bp_papplmaker.plp - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

papplmaker.PLS - 分析ツール モジュール ジェネレーター

SYNOPSIS

# 助けてもらう
papplmaker.PLS -h

# プログラム 'seqret' のモジュールを生成
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# 同上、ただし 'seqret' の場所を指定
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://localhost:8080/軸/サービス

# 同上、ただし 'seqret' にデフォルト以外のアクセス方法を指定
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-コルバ

# 利用可能なすべての分析用のモジュールを生成する
# (デフォルトの場所とデフォルトのアクセス方法を使用)
papplmaker.PLS

# 生成せず、何が生成されるかを確認する
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# 解析用モジュール生成 'edit::seqret'
# ただし、'MySeqret' という名前にします
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret

# ...そしてそれを使う
MySeqret を使用します。
print new MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt')
->osformat ('embl')
->wait_for
->outseq;

# 同上だが、結果をディレクトリ '/tmp/my' に入れる
# (ディレクトリが存在する必要はありません)
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# その名前を持つすべての分析のモジュールを生成します
# 指定された正規表現に一致 (大文字と小文字を区別しない)
papplmaker.PLS -r '編集'

# 同上ですが、生成されたモジュールに独自の名前を付けます
# (papplmaker.PLS に名前の一部を置き換えさせます)
papplmaker.PLS -r '編集' -m 'My_$ANALYSIS'

DESCRIPTION

モジュール「Bio::Tools::Run::Analysis」は、ローカルおよびリモート分析へのアクセスを提供します
統一された方法でのツール ("Bio::AnalysisI" で定義)。 モジュールは一般的なアプローチを使用します
任意の入力データを設定し、名前を付けて結果を取得できます。 でも、
XNUMX つの分析ツールを表す特定のモジュールを使用する方が便利な場合があります。
利用可能な入力と結果の名前をすでに知っている。

ジェネレーター「papplmaker.PLS」は、そのような専用モジュールを作成します。

「papplmaker.PLS」は、一般的なモジュールと同じアクセス方法を使用します。つまり、
パラメータ「アクセス」に応じて、SOAP、CORBA、またはその他の (サポートされている) を使用できます。
プロトコル、またはローカル分析にアクセスできます（同じマシンで利用可能です
「papplmaker.PLS」が呼び出されます）。

「papplmaker.PLS」は、XNUMX つの名前付き分析 (「-n」オプションで指定された、
または、「Bio::Tools::Run::AnalysisFactory」モジュールを使用して、分析が何であるかを見つけます
で指定された正規表現と照合することで、その数を制限できます。
「-r」オプション。

生成されたモジュールまたは複数のモジュールには、デフォルトで名前が付けられます。
対応する分析ですが、これは実際には「-m」オプションで変更できます
次の文字列が認識され、置き換えられるテンプレート:

$ANALYSIS または ${ANALYSIS}
分析の名前に置き換えられます。

$CATEGORY または ${CATEGORY}
分析が属するカテゴリの名前に置き換えられます。

$SERVICE または ${SERVICE}
サービスの完全な名前に置き換えられます (通常は連結されます)
カテゴリと分析名の名前であり、デフォルトのモジュール名としても使用されます、btw)。

「サービス」と「分析」の違いと「カテゴリー」とは？
これらの用語は、意味がわずかに異なるため、混乱する場合があります。
それらとの通信に使用されるアクセス方法によって異なります。 一般的に「分析」とは、
どこかで実行されるプログラム (アプリケーション、ツール) ですが、場合によってはローカル マシン上で実行されます。 アン
分析の例は "seqret" (EMBOSS パッケージから) です。 分析はグループ化できます
機能別、または扱うデータの種類別のカテゴリに分類されます (ただし、場合によっては
カテゴリはまったくありません）。 各分析には、より高いレベルの
抽象化、「サービス」。 サービスは通常、Web などのプロトコル依存のラッパーです。
サービス、または CORBA サービス。 たとえば、「edit::seqret」サービスがあります。
カテゴリ「編集」の分析「seqret」を表します。

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