ קרא קובץ רצף בפורמט FASTA או FASTQ להפקת רצפי unitig
[ריק]. אם אפשרות זו נעדרת, מיניאזם מייצר פלט GFA ללא
רצפים.

-r FLOAT1,[FLOAT2]
יחס נפילת חפיפה מקסימלית ומינימלית [0.7,0.5]. תן חפיפה (v->w) להיות החפיפה
אורך הקצה v->w ו-maxovlp(v)=max_w{חפיפה(v->w)} יהיו האורך של הגדולים ביותר
חֲפִיפָה. ירידת מיניאסמה חופפת v->w אם חפיפה(v->w)/maxovlp(v) נמצאת מתחת ל-
סף נשלט על ידי אפשרות זו. מיניאזם חל n סיבובים סיבובים של קצרים
הסרת חפיפה עם סף הולך וגדל בין FLOAT1 ו FLOAT2.

-n INT סבבים של הסרת חפיפה קצרה [3].

-F לצוף סף יחס נפילת חפיפה לאחר הסרת יחידה קצרה [0.8]

שונות אפשרויות
-b ציין כי בקלט, אותו מיפוי צפוי להינתן פעמיים

-1 דלג על הסיבוב הראשון של בחירת קריאה מוקדמת להרכבה

-2 דלג על הסיבוב השני של בחירת קריאה מוקדמת להרכבה

-p STR פלט מידע ופורמט [ug]. אפשרי STR הערכים כוללים - מצע: הודעה-
אזורי קריאה מסוננים בפורמט BED; PAF: מיפויים בין פוסט סינון
קורא; sg: קרא גרף חפיפה בפורמט GFA; ug: גרף unitig ב-GFA
פורמט.

-V הדפס מספר גרסה ל-stdout

קלט פורמט

מיניאזם קורא מיקומי מיפוי בפורמט Pairwise mApping Format (PAF), שהוא TAB-
פורמט טקסט מופרד כאשר כל שורה מורכבת מ-12 שדות לפחות כמתואר ב
הטבלה הבאה:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│Col │ סוּג │ תיאור │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ מחרוזת │ שם רצף שאילתה │
│ 2 │ int │ אורך רצף שאילתה │
│ 3 │ int │ קואורדינטת התחלת שאילתה (מבוסס 0) │
│ 4 │ int │ קואורדינטת סוף שאילתה (מבוסס 0) │
│ 5 │ char │ `+' אם שאילתה ומטרת על אותו גדיל; `-' אם הפוך │
│ 6 │ מחרוזת │ שם רצף יעד │
│ 7 │ int │ אורך רצף יעד │
│ 8 │ int │ קואורדינטת התחלה יעד על הגדיל המקורי │
│ 9 │ int │ קואורדינטת קצה היעד על הגדיל המקורי │
│ 10 │ int │ מספר הבסיסים התואמים במיפוי │
│ 11 │ int │ בסיסי מספרים, כולל פערים, במיפוי │
│ 12 │ int │ איכות מיפוי (0-255 עם 255 לחסר) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘

עיין מינימפה(1) לתיאור המפורט של כל שדה.

תפוקה פורמט

Miniasm מוציא את המכלול בפורמט Graphical Fragment Assembly (GFA). זה
פורמט מופרד ב-TAB המבוסס על שורה, כאשר האות המובילה מציינת את סוג השורה.
הטבלה הבאה מציגה את סוגי הקווים המשמשים את המיניאזם:

┌─────┬─────────────┬───────────────────────────── ───────────────────────┐
│קו │ תגובה │ תוקן שדות │
├─────┼─────────────┼───────────────────────────── ───────────────────────┤
│ H │ כותרת │ לא רלוונטי │
│ S │ מקטע │ segName segSeq │
│ L │ חפיפה │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ נתיב זהב │ utgName utgStart readName: התחלה-סוף קריאה אורי אורך │
└─────┴─────────────┴───────────────────────────── ───────────────────────┘

השתמש במיניאזם באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net