זוהי אפליקציית לינוקס בשם QUAST, שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד כ-quast-5.0.2.tar.gz. ניתן להריץ אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל אונליין את האפליקציה הזו בשם QUAST עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
קווסט
תיאור
QUAST מבצע הערכה והשוואה מהירות ונוחות של איכות של מכלולי גנום.
QUAST מחשב מספר מדדים ידועים, כולל דיוק קונטיג, מספר גנים שהתגלו, N50 ואחרים, וכן מציג מדדים חדשים, כמו NA50 (ראה פרטים במאמר ובמדריך). ניתוח מקיף מביא לטבלאות סיכום (בטקסט רגיל, מופרדות בטאבים ובפורמטים של LaTeX) ותרשימים צבעוניים. הכלי גם מייצר דוחות מבוססי אינטרנט המרכזים את כל המידע בקובץ אחד קל לניווט.
ל-QUAST ממשק שורת פקודה אינטואיטיבי ומדריך מפורט המסייע למשתמשים להפעיל אותו ולהבין את הפלט שלו. יתר על כן, המעבדה השיקה גרסת בטא של web-QUAST ב- http://quast.bioinf.spbau.ru/ מה שהופך את הערכת האיכות לפשוטה עוד יותר.
מאמרים ב-QUAST וב-MetaQUAST (הרחבה להרכבות מטאגנומיות) פורסמו בכתב העת Bioinformatics.
תכונות
- דוחות מבוססי אינטרנט, טבלאות בפורמט טקסט רגיל, מופרדים בטאבים ובפורמטים LaTeX
- גרפים והיסטוגרמות צבעוניות
- הערכת איכות עם ובלי גנום ייחוס
- הערכת איכות של מכלולים מטא-גנומיים
- דפדפן contig אינטראקטיבי
קהל
מדע/מחקר, מפתחים, משתמשי קצה/שולחן עבודה
ממשק משתמש
מבוסס אינטרנט, שורת פקודה
שפת תכנות
Python, JavaScript
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להוריד גם מ-https://sourceforge.net/projects/quast/. היא אוחסנה ב-OnWorks על מנת שניתן יהיה להפעיל אותה באופן מקוון בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
