זוהי אפליקציית לינוקס בשם Seurat, אשר את הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד כ-Version5.3.0sourcecode.tar.gz. ניתן להריץ אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל אונליין את האפליקציה הזו בשם Seurat עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
סרה
תיאור
Seurat היא ערכת כלים מקיפה של R לניתוח גנומיקה של תאים בודדים, שהוצגה על ידי מעבדת Satija ב-NYGC. היא תומכת בבקרת איכות, נורמליזציה, קיבוץ באשכולות, שילוב של נתונים רב-מודאליים (למשל, scRNA-seq, מרחבי, CITE-seq) וויזואליזציה. Seurat v5 מציגה זרימות עבודה ניתנות להרחבה ותמיכה בטרנסקריפטומיקה מרחבית, הנמצאות בשימוש נפוץ במחקר אקדמי ותעשייתי למחקרים של תאים בודדים.
תכונות
- בקרת איכות וצינורות נרמול עבור scRNA-seq
- צמצום מימדי, קיבוץ באשכולות וביאור של סוגי תאים
- אינטגרציה בין דגימות ושיטות
- ניתוח והדמיה של טרנסקריפטומיקה מרחבית
- מטפל ביעילות במערכי נתונים גדולים (מדרגיות v5)
- וינייטות מקיפות, הדרכות ושילוב עם Bioconductor
שפת תכנות
R
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להוריד גם מאתר https://sourceforge.net/projects/seurat.mirror/. היא אוחסנה ב-OnWorks על מנת שניתן יהיה להפעיל אותה באופן מקוון בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
