זוהי אפליקציית לינוקס בשם HSRA, שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד בשם HSRA-v1.1.tar.gz. ניתן להריץ אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל אונליין את האפליקציה הזו בשם HSRA עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
HSRA
Ad
תיאור
HSRA הוא כלי מקביל מבוסס MapReduce למיפוי קריאות מניסויי רצף RNA (RNA-seq). ניתוחי RNA-seq מתחילים בדרך כלל במיפוי קריאות לגנום ייחוס על מנת לקבוע את המיקום שממנו נוצרו הקריאות, וזה שלב שלוקח זמן רב. כלי זה מאפשר לחוקרי ביואינפורמטיקה להפיץ ביעילות את משימות המיפוי שלהם על פני צמתים של אשכול על ידי שילוב מהיר של מיישר ריבוי הליכי spliced (HISAT2) עם Apache Hadoop, שהיא מסגרת מחשוב מבוזרת לעיבוד Big Data ניתן להרחבה.
HSRA תומך כיום ביישורי קריאה של קצה יחיד וקצה מזווג ממערכי נתונים של FASTQ/FASTA. יתרה מזאת, הכלי שלנו משתמש בספריית Hadoop Sequence Parser (HSP) (קישור למעלה) כדי לקרוא ביעילות את מערכי הקלט המאוחסנים במערכת הקבצים המבוזרים של Hadoop (HDFS), תוך שהוא מסוגל לעבד מערכי נתונים דחוסים עם Gzip ו-BZip2 codec.
קהל
טכנולוגיית מידע, תעשיית הבריאות, מדע/מחקר
ממשק משתמש
קונסולה/מסוף, שורת פקודה
שפת תכנות
Java
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/hsra/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
