これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bp_hivqp です。
プログラム：
NAME
bp_hivq.PL - Bio::DB::HIV への対話型コマンドライン インターフェイス
Bio::DB::Query::HIVQuery
SYNOPSIS
$ perl bp_hivq.PL
hivq> クエリ C[サブタイプ] SI[表現型]
hivq> プレラン
80 個のシーケンスが返されました
クエリ: C[サブタイプ] SI[表現型]
hivq> 出力ファイル csi.fas
hivq> 実行
ダウンロード完了。
hivq> 出力ファイル dsi.fas
hivq> run D[サブタイプ] SI[表現型]
ダウンロード完了。
hivq> カウント
25 個のシーケンスが返されました
クエリ: D[サブタイプ] SI[表現型]
hivq> 終了
$
DESCRIPTION
BioPerl モジュール Bio::DB::HIV と Bio::DB::Query::HIVQuery を併用すると、バッチ クエリが可能になります
単純なクエリを使用して、ロス アラモス国立研究所の HIV 配列データベースと照合する
言語。 「bp_hivq.PL」には、これらのモジュールの使用例と、
LANL HIV DB へのスタンドアロンの対話型コマンドライン インターフェイス。 簡単なコマンドで可能
ユーザーは、に実装されたクエリ言語を使用して HIV 配列と注釈を取得します。
Bio::DB::Query::HIVQuery。 詳細については、これらのモジュールのマニュアル ページを参照してください。
USAGE
「perl bp_hivq.PL」または Unix の場合は「./bp_hivq.PL」を使用してスクリプトを実行します。 が表示されます。
hivq>
促す。 クエリを含むコマンドを入力して、シーケンス データと注釈データを取得します。 を参照してください。
サンプルセッションの概要。 利用可能なコマンドを以下に説明します。
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LANL データベースは非常に複雑かつ大規模です。 「検索」機能を使用して、
利用可能なデータベースのテーブルとフィールド。 特定のフィールドのエイリアスを識別するには、次を使用します。
「エイリアス [フィールド名] を検索」。 たとえば、奇妙な名前のフィールドへの短いエイリアスを見つけるには
「seq_sample.ssam_second_ception」、実行します
hivq> エイリアス seq_sample.ssam_second_ceptor を検索
戻る
コレセプター Second_ceptor
ここで、次のクエリの代わりに、
hivq> run C[サブタイプ] CCR5[seq_sample.ssam_second_ceptor]
あなたはできることを知っています
hivq> run C[サブタイプ] CCR5[共受容体]
「outfile」コマンドを使用して、取得した配列を受け取るファイルを設定します。 あなたはできる
実行中に新しい「outfile」コマンドを発行するだけで、現在の出力ファイルを変更できます。
セッション。 出力ファイルのデフォルトは標準出力です。
データベースにアクセスせずにクエリを検証するには、「query」コマンドを使用します。 「プレラン」を使用する
または、「count」コマンドを使用して、クエリのシーケンスヒット数を取得します。
データ。 「run」または「do」を使用して完全なクエリを実行し、シーケンス データを
現在設定されている出力ファイル。
「bp_hivq.PL」コマンドをバッチ処理するには、テキストファイル（たとえば「bp_hivq.cmd」）を作成します。
必要なコマンドを XNUMX 行に XNUMX つずつ含めます。 次に、シェルから次のコマンドを実行します。
$ 猫 bp_hivq.cmd | perl bp_hivq.PL
コマンド
コマンドの完全なリストは次のとおりです。 一重括弧内のオプション ("[req_option]") は次のとおりです。
必要; 二重括弧内のオプション ("[[opt_option]]") はオプションです。
確認 : 前に対話型確認を切り替えます
クエリの実行
exit : スクリプトを終了します
find : データベース スキーマを探索する
テーブルの検索 すべてのデータベース テーブルを表示します
フィールドを検索 すべてのデータベース フィールド (列) を表示します
フィールドを検索 [テーブル] [テーブル] 内のすべてのフィールドを表示します
find alias [field] [field] の有効なエイリアスを表示します
help [[command]] : コマンドのヘルプを表示します
[[command]] が指定されていない場合は、すべてをリストします
利用可能なコマンド
id : 現在のセッションIDを表示します
outfile [ファイル名] : 取得したデータを収集するためのファイルを設定します
ping : LANL DB が利用可能かどうかを確認します
prerun [[query]] : クエリを実行しますが、ヒット数のみを取得します
[[query]] が指定されていない場合は、現在のクエリを使用します
query [query] : 現在のクエリを検証して設定します。
run [[query]] : クエリを実行してデータを取得します
[[query]] が指定されていない場合は、現在のクエリを使用します
state : スクリプトの現在の状態を表示します。
bye : 「出口」の別名
config : 「state」のエイリアス
count : 「prerun」の別名
do : 「実行」の別名
out : 「outfile」のエイリアス
quit : 「exit」のエイリアス
OPTIONS
-v : 冗長; 内部 debug() 関数をオンにします
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解像度。 バグレポートはWeb経由で送信できます。
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
著者 - Mark Hodder A. ジェンセン
マーク・A・ジェンセン[メール保護]>
onworks.net サービスを使用してオンラインで bp_hivqp を使用する
